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- EMDB-6941: Saccharomyces Cerevisiae Origin Recognition Complex Bound to a 72... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6941
タイトルSaccharomyces Cerevisiae Origin Recognition Complex Bound to a 72-bp Origin DNA containing ACS and B1 element
マップデータ
試料
  • 複合体: Saccharomyces Cerevisiae Origin Recognition Complex Bound to a 72-bp Origin DNA containing ACS and B1 element
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 5
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 6
    • DNA: 72bp-oring DNA, ACS305, T-rich
    • DNA: 72bp-oring DNA, ACS305, A-rich
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードOrigin Recognition Complex / DNA replication initiation / 72-bp origin DNA / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


CDC6 association with the ORC:origin complex / Cul8-RING ubiquitin ligase complex / maintenance of rDNA / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / pre-replicative complex assembly involved in nuclear cell cycle DNA replication / nuclear origin of replication recognition complex / Activation of the pre-replicative complex / nucleosome organization / nuclear pre-replicative complex / Activation of ATR in response to replication stress ...CDC6 association with the ORC:origin complex / Cul8-RING ubiquitin ligase complex / maintenance of rDNA / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / pre-replicative complex assembly involved in nuclear cell cycle DNA replication / nuclear origin of replication recognition complex / Activation of the pre-replicative complex / nucleosome organization / nuclear pre-replicative complex / Activation of ATR in response to replication stress / DNA replication preinitiation complex / mitotic DNA replication checkpoint signaling / silent mating-type cassette heterochromatin formation / Orc1 removal from chromatin / regulation of DNA replication / DNA replication origin binding / nucleosome binding / DNA replication initiation / subtelomeric heterochromatin formation / chromosome, telomeric region / chromatin binding / ATP hydrolysis activity / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Origin recognition complex, subunit 6, fungi / : / Origin recognition complex subunit 1 C-terminal winged HTH domain / Origin recognition complex, subunit 6 / Origin recognition complex subunit 6 (ORC6) / Origin recognition complex subunit 4 / Origin recognition complex, subunit 3 / Origin recognition complex, subunit 5 / Origin recognition complex subunit 4, C-terminal / Origin recognition complex subunit 3, winged helix C-terminal ...Origin recognition complex, subunit 6, fungi / : / Origin recognition complex subunit 1 C-terminal winged HTH domain / Origin recognition complex, subunit 6 / Origin recognition complex subunit 6 (ORC6) / Origin recognition complex subunit 4 / Origin recognition complex, subunit 3 / Origin recognition complex, subunit 5 / Origin recognition complex subunit 4, C-terminal / Origin recognition complex subunit 3, winged helix C-terminal / Origin recognition complex subunit 3, N-terminal / : / : / Origin recognition complex (ORC) subunit 3 N-terminus / Origin recognition complex (ORC) subunit 4 C-terminus / Origin recognition complex (ORC) subunit 5 C-terminus / Origin recognition complex winged helix C-terminal / ORC5, lid domain / Orc1-like, AAA ATPase domain / Origin recognition complex subunit 2 / AAA ATPase domain / Origin recognition complex, subunit 2 / AAA lid domain / AAA lid domain / : / Bromo adjacent homology domain / BAH domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain superfamily / BAH domain profile. / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / EF-Hand 1, calcium-binding site / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Origin recognition complex subunit 2 / Origin recognition complex subunit 6 / Origin recognition complex subunit 5 / Origin recognition complex subunit 1 / Origin recognition complex subunit 3 / Origin recognition complex subunit 4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Li N / Lam WH
引用ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: Structure of the origin recognition complex bound to DNA replication origin.
著者: Ningning Li / Wai Hei Lam / Yuanliang Zhai / Jiaxuan Cheng / Erchao Cheng / Yongqian Zhao / Ning Gao / Bik-Kwoon Tye /
要旨: The six-subunit origin recognition complex (ORC) binds to DNA to mark the site for the initiation of replication in eukaryotes. Here we report a 3 Å cryo-electron microscopy structure of the ...The six-subunit origin recognition complex (ORC) binds to DNA to mark the site for the initiation of replication in eukaryotes. Here we report a 3 Å cryo-electron microscopy structure of the Saccharomyces cerevisiae ORC bound to a 72-base-pair origin DNA sequence that contains the ARS consensus sequence (ACS) and the B1 element. The ORC encircles DNA through extensive interactions with both phosphate backbone and bases, and bends DNA at the ACS and B1 sites. Specific recognition of thymine residues in the ACS is carried out by a conserved basic amino acid motif of Orc1 in the minor groove, and by a species-specific helical insertion motif of Orc4 in the major groove. Moreover, similar insertions into major and minor grooves are also embedded in the B1 site by basic patch motifs from Orc2 and Orc5, respectively, to contact bases and to bend DNA. This work pinpoints a conserved role of ORC in modulating DNA structure to facilitate origin selection and helicase loading in eukaryotes.
履歴
登録2018年4月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年7月11日-
マップ公開2018年7月11日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6941.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6941.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 256 pix.
= 269.312 Å		1.05 Å/pix.
x 256 pix.
= 269.312 Å		1.05 Å/pix.
x 256 pix.
= 269.312 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.052 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05 / ムービー #1: 0.05
最小 - 最大-0.19995214 - 0.44266602
平均 (標準偏差)0.0006592716 (±0.010016402)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 269.312 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0521.0521.052
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z269.312269.312269.312
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.2000.4430.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Saccharomyces Cerevisiae Origin Recognition Complex Bound to a 72...

