[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルIdentification of a broad and potent V3 glycan site bNAb targeting an N332 glycan-independent epitope.
ジャーナル・号・ページbioRxiv, Year 2025
掲載日2025年9月10日
著者Lutz Gieselmann / Andrew T DeLaitsch / Malena Rohde / Caelan Radford / Johanna Worczinski / Anna Momot / Elvin Ahmadov / Judith A Burger / Colin Havenar-Daughton / Sharvari Deshpande / Federico Giovannoni / Davide Corti / Christoph Kreer / Meryem Seda Ercanoglu / Philipp Schommers / Ivelin S Georgiev / Anthony P West / Jacqueline Knüfer / Ricarda Stumpf / Arne Kroidl / Christof Geldmacher / Lucas Maganga / Wiston William / Nyanda E Ntinginya / Michael Hoelscher / Zhengrong Yang / Qing Wei / Matthew Renfrow / Todd J Green / Jan Novak / Marit J van Gils / Harry B Gristick / Henning Gruell / Jesse D Bloom / Michael S Seaman / Pamela J Bjorkman / Florian Klein /
PubMed 要旨Broadly neutralizing antibodies (bNAbs) against HIV-1 can suppress viremia and inform vaccine development. Here, we characterized 007, a V3 glycan site bNAb exhibiting high levels of antiviral ...Broadly neutralizing antibodies (bNAbs) against HIV-1 can suppress viremia and inform vaccine development. Here, we characterized 007, a V3 glycan site bNAb exhibiting high levels of antiviral activity against multiclade pseudovirus panels (GeoMean IC = 0.012 μg/mL, breadth = 69%, 217 virus strains) by targeting a N332 glycan-independent V3 epitope, a site of Env vulnerability to which only weakly neutralizing antibodies had previously been identified. Functional analyses demonstrated distinct binding and neutralization profiles compared to classical V3 glycan site bNAbs. A 007 Fab-Env cryo-EM structure revealed contacts with the V3 GD/NIR motif and interactions with N156 and N301 glycans. In contrast to classical V3 bNAbs, 007 binding to Env does not depend on the N332 glycan, rendering it resistant to common escape mutations. Structures of 007 IgG-Env trimer complexes showed two Env trimers crosslinked by three bivalent IgGs, and bivalent 007 IgG was up to ~300-fold more potent than monovalent 007 IgG heterodimer, suggesting a role for avidity in potent neutralization. Finally, in HIV-1-infected humanized mice, 007 caused transient decline of viremia and overcame classical V3 escape mutations, highlighting 007's potential for HIV-1 prevention, therapy, functional cure, and vaccine design.
リンクbioRxiv / PubMed:40964353 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.9 - 4.2 Å
構造データ

70018

9o2q

EMDB-70018, PDB-9o2q:
BG505-DS SOSIP in complex with 007 bNAb Fabs - Class 0 (unbound)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

70019

9o2r

EMDB-70019, PDB-9o2r:
BG505-DS SOSIP in complex with 007 bNAb Fabs - Class 1 (1 Fab bound)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

70020

9o2s

EMDB-70020, PDB-9o2s:
BG505-DS SOSIP in complex with 007 bNAb Fabs - Class 2 (2 Fabs bound)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

70021

9o2t

EMDB-70021, PDB-9o2t:
BG505-DS SOSIP in complex with 007 bNAb Fabs - Class 3 (3 Fabs bound)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

70022

9o2u

EMDB-70022, PDB-9o2u:
BG505 SOSIP in complex with 007 bNAb IgG1 - trimer-dimer class
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

由来
  • human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードVIRAL PROTEIN / Envelope / SOSIP / trimer / VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / antibody / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る