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万見
- EMDB-6798: CryoEM structure of HPV11 L1-only VLP -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6798
タイトルCryoEM structure of HPV11 L1-only VLP
マップデータ
試料
  • ウイルス: Human papillomavirus type 11 (パピローマウイルス)
生物種Human papillomavirus type 11 (パピローマウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 20.0 Å
データ登録者Li SW
引用ジャーナル: Vaccine / 年: 2017
タイトル: Bacterially expressed human papillomavirus type 6 and 11 bivalent vaccine: Characterization, antigenicity and immunogenicity.
著者: Huirong Pan / Zhihai Li / Jin Wang / Shuo Song / Daning Wang / Minxi Wei / Ying Gu / Jun Zhang / Shaowei Li / Ningshao Xia /
要旨: Human papillomavirus (HPV)-6 and HPV11 are the major etiological causes of condylomata acuminate. HPV neutralization by vaccine-elicited neutralizing antibodies can block viral infection and prevent ...Human papillomavirus (HPV)-6 and HPV11 are the major etiological causes of condylomata acuminate. HPV neutralization by vaccine-elicited neutralizing antibodies can block viral infection and prevent subsequent disease. Currently, two commercially available HPV vaccines cover these two genotypes, expressed by Saccharomyces cerevisiae. Here we describe another HPV6/11 bivalent vaccine candidate derived from Escherichia coli. The soluble expression of N-terminally truncated L1 proteins was optimized to generate HPV6- and HPV11 L1-only virus-like particles (VLPs) as a scalable process. In a pilot scale, we used various biochemical, biophysical and immunochemical approaches to comprehensively characterize the scale and lot consistency of the vaccine candidate at 30L and 100L. Cryo-EM structure analysis showed that these VLPs form a T=7 icosahedral lattice, imitating the L1 capsid of the authentic HPV virion. This HPV6/11 bivalent vaccine confers a neutralization titer and antibody production profile in monkey that is comparable with the quadrivalent vaccine, Gardasil. This study demonstrates the robustness and scalability of a potential HPV6/11 bivalent vaccine using a prokaryotic system for vaccine production.
履歴
登録2017年7月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年8月23日-
マップ公開2017年8月23日-
更新2017年8月23日-
現状2017年8月23日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6798.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6798.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.44 Å/pix.
x 180 pix.
= 799.2 Å		4.44 Å/pix.
x 180 pix.
= 799.2 Å		4.44 Å/pix.
x 180 pix.
= 799.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.44 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2. / ムービー #1: 2
最小 - 最大-5.6425323 - 6.3267245
平均 (標準偏差)-0.000000004800985 (±1.)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-90-90-90
サイズ180180180
Spacing180180180
セルA=B=C: 799.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.444.444.44
M x/y/z180180180
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z799.200799.200799.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-90-90-90
NC/NR/NS180180180
D min/max/mean-5.6436.327-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human papillomavirus type 11

全体名称: Human papillomavirus type 11 (パピローマウイルス)
要素
  • ウイルス: Human papillomavirus type 11 (パピローマウイルス)

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超分子 #1: Human papillomavirus type 11

超分子名称: Human papillomavirus type 11 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 10580 / 生物種: Human papillomavirus type 11 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes
Host system生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON I (4k x 4k)
平均電子線量: 25.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 536
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE
最終 角度割当タイプ: COMMON LINE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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