全体名称: Saccharomyces Cerevisiae Origin Recognition Complex Bound to a 72-bp Origin DNA containing ACS and B1 element
要素
  • 複合体: Saccharomyces Cerevisiae Origin Recognition Complex Bound to a 72-bp Origin DNA containing ACS and B1 element
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 5
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 6
    • DNA: 72bp-oring DNA, ACS305, T-rich
    • DNA: 72bp-oring DNA, ACS305, A-rich
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Saccharomyces Cerevisiae Origin Recognition Complex Bound to a 72...

超分子名称: Saccharomyces Cerevisiae Origin Recognition Complex Bound to a 72-bp Origin DNA containing ACS and B1 element
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8
詳細: Saccharomyces Cerevisiae Origin Recognition Complex (Orc1-6, chain A-F) Bound to a 72-bp Origin DNA (a 72-bp dsDNA chain G-H) containing ACS and B1 element
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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分子 #1: Origin recognition complex subunit 1

分子名称: Origin recognition complex subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 104.546164 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MAKTLKDLQG WEIITTDEQG NIIDGGQKRL RRRGAKTEHY LKRSSDGIKL GRGDSVVMHN EAAGTYSVYM IQELRLNTLN NVVELWALT YLRWFEVNPL AHYRQFNPDA NILNRPLNYY NKLFSETANK NELYLTAELA ELQLFNFIRV ANVMDGSKWE V LKGNVDPE ...文字列:
MAKTLKDLQG WEIITTDEQG NIIDGGQKRL RRRGAKTEHY LKRSSDGIKL GRGDSVVMHN EAAGTYSVYM IQELRLNTLN NVVELWALT YLRWFEVNPL AHYRQFNPDA NILNRPLNYY NKLFSETANK NELYLTAELA ELQLFNFIRV ANVMDGSKWE V LKGNVDPE RDFTVRYICE PTGEKFVDIN IEDVKAYIKK VEPREAQEYL KDLTLPSKKK EIKRGPQKKD KATQTAQISD AE TRATDIT DNEDGNEDES SDYESPSDID VSEDMDSGEI SADELEEEED EEEDEDEEEK EARHTNSPRK RGRKIKLGKD DID ASVQPP PKKRGRKPKD PSKPRQMLLI SSCRANNTPV IRKFTKKNVA RAKKKYTPFS KRFKSIAAIP DLTSLPEFYG NSSE LMASR FENKLKTTQK HQIVETIFSK VKKQLNSSYV KEEILKSANF QDYLPARENE FASIYLSAYS AIESDSATTI YVAGT PGVG KTLTVREVVK ELLSSSAQRE IPDFLYVEIN GLKMVKPTDC YETLWNKVSG ERLTWAASME SLEFYFKRVP KNKKKT IVV LLDELDAMVT KSQDIMYNFF NWTTYENAKL IVIAVANTMD LPERQLGNKI TSRIGFTRIM FTGYTHEELK NIIDLRL KG LNDSFFYVDT KTGNAILIDA AGNDTTVKQT LPEDVRKVRL RMSADAIEIA SRKVASVSGD ARRALKVCKR AAEIAEKH Y MAKHGYGYDG KTVIEDENEE QIYDDEDKDL IESNKAKDDN DDDDDNDGVQ TVHITHVMKA LNETLNSHVI TFMTRLSFT AKLFIYALLN LMKKNGSQEQ ELGDIVDEIK LLIEVNGSNK FVMEIAKTLF QQGSDNISEQ LRIISWDFVL NQLLDAGILF KQTMKNDRI CCVKLNISVE EAKRAMNEDE TLRNL

