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- EMDB-7046: BbRAGL-3'TIR synaptic complex with nicked DNA refined with C2 symmetry -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7046
タイトルBbRAGL-3'TIR synaptic complex with nicked DNA refined with C2 symmetry
マップデータBbRAGL-31TIR synaptic complex with nicked DNA refined with C2 symmetry
試料
  • 複合体: BbRAGL-31TIR synaptic complex with nicked DNA
    • タンパク質・ペプチド: RAG1L,RAG1L
    • DNA: 31TIR intact strand
    • DNA: 31TIR pre-nicked strand of signal DNA
    • DNA: 31TIR pre-nicked strand of flanking DNA
    • タンパク質・ペプチド: RAG2L
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
キーワードDNA transposase / DNA cut and paste transposition / DDE family RNase H fold DNA transposase / RECOMBINATION
機能・相同性
機能・相同性情報


double-stranded DNA endonuclease activity / DNA recombinase complex / endodeoxyribonuclease complex / pre-B cell allelic exclusion / V(D)J recombination / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin protein ligase activity / chromatin organization / histone binding / T cell differentiation in thymus ...double-stranded DNA endonuclease activity / DNA recombinase complex / endodeoxyribonuclease complex / pre-B cell allelic exclusion / V(D)J recombination / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin protein ligase activity / chromatin organization / histone binding / T cell differentiation in thymus / sequence-specific DNA binding / adaptive immune response / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / protein homodimerization activity / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
V(D)J recombination-activating protein 1 / RAG1 importin-binding / RAG1 importin binding / Recombination-activation protein 1 (RAG1), recombinase / Kelch-type beta propeller / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
V(D)J recombination-activating protein 1 / RAG2L
類似検索 - 構成要素
生物種Branchiostoma belcheri (ナメクジウオ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Zhang Y / Cheng TC
資金援助 米国, Romania, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)NIH R37AI32524 米国
UEFISCDIPN-III-ID-PCE-2016-0650 Romania
引用ジャーナル: Nature / 年: 2019
タイトル: Transposon molecular domestication and the evolution of the RAG recombinase.
著者: Yuhang Zhang / Tat Cheung Cheng / Guangrui Huang / Qingyi Lu / Marius D Surleac / Jeffrey D Mandell / Pierre Pontarotti / Andrei J Petrescu / Anlong Xu / Yong Xiong / David G Schatz /
要旨: Domestication of a transposon (a DNA sequence that can change its position in a genome) to give rise to the RAG1-RAG2 recombinase (RAG) and V(D)J recombination, which produces the diverse repertoire ...Domestication of a transposon (a DNA sequence that can change its position in a genome) to give rise to the RAG1-RAG2 recombinase (RAG) and V(D)J recombination, which produces the diverse repertoire of antibodies and T cell receptors, was a pivotal event in the evolution of the adaptive immune system of jawed vertebrates. The evolutionary adaptations that transformed the ancestral RAG transposase into a RAG recombinase with appropriately regulated DNA cleavage and transposition activities are not understood. Here, beginning with cryo-electron microscopy structures of the amphioxus ProtoRAG transposase (an evolutionary relative of RAG), we identify amino acid residues and domains the acquisition or loss of which underpins the propensity of RAG for coupled cleavage, its preference for asymmetric DNA substrates and its inability to perform transposition in cells. In particular, we identify two adaptations specific to jawed-vertebrates-arginine 848 in RAG1 and an acidic region in RAG2-that together suppress RAG-mediated transposition more than 1,000-fold. Our findings reveal a two-tiered mechanism for the suppression of RAG-mediated transposition, illuminate the evolution of V(D)J recombination and provide insight into the principles that govern the molecular domestication of transposons.
履歴
登録2017年9月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年10月18日-
マップ公開2019年3月20日-
更新2024年3月13日-
現状2024年3月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6b40
  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7046.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7046.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈BbRAGL-31TIR synaptic complex with nicked DNA refined with C2 symmetry
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.35 Å/pix.
x 180 pix.
= 243. Å		1.35 Å/pix.
x 180 pix.
= 243. Å		1.35 Å/pix.
x 180 pix.
= 243. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.35 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.07 / ムービー #1: 0.07
最小 - 最大-0.117407314 - 0.22704715
平均 (標準偏差)0.0014140488 (±0.010697988)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ180180180
Spacing180180180
セルA=B=C: 243.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.351.351.35
M x/y/z180180180
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z243.000243.000243.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS180180180
D min/max/mean-0.1170.2270.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : BbRAGL-31TIR synaptic complex with nicked DNA

全体名称: BbRAGL-31TIR synaptic complex with nicked DNA
要素
  • 複合体: BbRAGL-31TIR synaptic complex with nicked DNA
    • タンパク質・ペプチド: RAG1L,RAG1L
    • DNA: 31TIR intact strand
    • DNA: 31TIR pre-nicked strand of signal DNA
    • DNA: 31TIR pre-nicked strand of flanking DNA
    • タンパク質・ペプチド: RAG2L
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: BbRAGL-31TIR synaptic complex with nicked DNA

超分子名称: BbRAGL-31TIR synaptic complex with nicked DNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Branchiostoma belcheri (ナメクジウオ)
分子量理論値: 350 KDa

