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- EMDB-70149: CryoEM structure of Wuhan spiny eel influenza virus (WSEIV) HA -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-70149
タイトルCryoEM structure of Wuhan spiny eel influenza virus (WSEIV) HA
マップデータ
試料
  • 複合体: Wuhan spiny eel influenza virus (WSEIV) HA trimer
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA2 chain
  • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA1 chain
キーワードWuhan spiny eel influenza virus / WSEIV / Flu Hemagglutinin / HA / VIRUS / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell surface receptor binding / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus B / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Wuhan spiny eel influenza virus (インフルエンザウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.67 Å
データ登録者Huang J / Han J / Ward AB
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93019C00051 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / : 2025
タイトル: Characterization of the glycoproteins of novel fish influenza B-like viruses.
著者: Gagandeep Singh / Jiachen Huang / Disha Bhavsar / Kirill Vasilev / James A Ferguson / Geert-Jan Boons / Viviana Simon / Robert P de Vries / Julianna Han / Andrew Ward / Florian Krammer /
要旨: Novel influenza-like virus sequences previously identified in fish and amphibians were found to cluster as a sister clade of influenza B viruses, but have thus far remained uncharacterized. We ...Novel influenza-like virus sequences previously identified in fish and amphibians were found to cluster as a sister clade of influenza B viruses, but have thus far remained uncharacterized. We demonstrate that salamander influenza-like virus (SILV) HA is functionally divergent from influenza B virus HA and does not bind to α 2,3- and α2,6-linked sialic acids. However, the HAs of Siamese algae-eater influenza-like virus (SAEILV) and chum salmon influenza-like virus (CSILV) bind to α2,3 linked sialic acid. Furthermore, SAEILV HA binds to sialyated Lewis X, is activated by human airway enzymes and is fusogenic at a wide range of pH conditions. SAEILV NA has a highly conserved active site and a similar structure to other known NAs. We also determined the cryo-electron microscopy structure of the HA of a previously described virus from the same sister clade, the Wuhan spiny eel influenza virus (WSEIV). Importantly, no cross-reactive antibodies against these HAs or NAs were found in the human serum, suggesting that humans are immunologically naïve to these viruses.
履歴
登録2025年4月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月6日-
マップ公開2025年8月6日-
更新2025年8月6日-
現状2025年8月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_70149.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 288 pix.
= 300.96 Å
1.05 Å/pix.
x 288 pix.
= 300.96 Å
1.05 Å/pix.
x 288 pix.
= 300.96 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.045 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.4
最小 - 最大-1.6930678 - 2.657415
平均 (標準偏差)0.0011286964 (±0.059004307)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 300.96 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_70149_msk_1.map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_70149_half_map_1.map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_70149_half_map_2.map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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試料の構成要素

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全体 : Wuhan spiny eel influenza virus (WSEIV) HA trimer

全体名称: Wuhan spiny eel influenza virus (WSEIV) HA trimer
要素
  • 複合体: Wuhan spiny eel influenza virus (WSEIV) HA trimer
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA2 chain
  • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA1 chain

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超分子 #1: Wuhan spiny eel influenza virus (WSEIV) HA trimer

超分子名称: Wuhan spiny eel influenza virus (WSEIV) HA trimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Wuhan spiny eel influenza virus (インフルエンザウイルス)

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分子 #1: Hemagglutinin HA1 chain

分子名称: Hemagglutinin HA1 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Wuhan spiny eel influenza virus (インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 36.282379 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: NDKICAGVAS GKGTHRVETI TKGEVLVTNA INMTHTPTSG PFGDLKTGNV RDKLCPTCTG CTDMDVALMT PTCNGVIPEA IAAIQHENR PLQSKCNPIL HDLGNTRQLP NLLRKYKKIR KSSGIAFPLA SYADQPVISN PSGNCRDGNG VESEFGSLLW L TGNTKGAI ...文字列:
NDKICAGVAS GKGTHRVETI TKGEVLVTNA INMTHTPTSG PFGDLKTGNV RDKLCPTCTG CTDMDVALMT PTCNGVIPEA IAAIQHENR PLQSKCNPIL HDLGNTRQLP NLLRKYKKIR KSSGIAFPLA SYADQPVISN PSGNCRDGNG VESEFGSLLW L TGNTKGAI TGETITITHQ CNNDEVMVLV WGAWADLSAT MNTIYGVTTP QTYVSNFPSG RFSMSPFLGN FPALAETEAT TA TGRIYLR MEVLESGQRG TIQYQRGFMG PGKFWCLSEP IPVVKGAVKT NGAVSDCLHE VYGGISKPTP FYTGNRGKSV GNC PKWVRK PLLVVNGTKA R

UniProtKB: Hemagglutinin

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分子 #2: Hemagglutinin HA2 chain

分子名称: Hemagglutinin HA2 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Wuhan spiny eel influenza virus (インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 19.870354 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
DSISTRGLFG AIAGFLEGGW DGMIAGWHGY SSTGDHGTKV AADLVSTQKA MDAITARINN MNKMTERAFS VTDSTMQEIQ KEIKDLDKK IDDVRADETA AQIEMIVLLE NENIINAEDE HVHALKQKLT KMLGPSAQDM GDGCFIVDHQ CKEDCLREIV S GNYTPSKY GMDEFKSPII TGT

UniProtKB: Hemagglutinin

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.7 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度名称
50.0 mMTrisTris
100.0 mMNaClSodium chloride
0.1 %Octyl-beta-GlucosideOctyl-beta-Glucoside
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.7 µm
最小 デフォーカス(公称値): 0.7000000000000001 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / 詳細: CryoSPARC Ab-initio
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.67 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0) / 使用した粒子像数: 198768
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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