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Yorodumi- PDB-9ogo: Crystal Structure of KPT185 in complex with CRM1(EH mutant)-Ran-RanBP1 -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 9ogo | ||||||||||||||||||||||||
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| Title | Crystal Structure of KPT185 in complex with CRM1(EH mutant)-Ran-RanBP1 | ||||||||||||||||||||||||
Components |
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Keywords | TRANSPORT PROTEIN / Exportin / SINE / Export / XPO1 | ||||||||||||||||||||||||
| Function / homology | Function and homology informationRNA nuclear export complex / tRNA re-export from nucleus / pre-miRNA export from nucleus / snRNA import into nucleus / nuclear export signal receptor activity / cellular response to mineralocorticoid stimulus / manchette / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / tRNA export from nucleus ...RNA nuclear export complex / tRNA re-export from nucleus / pre-miRNA export from nucleus / snRNA import into nucleus / nuclear export signal receptor activity / cellular response to mineralocorticoid stimulus / manchette / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / tRNA export from nucleus / protein localization to kinetochore / importin-alpha family protein binding / spindle pole body / nuclear export / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA / Nuclear import of Rev protein / protein localization to nucleolus / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / RNA export from nucleus / GTP metabolic process / U4 snRNA binding / tRNA processing in the nucleus / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / protein-containing complex localization / nuclear import signal receptor activity / MicroRNA (miRNA) biogenesis / spermatid development / MAPK6/MAPK4 signaling / DNA metabolic process / dynein intermediate chain binding / mitotic sister chromatid segregation / viral process / nuclear pore / U5 snRNA binding / ribosomal large subunit export from nucleus / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / U1 snRNA binding / sperm flagellum / ribosomal subunit export from nucleus / mRNA export from nucleus / protein export from nucleus / ribosomal small subunit export from nucleus / centriole / male germ cell nucleus / hippocampus development / mitotic spindle organization / GTPase activator activity / G1/S transition of mitotic cell cycle / Transcriptional regulation by small RNAs / protein import into nucleus / positive regulation of protein import into nucleus / recycling endosome / small GTPase binding / kinetochore / melanosome / GDP binding / nuclear envelope / mitotic cell cycle / actin cytoskeleton organization / G protein activity / midbody / ubiquitin-dependent protein catabolic process / Hydrolases; Acting on acid anhydrides; Acting on GTP to facilitate cellular and subcellular movement / cadherin binding / protein heterodimerization activity / protein domain specific binding / cell division / GTPase activity / chromatin binding / nucleolus / GTP binding / chromatin / protein-containing complex binding / perinuclear region of cytoplasm / magnesium ion binding / protein-containing complex / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||||||||||||||||||||
| Biological species | Homo sapiens (human)![]() | ||||||||||||||||||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.37 Å | ||||||||||||||||||||||||
Authors | Fung, H.Y.J. / Chook, Y.M. | ||||||||||||||||||||||||
| Funding support | United States, 7items
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Citation | Journal: Nat Chem Biol / Year: 2025Title: SINE compounds activate exportin 1 degradation through an allosteric mechanism. Authors: Casey E Wing / Ho Yee Joyce Fung / Bert Kwanten / Tolga Cagatay / Ashley B Niesman / Maarten Jacquemyn / Mehdi Gharghabi / Brecht Permentier / Binita Shakya / Rhituparna Nandi / Joseph M ...Authors: Casey E Wing / Ho Yee Joyce Fung / Bert Kwanten / Tolga Cagatay / Ashley B Niesman / Maarten Jacquemyn / Mehdi Gharghabi / Brecht Permentier / Binita Shakya / Rhituparna Nandi / Joseph M Ready / Trinayan Kashyap / Sharon Shacham / Yosef Landesman / Rosa Lapalombella / Dirk Daelemans / Yuh Min Chook / ![]() Abstract: Overexpression of exportin 1 (XPO1/CRM1) in cancer cells mislocalizes numerous cancer-related nuclear export cargoes. Covalent selective inhibitors of nuclear export (SINEs), including the cancer ...Overexpression of exportin 1 (XPO1/CRM1) in cancer cells mislocalizes numerous cancer-related nuclear export cargoes. Covalent selective inhibitors of nuclear export (SINEs), including the cancer drug selinexor, restore proper nuclear localization by blocking XPO1-cargo interaction. These inhibitors also induce XPO1 degradation through the Cullin-RING E3 ligase (CRL) substrate receptor ASB8. Here we present cryo-electron microscopy structures revealing ASB8 binding to a cryptic XPO1 site that is exposed upon SINE conjugation. Unlike typical molecular glue degraders that directly bridge CRLs and substrates, SINEs bind XPO1 independently of ASB8, triggering an allosteric mechanism that enables high-affinity ASB8 recruitment, leading to XPO1 ubiquitination and degradation. ASB8-mediated degradation is also triggered by the endogenous itaconate derivative 4-octyl itaconate, suggesting that synthetic XPO1 inhibitors exploit a native cellular mechanism. This allosteric XPO1 degradation mechanism expands known modes of targeted protein degradation beyond molecular glue degraders and proteolysis-targeting chimeras of CRL4. | ||||||||||||||||||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 9ogo.cif.gz | 802.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb9ogo.ent.gz | 667.1 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 9ogo.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/og/9ogo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/og/9ogo | HTTPS FTP |
|---|
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 9og9C ![]() 9ogaC ![]() 9ogbC ![]() 9ogcC ![]() 9ogdC ![]() 9ogeC ![]() 9ogfC ![]() 9ognC C: citing same article ( |
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| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 |
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 3 types, 3 molecules ABC
| #1: Protein | Mass: 26758.564 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: RAN, ARA24, OK/SW-cl.81 / Production host: ![]() |
|---|---|
| #2: Protein | Mass: 16521.867 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: YRB1, CST20, HTN1, SFO1, YDR002W, YD8119.08 / Production host: ![]() |
| #3: Protein | Mass: 117492.875 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: V529E, T539C, F572H, Y1022C Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: S288C / Gene: CRM1, KAP124, XPO1, YGR218W, G8514 / Production host: ![]() |
-Non-polymers , 6 types, 425 molecules 










| #4: Chemical | ChemComp-GNP / |
|---|---|
| #5: Chemical | ChemComp-MG / |
| #6: Chemical | ChemComp-K85 / |
| #7: Chemical | ChemComp-CL / |
| #8: Chemical | ChemComp-GOL / |
| #9: Water | ChemComp-HOH / |
-Details
| Has ligand of interest | Y |
|---|---|
| Has protein modification | Y |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.66 Å3/Da / Density % sol: 53.74 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.6 Details: 17% PEG3350, 100 mM Bis-Tris (pH 6.6) and 200 mM ammonium nitrate |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 93 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9795 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Nov 14, 2016 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 2.37→50 Å / Num. obs: 71232 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rpim(I) all: 0.034 / Net I/av σ(I): 1.3 / Net I/σ(I): 19.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.37→40.24 Å / SU ML: 0.31 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 23.34 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.37→40.24 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
|
Movie
Controller
About Yorodumi



Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
United States, 7items
Citation















PDBj