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分子 #1: RAG1L,RAG1L

分子名称: RAG1L,RAG1L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Branchiostoma belcheri (ナメクジウオ)
分子量理論値: 74.440133 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: ESLQRKRLCK ARLYDVTRHH VKHKRLKPLI EHIDEYCNEK DENKGDVLFF LLRSHLYDTG NRSMAEQIDT LWHGESLSCM TPEECLGMR LDMLMTKNQY SKEYNILKER GFSTLCPPKQ LDAIEKTLMP GTARYSIEGM DYSEHYFHSP VKMTGDLEVH S GETLEPDS ...文字列:
ESLQRKRLCK ARLYDVTRHH VKHKRLKPLI EHIDEYCNEK DENKGDVLFF LLRSHLYDTG NRSMAEQIDT LWHGESLSCM TPEECLGMR LDMLMTKNQY SKEYNILKER GFSTLCPPKQ LDAIEKTLMP GTARYSIEGM DYSEHYFHSP VKMTGDLEVH S GETLEPDS VTMDFHEYVP DFPCPNTKGV RFPYAHAVAK TLEELEDEIV NGLKKLGRDP NDPTLVIHTI CKDGADGMGD VS VHKEKSD HLLPDKALRF SFCVLRCSVM HKDTEVTIYE DPNPNSVRSN RPVLECIGDE NDDGTVAVCV GPIECQRLLM KDK IMRVHM SDGTQRAHYL TFFNSMVDEK WDRAHGGLAG AGSKYLCTLC EAVRDEALEK AGSYKITRTL KKIEVTASKM KYES QEKDT FGVKGYPLLT TEPWERGIDA THTDINMGNY FKSLIVREMA QVHSWAKTAN VKKQIVDAES KLDKHLKESL GLNPT LMMA GNYARELFKA EHADKLVALV DKPDRKSALV EVLAKFRQLR KVYRANWPLN DMSDEVRQYK AKAVEMANDL KTHFPY APC TNYLHKVIEH VQELIEHPSG VGSVGALSSE GNEAGNKLFR QLRLGHARKG NTYNGLRDVL CTHWLYTSKT LRDKAA (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)

UniProtKB: V(D)J recombination-activating protein 1

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分子 #5: RAG2L

分子名称: RAG2L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Branchiostoma belcheri (ナメクジウオ)
分子量理論値: 39.509254 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSSGPIFSSL VTDSSRSSRK KSDSALGTEF TVVCDRVPLR DPSPTVQRFL CFVFDNGSGA MSTLPIDVGG EGISLSDMKE VKAMPHIAS GCTAVWGPPL PPKPGKDTKQ VILWGGLDKR RWCCSNDLTQ VDITITPKTT TAKVSILPAD KQDGVPSPRT G HTLVAISS ...文字列:
MSSGPIFSSL VTDSSRSSRK KSDSALGTEF TVVCDRVPLR DPSPTVQRFL CFVFDNGSGA MSTLPIDVGG EGISLSDMKE VKAMPHIAS GCTAVWGPPL PPKPGKDTKQ VILWGGLDKR RWCCSNDLTQ VDITITPKTT TAKVSILPAD KQDGVPSPRT G HTLVAISS LQAILFGGLE LASRHARLGT CAQSCKDGYF YLLDMTTLRW NKLPLPPLVP RAYHSSTWVP ASSTMVIVGG IT YSGHCPS ERLSVSDVVC LKISDTSQYT LTEIHMEGVR DSYVSSSSAS ALCDDRFVLY GGYHHDKSGL HPPEPSRDLY VMN LQTKKA VVHHAPTRMA SAGHTCLRLI DNSVVMIGGT CKSVNCCTNL

UniProtKB: RAG2L

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分子 #2: 31TIR intact strand

分子名称: 31TIR intact strand / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 2 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Branchiostoma belcheri (ナメクジウオ)
分子量理論値: 19.218312 KDa
配列文字列: (DC)(DA)(DA)(DG)(DA)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG) (DA)(DC)(DC)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DT) (DG)(DC)(DT)(DG)(DG)(DG)(DT)(DA)(DT) (DA)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA)(DA)(DG)(DT)(DA) (DT) (DC)(DA)(DT)(DA)(DG) ...文字列:
(DC)(DA)(DA)(DG)(DA)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG) (DA)(DC)(DC)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DT) (DG)(DC)(DT)(DG)(DG)(DG)(DT)(DA)(DT) (DA)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA)(DA)(DG)(DT)(DA) (DT) (DC)(DA)(DT)(DA)(DG)(DT)(DG)(DC) (DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DC) (DC)(DA) (DA)(DG)

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分子 #3: 31TIR pre-nicked strand of signal DNA

分子名称: 31TIR pre-nicked strand of signal DNA / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 2 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Branchiostoma belcheri (ナメクジウオ)
分子量理論値: 14.357206 KDa
配列文字列:
(DC)(DA)(DC)(DT)(DA)(DT)(DG)(DA)(DT)(DA) (DC)(DT)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DT)(DA)(DT) (DA)(DC)(DC)(DC)(DA)(DG)(DC)(DA)(DG) (DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG) (DC) (DC)(DA)(DT)(DC)(DT)(DT)(DG)

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分子 #4: 31TIR pre-nicked strand of flanking DNA

分子名称: 31TIR pre-nicked strand of flanking DNA / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 2 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Branchiostoma belcheri (ナメクジウオ)
分子量理論値: 4.601971 KDa
配列文字列:
(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG) (DC)(DG)(DC)(DT)(DG)

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分子 #6: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #7: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.4 mg/mL
緩衝液pH: 7.6
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 4C / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 7676 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 7420 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 3-40 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4429 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 54.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 496221
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

6488

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 350143
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-6b40:
BbRAGL-3'TIR synaptic complex with nicked DNA refined with C2 symmetry

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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