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万見
- EMDB-6835: Mononucleosome from HP1alpha-dinucleosome-H3K9me3 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6835
タイトルMononucleosome from HP1alpha-dinucleosome-H3K9me3
マップデータmononucleosome reconstructed from_HP1a-dinucleosome-H3K9me3 data
試料
  • 複合体: Mononucleosome from HP1alpha-dinucleosome-H3K9me3
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.9 Å
データ登録者Machida S / Takizawa Y / Ishimaru M / Sekine S / Sugita Y / Nakayama J / Wolf M / Kurumizaka H
資金援助 日本, 3件
OrganizationGrant number国
JSPSJP25116002 日本
JSPS16K18473 日本
JSPSJP25250023 日本
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2018
タイトル: Structural Basis of Heterochromatin Formation by Human HP1.
著者: Shinichi Machida / Yoshimasa Takizawa / Masakazu Ishimaru / Yukihiko Sugita / Satoshi Sekine / Jun-Ichi Nakayama / Matthias Wolf / Hitoshi Kurumizaka /
要旨: Heterochromatin plays important roles in transcriptional silencing and genome maintenance by the formation of condensed chromatin structures, which determine the epigenetic status of eukaryotic cells. ...Heterochromatin plays important roles in transcriptional silencing and genome maintenance by the formation of condensed chromatin structures, which determine the epigenetic status of eukaryotic cells. The trimethylation of histone H3 lysine 9 (H3K9me3), a target of heterochromatin protein 1 (HP1), is a hallmark of heterochromatin formation. However, the mechanism by which HP1 folds chromatin-containing H3K9me3 into a higher-order structure has not been elucidated. Here we report the three-dimensional structure of the H3K9me3-containing dinucleosomes complexed with human HP1α, HP1β, and HP1γ, determined by cryogenic electron microscopy with a Volta phase plate. In the structures, two H3K9me3 nucleosomes are bridged by a symmetric HP1 dimer. Surprisingly, the linker DNA between the nucleosomes does not directly interact with HP1, thus allowing nucleosome remodeling by the ATP-utilizing chromatin assembly and remodeling factor (ACF). The structure depicts the fundamental architecture of heterochromatin.
履歴
登録2017年10月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年1月31日-
マップ公開2018年1月31日-
更新2020年8月5日-
現状2020年8月5日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 3.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6835.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6835.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 10.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈mononucleosome reconstructed from_HP1a-dinucleosome-H3K9me3 data
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.39 Å/pix.
x 140 pix.
= 194.6 Å		1.39 Å/pix.
x 140 pix.
= 194.6 Å		1.39 Å/pix.
x 140 pix.
= 194.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.39 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 4 / ムービー #1: 3.5
最小 - 最大-14.164622 - 23.48262
平均 (標準偏差)-0.00000000131 (±1)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ140140140
Spacing140140140
セルA=B=C: 194.59999 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.391.391.39
M x/y/z140140140
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z194.600194.600194.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ352352352
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS140140140
D min/max/mean-14.16523.483-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Mononucleosome from HP1alpha-dinucleosome-H3K9me3

全体名称: Mononucleosome from HP1alpha-dinucleosome-H3K9me3
要素
  • 複合体: Mononucleosome from HP1alpha-dinucleosome-H3K9me3

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超分子 #1: Mononucleosome from HP1alpha-dinucleosome-H3K9me3

超分子名称: Mononucleosome from HP1alpha-dinucleosome-H3K9me3 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
組換プラスミド: pH2A, pH2B, pH3.2K9C/C110A, pH4, pHP1a-pre
分子量理論値: 500 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度.8 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mM(HOCH2)3CNH2Tris-HCl
1.0 mMDithiothreitolDTT
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 100.0 nm / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 前処理 - 気圧: 9.33 kPa / 詳細: Gatan Solarus
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 289 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 3 second blot, 2.5uL.
詳細sample was monodisperse

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 77.0 K / 最高: 100.0 K
アライメント法Coma free - Residual tilt: 0.1 mrad
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE / エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS
エネルギーフィルター - エネルギー下限: -10 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 10 eV
詳細nanoprobe, parallel beam illumination
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 5.0 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 2329 / 平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 38.0 e/Å2
詳細: Images were collected with a volta phase plate (VPP) in-focus
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率（補正後）: 35971 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.62 mm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細frame alignment and integration with motioncor2 incl. dose weighting
粒子像選択選択した数: 943721
詳細: each particle is a mononucleosome picked from dinucleosome sample
CTF補正詳細: in-focus VPP data
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: PDB 3LZ0 low-pass filtered to 60A
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 117966
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 3次元分類クラス数: 8 / 平均メンバー数/クラス: 57630 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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