UniProtKB: Origin recognition complex subunit 1

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分子 #2: Origin recognition complex subunit 2

分子名称: Origin recognition complex subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 71.34218 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MLNGEDFVEH NDILSSPAKS RNVTPKRVDP HGERQLRRIH SSKKNLLERI SLVGNERKNT SPDPALKPKT PSKAPRKRGR PRKIQEELT DRIKKDEKDT ISSKKKRKLD KDTSGNVNEE SKTSNNKQVM EKTGIKEKRE REKIQVATTT YEDNVTPQTD D NFVSNSPE ...文字列:
MLNGEDFVEH NDILSSPAKS RNVTPKRVDP HGERQLRRIH SSKKNLLERI SLVGNERKNT SPDPALKPKT PSKAPRKRGR PRKIQEELT DRIKKDEKDT ISSKKKRKLD KDTSGNVNEE SKTSNNKQVM EKTGIKEKRE REKIQVATTT YEDNVTPQTD D NFVSNSPE PPEPATPSKK SLTTNHDFTS PLKQIIMNNL KEYKDSTSPG KLTLSRNFTP TPVPKNKKLY QTSETKSASS FL DTFEGYF DQRKIVRTNA KSRHTMSMAP DVTREEFSLV SNFFNENFQK RPRQKLFEIQ KKMFPQYWFE LTQGFSLLFY GVG SKRNFL EEFAIDYLSP KIAYSQLAYE NELQQNKPVN SIPCLILNGY NPSCNYRDVF KEITDLLVPA ELTRSETKYW GNHV ILQIQ KMIDFYKNQP LDIKLILVVH NLDGPSIRKN TFQTMLSFLS VIRQIAIVAS TDHIYAPLLW DNMKAQNYNF VFHDI SNFE PSTVESTFQD VMKMGKSDTS SGAEGAKYVL QSLTVNSKKM YKLLIETQMQ NMGNLSANTG PKRGTQRTGV ELKLFN HLC AADFIASNEI ALRSMLREFI EHKMANITKN NSGMEIIWVP YTYAELEKLL KTVLNTL

UniProtKB: Origin recognition complex subunit 2

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分子 #3: Origin recognition complex subunit 3

