+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6933 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM reconstruction of flexible nanotubes self-assembled from baculovirus major capsid protein | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
| |||||||||
生物種 | Helicoverpa armigera nucleopolyhedrovirus (ウイルス) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 14.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Rao G / Fu Y / Li N / Yin J / Zhang J / Wang M / Hu Z / Cao S | |||||||||
引用 | ジャーナル: ACS Appl Mater Interfaces / 年: 2018 タイトル: Controllable Assembly of Flexible Protein Nanotubes for Loading Multifunctional Modules. 著者: Guibo Rao / Yan Fu / Na Li / Jiayi Yin / Jie Zhang / Manli Wang / Zhihong Hu / Sheng Cao / 要旨: Viruses with filamentous morphologies, such as tobacco mosaic virus (TMV) and M13 bacteriophage, have long been studied as multivalent nanoscaffolds for loading functional motifs. Structural assembly ...Viruses with filamentous morphologies, such as tobacco mosaic virus (TMV) and M13 bacteriophage, have long been studied as multivalent nanoscaffolds for loading functional motifs. Structural assembly of the capsid proteins (CPs) of filamentous viruses often requires the presence of DNA or RNA molecules, which has limited their applications. Here, we describe a strategy for controllable assembly of flexible bio-nanotubes consisting of Escherichia coli expressed CP of baculovirus Helicoverpa armigera nucleopolyhedrovirus (HearNPV) in vitro. These protein-only nanotubes were studied as a new structural platform for high-density presentation of multiple active molecules on the exterior surface by direct fusion of the protein of interest to the N-terminus of HearNPV CP (HaCP). Structural characterization using cryoelectron microscopy demonstrated that the HaCP could assemble into two closely related but structurally distinct tube types, suggesting the tunable HaCP interaction network is the major contributor to the flexibility of HaCP nanotubes. Our flexible nanotubes could tolerate larger molecular modifications compared with TMV-based templates and could be used as promising candidates for versatile molecular loading applications. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6933.map.gz | 218.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-6933-v30.xml emd-6933.xml | 8.2 KB 8.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_6933.png | 98.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6933 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6933 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_6933_validation.pdf.gz | 79.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_6933_full_validation.pdf.gz | 78.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_6933_validation.xml.gz | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6933 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6933 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6933.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.014 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Helicoverpa armigera nucleopolyhedrovirus
全体 | 名称: Helicoverpa armigera nucleopolyhedrovirus (ウイルス) |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Helicoverpa armigera nucleopolyhedrovirus
超分子 | 名称: Helicoverpa armigera nucleopolyhedrovirus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / NCBI-ID: 51313 / 生物種: Helicoverpa armigera nucleopolyhedrovirus / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes |
---|---|
Host system | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | helical array |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 3.06 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -31.74 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 14.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 17923 |
---|---|
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |