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万見
- EMDB-6912: Subtomogram average of the budding yeast DASH outer-kinetochore ring. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6912
タイトルSubtomogram average of the budding yeast DASH outer-kinetochore ring.
マップデータSubtomogram average of reconstituted DASH outer-kinetochore rings around microtubules.
試料
  • 複合体: Budding yeast DASH outer-kinetochore ring complex
生物種Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 32.0 Å
データ登録者Ng C / Deng L / Chen C / Lim H / Shi J / Surana U / Gan L
引用ジャーナル: J Cell Biol / 年: 2019
タイトル: Electron cryotomography analysis of Dam1C/DASH at the kinetochore-spindle interface in situ.
著者: Cai Tong Ng / Li Deng / Chen Chen / Hong Hwa Lim / Jian Shi / Uttam Surana / Lu Gan /
要旨: In dividing cells, depolymerizing spindle microtubules move chromosomes by pulling at their kinetochores. While kinetochore subcomplexes have been studied extensively in vitro, little is known about ...In dividing cells, depolymerizing spindle microtubules move chromosomes by pulling at their kinetochores. While kinetochore subcomplexes have been studied extensively in vitro, little is known about their in vivo structure and interactions with microtubules or their response to spindle damage. Here we combine electron cryotomography of serial cryosections with genetic and pharmacological perturbation to study the yeast chromosome segregation machinery in vivo. Each kinetochore microtubule has one (rarely, two) Dam1C/DASH outer kinetochore assemblies. Dam1C/DASH contacts the microtubule walls and does so with its flexible "bridges"; there are no contacts with the protofilaments' curved tips. In metaphase, ∼40% of the Dam1C/DASH assemblies are complete rings; the rest are partial rings. Ring completeness and binding position along the microtubule are sensitive to kinetochore attachment and tension, respectively. Our study and those of others support a model in which each kinetochore must undergo cycles of conformational change to couple microtubule depolymerization to chromosome movement.
履歴
登録2018年2月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年11月28日-
マップ公開2018年11月28日-
更新2019年6月12日-
現状2019年6月12日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.12
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.12
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6912.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6912.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 11.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Subtomogram average of reconstituted DASH outer-kinetochore rings around microtubules.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.61 Å/pix.
x 144 pix.
= 663.84 Å		4.61 Å/pix.
x 144 pix.
= 663.84 Å		4.61 Å/pix.
x 144 pix.
= 663.84 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.61 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルムービー #1: 0.12
最小 - 最大-0.5676256 - 1.3347437
平均 (標準偏差)-0.0019778397 (±0.1068584)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ144144144
Spacing144144144
セルA=B=C: 663.84 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.614.614.61
M x/y/z144144144
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z663.840663.840663.840
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ192192192
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS144144144
D min/max/mean-0.5681.335-0.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Budding yeast DASH outer-kinetochore ring complex

全体名称: Budding yeast DASH outer-kinetochore ring complex
要素
  • 複合体: Budding yeast DASH outer-kinetochore ring complex

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超分子 #1: Budding yeast DASH outer-kinetochore ring complex

超分子名称: Budding yeast DASH outer-kinetochore ring complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
分子量理論値: 3.4 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 6.8
詳細: 20 mM sodium phosphate pH 6.8, 150 mM NaCl, 1 mM EDTA
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE
詳細DASH complexes mixed with Taxol-stabilized microtubules
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: BBI / 直径: 10 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 14.0 µm / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 67 / 平均電子線量: 1.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 30400 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 14.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 8.0 µm / 倍率（公称値）: 18000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 32.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF
ソフトウェア:
名称詳細
IMOD (ver. 4.9)Tomogram reconstruction
PEET (ver. 1.11)Template matching
RELION (ver. 2.0)Classification & refinement

使用した粒子像数: 66
CTF補正ソフトウェア - 名称: eTomo (ver. 4.9) / 詳細: CTF compensation done in Etomo

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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