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Structure paper

タイトルStructural insight into the assembly of the type II secretion system pilotin-secretin complex from enterotoxigenic Escherichia coli.
ジャーナル・号・ページNat Microbiol, Vol. 3, Issue 5, Page 581-587, Year 2018
掲載日2018年4月9日
著者Meng Yin / Zhaofeng Yan / Xueming Li /
PubMed 要旨Secretin is a large outer-membrane channel found in secretion systems of Gram-negative bacteria, facilitating the last step for transfer of proteins into the extracellular environment. In the type II ...Secretin is a large outer-membrane channel found in secretion systems of Gram-negative bacteria, facilitating the last step for transfer of proteins into the extracellular environment. In the type II secretion system, a lipoprotein called pilotin is essential to bind and target its corresponding secretin to the outer membrane. However, there is only limited structural information available about the interaction and assembly of the pilotin-secretin complex. Here we report the first near-atomic-resolution structure of a full-length Vibrio-type pilotin-secretin (AspS-GspD) complex from enterotoxigenic Escherichia coli by cryo-electron microscopy, which reveals the detailed assembly mode of the full-length pilotin-secretin complex. The AspS subunits attach to the secretin channel surface with a 15:15 stoichiometric ratio to GspD subunits, and insert their amino terminus into the outer membrane. The AspS subunits interact with all three secondary structural elements of the S domain of GspD, including strong interaction with the carboxy-terminal α-helix and weak interactions with another two elements, an α-helix and a loop. These structural and biochemical details provide a deeper insight to pilotin-secretin interaction and their assembly mode.
リンクNat Microbiol / PubMed:29632366
手法EM (単粒子)
解像度3.2 - 3.91 Å
構造データ

EMDB-6916:
CryoEM structure of ETEC Secretin GspD
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.91 Å

6917

5zdh

EMDB-6917: cryoEM structure of ETEC Pilotin-Secretin AspS-GspD complex
PDB-5zdh: CryoEM structure of ETEC Pilotin-Secretin AspS-GspD complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

由来
  • Escherichia coli ETEC H10407 (大腸菌)
  • escherichia coli o78:h11 (strain h10407 / etec) (大腸菌)
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Pilotin / Secretin

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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