分子名称: Origin recognition complex subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 72.161766 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSDLNQSKKM NVSEFADAQR SHYTVYPSLP QSNKNDKHIP FVKLLSGKES EVNVEKRWEL YHQLHSHFHD QVDHIIDNIE ADLKAEISD LLYSETTQKR RCFNTIFLLG SDSTTKIELK DESSRYNVLI ELTPKESPNV RMMLRRSMYK LYSAADAEEH P TIKYEDIN ...文字列:
MSDLNQSKKM NVSEFADAQR SHYTVYPSLP QSNKNDKHIP FVKLLSGKES EVNVEKRWEL YHQLHSHFHD QVDHIIDNIE ADLKAEISD LLYSETTQKR RCFNTIFLLG SDSTTKIELK DESSRYNVLI ELTPKESPNV RMMLRRSMYK LYSAADAEEH P TIKYEDIN DEDGDFTEQN NDVSYDLSLV ENFKRLFGKD LAMVFNFKDV DSINFNTLDN FIILLKSAFK YDHVKISLIF NI NTNLSNI EKNLRQSTIR LLKRNYHKLD VSSNKGFKYG NQIFQSFLDT VDGKLNLSDR FVEFILSKMA NNTNHNLQLL TKM LDYSLM SYFFQNAFSV FIDPVNVDFL NDDYLKILSR CPTFMFFVEG LIKQHAPADE ILSLLTNKNR GLEEFFVEFL VREN PINGH AKFVARFLEE ELNITNFNLI ELYHNLLIGK LDSYLDRWSA CKEYKDRLHF EPIDTIFQEL FTLDNRSGLL TQSIF PSYK SNIEDNLLSW EQVLPSLDKE NYDTLSGDLD KIMAPVLGQL FKLYREANMT INIYDFYIAF RETLPKEEIL NFIRKD PSN TKLLELAETP DAFDKVALIL FMQAIFAFEN MGLIKFQSTK SYDLVEKCVW RGI

UniProtKB: Origin recognition complex subunit 3

+
分子 #4: Origin recognition complex subunit 4

分子名称: Origin recognition complex subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 60.772152 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MTISEARLSP QVNLLPIKRH SNEEVEETAA ILKKRTIDNE KCKDSDPGFG SLQRRLLQQL YGTLPTDEKI IFTYLQDCQQ EIDRIIKQS IIQKESHSVI LVGPRQSYKT YLLDYELSLL QQSYKEQFIT IRLNGFIHSE QTAINGIATQ LEQQLQKIHG S EEKIDDTS ...文字列:
MTISEARLSP QVNLLPIKRH SNEEVEETAA ILKKRTIDNE KCKDSDPGFG SLQRRLLQQL YGTLPTDEKI IFTYLQDCQQ EIDRIIKQS IIQKESHSVI LVGPRQSYKT YLLDYELSLL QQSYKEQFIT IRLNGFIHSE QTAINGIATQ LEQQLQKIHG S EEKIDDTS LETISSGSLT EVFEKILLLL DSTTKTRNED SGEVDRESIT KITVVFIFDE IDTFAGPVRQ TLLYNLFDMV EH SRVPVCI FGCTTKLNIL EYLEKRVKSR FSQRVIYMPQ IQNLDDMVDA VRNLLTVRSE ISPWVSQWNE TLEKELSDPR SNL NRHIRM NFETFRSLPT LKNSIIPLVA TSKNFGSLCT AIKSCSFLDI YNKNQLSNNL TGRLQSLSDL ELAILISAAR VALR AKDGS FNFNLAYAEY EKMIKAINSR IPTVAPTTNV GTGQSTFSID NTIKLWLKKD VKNVWENLVQ LDFFTEKSAV GLRDN ATAA FYASNYQFQG TMIPFDLRSY QMQIILQELR RIIPKSNMYY SWTQL

UniProtKB: Origin recognition complex subunit 4

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分子 #5: Origin recognition complex subunit 5

分子名称: Origin recognition complex subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 55.347168 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MNVTTPEVAF REYQTNCLAS YISADPDITP SNLILQGYSG TGKTYTLKKY FNANPNLHAV WLEPVELVSW KPLLQAIART VQYKLKTLY PNIPTTDYDP LQVEEPFLLV KTLHNIFVQY ESLQEKTCLF LILDGFDSLQ DLDAALFNKY IKLNELLPKD S KINIKFIY ...文字列:
MNVTTPEVAF REYQTNCLAS YISADPDITP SNLILQGYSG TGKTYTLKKY FNANPNLHAV WLEPVELVSW KPLLQAIART VQYKLKTLY PNIPTTDYDP LQVEEPFLLV KTLHNIFVQY ESLQEKTCLF LILDGFDSLQ DLDAALFNKY IKLNELLPKD S KINIKFIY TMLETSFLQR YSTHCIPTVM FPRYNVDEVS TILVMSRCGE LMEDSCLRKR IIEEQITDCT DDQFQNVAAN FI HLIVQAF HSYTGNDIFA LNDLIDFKWP KYVSRITKEN IFEPLALYKS AIKLFLSTDD NLSENGQGES AITTNRDDLE NSQ TYDLSI ISKYLLIASY ICSYLEPRYD ASIFSRKTRI IQGRAAYGRR KKKEVNPRYL QPSLFAIERL LAIFQAIFPI QGKA ESGSL SALREESLMK ANIEVFQNLS ELHTLKLIAT TMNKNIDYLS PKVRWKVNVP WEIIKEISES VHFNISDYFS DIHE

