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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6912 | |||||||||
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タイトル | Subtomogram average of the budding yeast DASH outer-kinetochore ring. | |||||||||
マップデータ | Subtomogram average of reconstituted DASH outer-kinetochore rings around microtubules. | |||||||||
試料 |
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生物種 | Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) | |||||||||
手法 | 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 32.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Ng C / Deng L / Chen C / Lim H / Shi J / Surana U / Gan L | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Cell Biol / 年: 2019 タイトル: Electron cryotomography analysis of Dam1C/DASH at the kinetochore-spindle interface in situ. 著者: Cai Tong Ng / Li Deng / Chen Chen / Hong Hwa Lim / Jian Shi / Uttam Surana / Lu Gan / 要旨: In dividing cells, depolymerizing spindle microtubules move chromosomes by pulling at their kinetochores. While kinetochore subcomplexes have been studied extensively in vitro, little is known about ...In dividing cells, depolymerizing spindle microtubules move chromosomes by pulling at their kinetochores. While kinetochore subcomplexes have been studied extensively in vitro, little is known about their in vivo structure and interactions with microtubules or their response to spindle damage. Here we combine electron cryotomography of serial cryosections with genetic and pharmacological perturbation to study the yeast chromosome segregation machinery in vivo. Each kinetochore microtubule has one (rarely, two) Dam1C/DASH outer kinetochore assemblies. Dam1C/DASH contacts the microtubule walls and does so with its flexible "bridges"; there are no contacts with the protofilaments' curved tips. In metaphase, ∼40% of the Dam1C/DASH assemblies are complete rings; the rest are partial rings. Ring completeness and binding position along the microtubule are sensitive to kinetochore attachment and tension, respectively. Our study and those of others support a model in which each kinetochore must undergo cycles of conformational change to couple microtubule depolymerization to chromosome movement. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6912.map.gz | 1.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-6912-v30.xml emd-6912.xml | 10.8 KB 10.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_6912.png | 87.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6912 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6912 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6914C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10159 (タイトル: A multi-scale model of the yeast chromosome-segregation system Data size: 95.4 Data #1: Tilt series, tomograms, and models of cryosections of mitotic budding yeast and reconstituted DASH rings around microtubules [tilt series]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6912.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 11.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Subtomogram average of reconstituted DASH outer-kinetochore rings around microtubules. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 4.61 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Budding yeast DASH outer-kinetochore ring complex
全体 | 名称: Budding yeast DASH outer-kinetochore ring complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Budding yeast DASH outer-kinetochore ring complex
超分子 | 名称: Budding yeast DASH outer-kinetochore ring complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 3.4 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 電子線トモグラフィー法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 6.8 詳細: 20 mM sodium phosphate pH 6.8, 150 mM NaCl, 1 mM EDTA |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
詳細 | DASH complexes mixed with Taxol-stabilized microtubules |
切片作成 | その他: NO SECTIONING |
位置合わせマーカー | Manufacturer: BBI / 直径: 10 nm |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 30400 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 14.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 8.0 µm / 倍率(公称値): 18000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 14.0 µm / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 67 / 平均電子線量: 1.5 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | ソフトウェア - 名称: eTomo (ver. 4.9) / 詳細: CTF compensation done in Etomo | ||||||||
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最終 再構成 | アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 32.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF ソフトウェア:
使用した粒子像数: 66 |