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万見
- EMDB-6916: CryoEM structure of ETEC Secretin GspD -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6916
タイトルCryoEM structure of ETEC Secretin GspD
マップデータsharpening map
試料
  • 複合体: GspD
    • タンパク質・ペプチド: GspD
生物種Escherichia coli ETEC H10407 (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.91 Å
データ登録者Yin M / Yan Z / Li X
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2018
タイトル: Structural insight into the assembly of the type II secretion system pilotin-secretin complex from enterotoxigenic Escherichia coli.
著者: Meng Yin / Zhaofeng Yan / Xueming Li /
要旨: Secretin is a large outer-membrane channel found in secretion systems of Gram-negative bacteria, facilitating the last step for transfer of proteins into the extracellular environment. In the type II ...Secretin is a large outer-membrane channel found in secretion systems of Gram-negative bacteria, facilitating the last step for transfer of proteins into the extracellular environment. In the type II secretion system, a lipoprotein called pilotin is essential to bind and target its corresponding secretin to the outer membrane. However, there is only limited structural information available about the interaction and assembly of the pilotin-secretin complex. Here we report the first near-atomic-resolution structure of a full-length Vibrio-type pilotin-secretin (AspS-GspD) complex from enterotoxigenic Escherichia coli by cryo-electron microscopy, which reveals the detailed assembly mode of the full-length pilotin-secretin complex. The AspS subunits attach to the secretin channel surface with a 15:15 stoichiometric ratio to GspD subunits, and insert their amino terminus into the outer membrane. The AspS subunits interact with all three secondary structural elements of the S domain of GspD, including strong interaction with the carboxy-terminal α-helix and weak interactions with another two elements, an α-helix and a loop. These structural and biochemical details provide a deeper insight to pilotin-secretin interaction and their assembly mode.
履歴
登録2018年2月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年4月4日-
マップ公開2018年4月18日-
更新2018年6月20日-
現状2018年6月20日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6916.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpening map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.32 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.03 / ムービー #1: 0.03
最小 - 最大-0.090696 - 0.19875893
平均 (標準偏差)0.0004310904 (±0.0051945006)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 422.40002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.321.321.32
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z422.400422.400422.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.0910.1990.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : GspD

全体名称: GspD
要素
  • 複合体: GspD
    • タンパク質・ペプチド: GspD

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超分子 #1: GspD

超分子名称: GspD / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: outer membrane channel Secretin
由来(天然)生物種: Escherichia coli ETEC H10407 (大腸菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: GspD

分子名称: GspD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: DEXTRO
由来(天然)生物種: Escherichia coli ETEC H10407 (大腸菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: EEATFTANFK DTDLKSFIET VGANLNKTI IMGPGVQGKV SIRTMTPLNE RQYYQLFLNL LEAQGYAVVP MENDVLKVVK S SAAKVEPL PLVGEGSDNY AGDEMVTKVV PVRNVSVREL APILRQMIDS AGSGNVVNYD PS NVIMLTG RASVVERLTE VIQRVDHAGN ...文字列:
EEATFTANFK DTDLKSFIET VGANLNKTI IMGPGVQGKV SIRTMTPLNE RQYYQLFLNL LEAQGYAVVP MENDVLKVVK S SAAKVEPL PLVGEGSDNY AGDEMVTKVV PVRNVSVREL APILRQMIDS AGSGNVVNYD PS NVIMLTG RASVVERLTE VIQRVDHAGN RTEEVIPLDN ASASEIARVL ESLTKNSGEN QPA TLKSQI VADERTNSVI VSGDPATRDK MRRLIRRLDS EMERSGNSQV FYLKYSKAED LVDV LKQVS GTLTAAKEEA EGTVGSGREI VSIAASKHSN ALIVTAPQDI MQSLQSVIEQ LDIRR AQVH VEALIVEVAE GSNINFGVQW ASKDAGLMQF ANGTQIPIGT LGAAISQAKP QKGSTV ISE NGATTINPDT NGDLSTLAQL LSGFSGTAVG VVKGDWMALV QAVKNDSSSN VLSTPSI TT LDNQEAFFMV GQDVPVLTGS TVGSNNSNPF NTVERKKVGI MLKVTPQINE GNAVQMVI E QEVSKVEGQT SLDVVFGERK LKTTVLANDG ELIVLGGLMD DQAGESVAKV PLLGDIPLI GNLFKSTADK KEKRNLMVFI RPTILRDGMA ADGVSQRKYN YMRAEQIYRD EQGLSLMPHT AQPVLPAQN QALPPEVRAF LNAGRTR

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 1.4)
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.91 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 17528
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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