UniProtKB: Origin recognition complex subunit 5

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分子 #6: Origin recognition complex subunit 6

分子名称: Origin recognition complex subunit 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 50.369531 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSMQQVQHCV AEVLRLDPQE KPDWSSGYLK KLTNATSILY NTSLNKVMLK QDEEVARCHI CAYIASQKMN EKHMPDLCYY IDSIPLEPK KAKHLMNLFR QSLSNSSPMK QFAWTPSPKK NKRSPVKNGG RFTSSDPKEL RNQLFGTPTK VRKSQNNDSF V IPELPPMQ ...文字列:
MSMQQVQHCV AEVLRLDPQE KPDWSSGYLK KLTNATSILY NTSLNKVMLK QDEEVARCHI CAYIASQKMN EKHMPDLCYY IDSIPLEPK KAKHLMNLFR QSLSNSSPMK QFAWTPSPKK NKRSPVKNGG RFTSSDPKEL RNQLFGTPTK VRKSQNNDSF V IPELPPMQ TNESPSITRR KLAFEEDEDE DEEEPGNDGL SLKSHSNKSI TGTRNVDSDE YENHESDPTS EEEPLGVQES RS GRTKQNK AVGKPQSELK TAKALRKRGR IPNSLLVKKY CKMTTEEIIR LCNDFELPRE VAYKIVDEYN INASRLVCPW QLV CGLVLN CTFIVFNERR RKDPRIDHFI VSKMCSLMLT SKVDDVIECV KLVKELIIGE KWFRDLQIRY DDFDGIRYDE IIFR KLGSM LQTTNILVTD DQYNIWKKRI EMDLALTEPL

UniProtKB: Origin recognition complex subunit 6

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分子 #7: 72bp-oring DNA, ACS305, T-rich

分子名称: 72bp-oring DNA, ACS305, T-rich / タイプ: dna / ID: 7 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 22.203266 KDa
配列文字列: (DT)(DG)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DT) (DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DG)(DT) (DT)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DC)(DC)(DC) (DT) (DT)(DT)(DA)(DA)(DT) ...文字列:
(DT)(DG)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DT) (DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DG)(DT) (DT)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DC)(DC)(DC) (DT) (DT)(DT)(DA)(DA)(DT)(DT)(DT)(DT) (DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DG)(DA)(DA) (DA)(DA) (DC)(DA)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT) (DT)(DT)(DA)(DT)(DC)

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分子 #8: 72bp-oring DNA, ACS305, A-rich

分子名称: 72bp-oring DNA, ACS305, A-rich / タイプ: dna / ID: 8 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 22.174412 KDa
配列文字列: (DG)(DA)(DT)(DA)(DA)(DA)(DT)(DT)(DC)(DT) (DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DC)(DA)(DT)(DA) (DT)(DC)(DC)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DT) (DT)(DA)(DA)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DA)(DA) (DA) (DT)(DA)(DA)(DA)(DC) ...文字列:
(DG)(DA)(DT)(DA)(DA)(DA)(DT)(DT)(DC)(DT) (DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DC)(DA)(DT)(DA) (DT)(DC)(DC)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DT) (DT)(DA)(DA)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DA)(DA) (DA) (DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DA)(DA)(DT) (DA)(DC)(DA)(DT)(DA)(DA)(DC)(DA)(DA)(DA) (DA)(DC) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DC)(DC)(DA)

+
分子 #9: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 3 / 式: AGS
分子量理論値: 523.247 Da
Chemical component information

ChemComp-AGS:
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-γ-S / ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

+
分子 #10: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 3 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.6
グリッド材質: GOLD
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 52.3 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 164857
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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