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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | BG505 SOSIP in complex with 007 bNAb IgG1 - trimer-dimer class | |||||||||
![]() | Sharpened EM map | |||||||||
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![]() | antibody / envelope / SOSIP / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / identical protein binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | |||||||||
![]() | DeLaitsch AT / Bjorkman PJ | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Identification of a broad and potent V3 glycan site bNAb targeting an N332 glycan-independent epitope. 著者: Lutz Gieselmann / Andrew T DeLaitsch / Malena Rohde / Caelan Radford / Johanna Worczinski / Anna Momot / Elvin Ahmadov / Judith A Burger / Colin Havenar-Daughton / Sharvari Deshpande / ...著者: Lutz Gieselmann / Andrew T DeLaitsch / Malena Rohde / Caelan Radford / Johanna Worczinski / Anna Momot / Elvin Ahmadov / Judith A Burger / Colin Havenar-Daughton / Sharvari Deshpande / Federico Giovannoni / Davide Corti / Christoph Kreer / Meryem Seda Ercanoglu / Philipp Schommers / Ivelin S Georgiev / Anthony P West / Jacqueline Knüfer / Ricarda Stumpf / Arne Kroidl / Christof Geldmacher / Lucas Maganga / Wiston William / Nyanda E Ntinginya / Michael Hoelscher / Zhengrong Yang / Qing Wei / Matthew Renfrow / Todd J Green / Jan Novak / Marit J van Gils / Harry B Gristick / Henning Gruell / Jesse D Bloom / Michael S Seaman / Pamela J Bjorkman / Florian Klein / ![]() ![]() ![]() 要旨: Broadly neutralizing antibodies (bNAbs) against HIV-1 can suppress viremia and inform vaccine development. Here, we characterized 007, a V3 glycan site bNAb exhibiting high levels of antiviral ...Broadly neutralizing antibodies (bNAbs) against HIV-1 can suppress viremia and inform vaccine development. Here, we characterized 007, a V3 glycan site bNAb exhibiting high levels of antiviral activity against multiclade pseudovirus panels (GeoMean IC = 0.012 μg/mL, breadth = 69%, 217 virus strains) by targeting a N332 glycan-independent V3 epitope, a site of Env vulnerability to which only weakly neutralizing antibodies had previously been identified. Functional analyses demonstrated distinct binding and neutralization profiles compared to classical V3 glycan site bNAbs. A 007 Fab-Env cryo-EM structure revealed contacts with the V3 GD/NIR motif and interactions with N156 and N301 glycans. In contrast to classical V3 bNAbs, 007 binding to Env does not depend on the N332 glycan, rendering it resistant to common escape mutations. Structures of 007 IgG-Env trimer complexes showed two Env trimers crosslinked by three bivalent IgGs, and bivalent 007 IgG was up to ~300-fold more potent than monovalent 007 IgG heterodimer, suggesting a role for avidity in potent neutralization. Finally, in HIV-1-infected humanized mice, 007 caused transient decline of viremia and overcame classical V3 escape mutations, highlighting 007's potential for HIV-1 prevention, therapy, functional cure, and vaccine design. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 168.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 26 KB 26 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 11.9 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 88.9 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 7.7 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 89.5 MB 164.6 MB 164.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 908.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 908.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Sharpened EM map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.44 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: Unsharpened EM map
ファイル | emd_70022_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened EM map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: EM half map A
ファイル | emd_70022_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | EM half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: EM half map B
ファイル | emd_70022_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | EM half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : HIV-1 BG505 SOSIP trimer bound by three 007 bNAb IgG1 molecules
全体 | 名称: HIV-1 BG505 SOSIP trimer bound by three 007 bNAb IgG1 molecules |
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要素 |
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-超分子 #1: HIV-1 BG505 SOSIP trimer bound by three 007 bNAb IgG1 molecules
超分子 | 名称: HIV-1 BG505 SOSIP trimer bound by three 007 bNAb IgG1 molecules タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Envelope glycoprotein gp120
分子 | 名称: Envelope glycoprotein gp120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 53.3925 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: NLWVTVYYGV PVWKDAETTL FCASDAKAYE TEKHNVWATH ACVPTDPNPQ EIHLENVTEE FNMWKNNMVE QMHTDIISLW DQSLKPCVK LTPLCVTLQC TNVTNNITDD MRGELKNCSF NMTTELRDKK QKVYSLFYRL DVVQINENQG NRSNNSNKEY R LINCNTSA ...文字列: NLWVTVYYGV PVWKDAETTL FCASDAKAYE TEKHNVWATH ACVPTDPNPQ EIHLENVTEE FNMWKNNMVE QMHTDIISLW DQSLKPCVK LTPLCVTLQC TNVTNNITDD MRGELKNCSF NMTTELRDKK QKVYSLFYRL DVVQINENQG NRSNNSNKEY R LINCNTSA ITQACPKVSF EPIPIHYCAP AGFAILKCKD KKFNGTGPCP SVSTVQCTHG IKPVVSTQLL LNGSLAEEEV MI RSENITN NAKNILVQFN TPVQINCTRP NNNTRKSIRI GPGQAFYATG DIIGDIRQAH CNVSKATWNE TLGKVVKQLR KHF GNNTII RFANSSGGDL EVTTHSFNCG GEFFYCNTSG LFNSTWISNT SVQGSNSTGS NDSITLPCRI KQIINMWQRI GQAM YAPPI QGVIRCVSNI TGLILTRDGG STNSTTETFR PGGGDMRDNW RSELYKYKVV KIEPLGVAPT RCKRRVVGRR R UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160 |
-分子 #2: Envelope glycoprotein gp41
分子 | 名称: Envelope glycoprotein gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 17.618064 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: RRRAVGIGAV FLGFLGAAGS TMGAASMTLT VQARNLLSGI VQQQSNLLRA PEAQQHLLKL TVWGIKQLQA RVLAVERYLR DQQLLGIWG CSGKLICCTN VPWNSSWSNR NLSEIWDNMT WLQWDKEISN YTQIIYGLLE ESQNQQEKNE QDLLALD UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160 |
-分子 #3: 007 IgG1 Heavy Chain
分子 | 名称: 007 IgG1 Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 50.497047 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: QARLQQWEGR PLKPAETLSL TCGVHGVGLG GSGWGWIRQP PGQGLQWIGE IDHDGSHKHN PALRSRLSMS LDTSRNQVSL RLTSVTAAD TAIYYCVRVY REKFLIGEFL TDYRFMDMWG TGTTVIVSPA STKGPSVFPL APSSKSTSGG TAALGCLVKD Y FPEPVTVS ...文字列: QARLQQWEGR PLKPAETLSL TCGVHGVGLG GSGWGWIRQP PGQGLQWIGE IDHDGSHKHN PALRSRLSMS LDTSRNQVSL RLTSVTAAD TAIYYCVRVY REKFLIGEFL TDYRFMDMWG TGTTVIVSPA STKGPSVFPL APSSKSTSGG TAALGCLVKD Y FPEPVTVS WNSGALTSGV HTFPAVLQSS GLYSLSSVVT VPSSSLGTQT YICNVNHKPS NTKVDKRVEP KSCDKTHTCP PC PAPELLG GPSVFLFPPK PKDTLMISRT PEVTCVVVDV SHEDPEVKFN WYVDGVEVHN AKTKPREEQY NSTYRVVSVL TVL HQDWLN GKEYKCKVSN KALPAPIEKT ISKAKGQPRE PQVYTLPPSR EEMTKNQVSL TCLVKGFYPS DIAVEWESNG QPEN NYKTT PPVLDSDGSF FLYSKLTVDK SRWQQGNVFS CSVMHEALHN HYTQKSLSLS PGK |
-分子 #4: 007 Light Chain
分子 | 名称: 007 Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 23.50027 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: AIQLTQAPLT VSASIGDTIT LTCRASQDIS IWLSWYRQMP GKAPELLIYA ASTLRGGVPS RFSGARSGTD FSLKIKNLQP EDFATYYCF QSDSYPRAFG QGTKVEITRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列: AIQLTQAPLT VSASIGDTIT LTCRASQDIS IWLSWYRQMP GKAPELLIYA ASTLRGGVPS RFSGARSGTD FSLKIKNLQP EDFATYYCF QSDSYPRAFG QGTKVEITRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC |
-分子 #8: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 48 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 2.6 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2290 / 平均電子線量: 45.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル |
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詳細 | chains individually rigid body fit into density | ||||||||||
精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT | ||||||||||
得られたモデル | ![]() PDB-9o2u: |