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- EMDB-6697: Cryo-EM structure of the 90S small subunit pre-ribosome (Noc4-TAP) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6697
タイトルCryo-EM structure of the 90S small subunit pre-ribosome (Noc4-TAP)
マップデータ
試料
  • 複合体: 90S small subunit pre-ribosome (Noc4-TAP)
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / box H/ACA snoRNA binding / rRNA small subunit pseudouridine methyltransferase Nep1 / RNA fragment catabolic process / rRNA 2'-O-methylation / CURI complex / UTP-C complex / endonucleolytic cleavage in ITS1 upstream of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / t-UTP complex / nuclear microtubule ...regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / box H/ACA snoRNA binding / rRNA small subunit pseudouridine methyltransferase Nep1 / RNA fragment catabolic process / rRNA 2'-O-methylation / CURI complex / UTP-C complex / endonucleolytic cleavage in ITS1 upstream of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / t-UTP complex / nuclear microtubule / Mpp10 complex / snoRNA guided rRNA 2'-O-methylation / Pwp2p-containing subcomplex of 90S preribosome / rRNA (pseudouridine) methyltransferase activity / rRNA modification / regulation of rRNA processing / box C/D sno(s)RNA binding / septum digestion after cytokinesis / snRNA binding / box C/D sno(s)RNA 3'-end processing / endonucleolytic cleavage in 5'-ETS of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rRNA methyltransferase activity / endonucleolytic cleavage of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rDNA heterochromatin / endonucleolytic cleavage to generate mature 5'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / regulation of transcription by RNA polymerase I / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, LSU-rRNA,5S) / box C/D methylation guide snoRNP complex / U4/U6 snRNP / tRNA export from nucleus / single-stranded telomeric DNA binding / rRNA primary transcript binding / rRNA base methylation / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / SUMOylation of RNA binding proteins / protein localization to nucleolus / U4 snRNA binding / O-methyltransferase activity / 90S preribosome assembly / rRNA methylation / histone H2AQ104 methyltransferase activity / mTORC1-mediated signalling / Protein hydroxylation / U4 snRNP / U3 snoRNA binding / poly(U) RNA binding / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / poly(A)+ mRNA export from nucleus / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / snoRNA binding / precatalytic spliceosome / Ribosomal scanning and start codon recognition / preribosome, small subunit precursor / establishment of cell polarity / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / spliceosomal complex assembly / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Formation of a pool of free 40S subunits / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / 90S preribosome / Ub-specific processing proteases / proteasome assembly / ribosomal subunit export from nucleus / regulation of translational fidelity / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / ribosomal small subunit export from nucleus / RNA endonuclease activity / nuclear periphery / enzyme activator activity / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / ribosome assembly / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / translational initiation / small-subunit processome / spliceosomal complex / maintenance of translational fidelity / mRNA splicing, via spliceosome / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / cytoplasmic stress granule / rRNA processing / unfolded protein binding / ribosome biogenesis / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / cytoplasmic translation / rRNA binding / protein ubiquitination
類似検索 - 分子機能
rRNA biogenesis protein Rrp5 / : / : / Ribosomal RNA assembly KRR1 / : / : / : / KRR1 small subunit processome component, second KH domain / WD repeat-containing protein 75 second beta-propeller / NOL6/Upt22 ...rRNA biogenesis protein Rrp5 / : / : / Ribosomal RNA assembly KRR1 / : / : / : / KRR1 small subunit processome component, second KH domain / WD repeat-containing protein 75 second beta-propeller / NOL6/Upt22 / Nrap protein domain 1 / Nrap protein, domain 2 / Nrap protein, domain 3 / Nrap protein, domain 4 / Nrap protein, domain 5 / Nrap protein, domain 6 / Nrap protein domain 1 / Nrap protein PAP/OAS-like domain / Nrap protein domain 3 / Nrap protein nucleotidyltransferase domain 4 / Nrap protein PAP/OAS1-like domain 5 / Nrap protein domain 6 / Ribosomal RNA-processing protein 7, C-terminal domain / Ribosomal RNA-processing protein 7 / Rrp7, RRM-like N-terminal domain / Ribosomal RNA-processing protein 7 (RRP7) C-terminal domain / Rrp7 RRM-like N-terminal domain / rRNA-processing protein Fcf1, PIN domain / rRNA-processing protein Fcf1/Utp23 / Fcf1 / Nucleolar protein 58/56, N-terminal / U3 small nucleolar RNA-associated protein 18 / NOP5NT (NUC127) domain / : / BP28, C-terminal domain / RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like, conserved site / U3 small nucleolar RNA-associated protein 10, N-terminal / Ribosome biogenesis protein Bms1, N-terminal / U3 small nucleolar RNA-associated protein 10 / : / BP28CT (NUC211) domain / U3 small nucleolar RNA-associated protein 10 / HEATR1-like, HEAT repeats / RNA 3'-terminal phosphate cyclase signature. / BP28CT (NUC211) domain / U3 small nucleolar RNA-associated protein 13, C-terminal / Periodic tryptophan protein 2 / Utp13 specific WD40 associated domain / Small-subunit processome, Utp12 / Dip2/Utp12 Family / Small-subunit processome, Utp21 / U3 small nucleolar ribonucleoprotein complex, subunit Mpp10 / RNA 3'-terminal phosphate cyclase type 2 / Mpp10 protein / Utp21 specific WD40 associated putative domain / Ribosomal RNA-processing protein Rrp9-like / RNA 3'-terminal phosphate cyclase / Ribosomal biogenesis, methyltransferase, EMG1/NEP1 / RNA 3'-terminal phosphate cyclase, insert domain / RNA 3'-terminal phosphate cyclase domain / RNA 3'-terminal phosphate cyclase, insert domain superfamily / RNA 3'-terminal phosphate cyclase domain superfamily / RNA 3'-terminal phosphate cyclase / EMG1/NEP1 methyltransferase / RNA 3'-terminal phosphate cyclase (RTC), insert domain / PRP39 N-terminal HAT repeat / Nucleolar protein Nop56/Nop58 / Bystin / Krr1, KH1 domain / Bystin / Krr1 KH1 domain / rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin-like / Fibrillarin, conserved site / Fibrillarin / Fibrillarin signature. / Fibrillarin / : / : / Eukaryotic type KH-domain (KH-domain type I) (327.11.2) / U3 snoRNP protein/Ribosome production factor 1 / Large family of predicted nucleotide-binding domains / Ribosome biogenesis protein BMS1/TSR1, C-terminal / AARP2CN / Bms1/Tsr1-type G domain / Ribosome biogenesis protein Bms1/Tsr1 / 40S ribosome biogenesis protein Tsr1 and BMS1 C-terminal / AARP2CN (NUC121) domain / Bms1-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / AARP2CN (NUC121) domain / Protein of unknown function (DUF663) / Anaphase-promoting complex subunit 4, WD40 domain / PIN domain / NOSIC / NOSIC (NUC001) domain / Nop domain / Nop domain superfamily / Nop, C-terminal domain / snoRNA binding domain, fibrillarin / Nop domain profile. / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nhp2-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein uS4A / Small ribosomal subunit protein uS15 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Small ribosomal subunit protein uS11A / Small ribosomal subunit protein uS8A / Small ribosomal subunit protein uS12A / Small ribosomal subunit protein eS24A / Small ribosomal subunit protein eS30A / Small ribosomal subunit protein eS4A / Small ribosomal subunit protein eS6A ...Small ribosomal subunit protein uS4A / Small ribosomal subunit protein uS15 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Small ribosomal subunit protein uS11A / Small ribosomal subunit protein uS8A / Small ribosomal subunit protein uS12A / Small ribosomal subunit protein eS24A / Small ribosomal subunit protein eS30A / Small ribosomal subunit protein eS4A / Small ribosomal subunit protein eS6A / Small ribosomal subunit protein eS8A / Small ribosomal subunit protein uS17A / Small ribosomal subunit protein uS9A / rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin / Ribosomal RNA-processing protein 7 / KRR1 small subunit processome component / Periodic tryptophan protein 2 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein eS7A / U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP3 / Small ribosomal subunit protein eS1A / Small ribosomal subunit protein eS27A / Ribosome biogenesis protein UTP30 / Essential nuclear protein 1 / 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein / U3 small nucleolar RNA-associated protein 18 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 10 / U3 small nucleolar RNA-associated protein MPP10 / Small ribosomal subunit protein eS12 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 22 / U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP4 / rRNA biogenesis protein RRP5 / rRNA-processing protein FCF1 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 13 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 21 / Ribosomal RNA small subunit methyltransferase NEP1 / Ribosomal RNA-processing protein 9 / rRNA processing protein RCL1 / Ribosome biogenesis protein BMS1 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 12 / Nucleolar protein 56 / Nucleolar protein 58 / Small ribosomal subunit protein eS28A / Pre-rRNA-processing protein PNO1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.7 Å
データ登録者Ye K / Zhu X / Sun Q
引用ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: Molecular architecture of the 90S small subunit pre-ribosome.
著者: Qi Sun / Xing Zhu / Jia Qi / Weidong An / Pengfei Lan / Dan Tan / Rongchang Chen / Bing Wang / Sanduo Zheng / Cheng Zhang / Xining Chen / Wei Zhang / Jing Chen / Meng-Qiu Dong / Keqiong Ye /
要旨: Eukaryotic small ribosomal subunits are first assembled into 90S pre-ribosomes. The complete 90S is a gigantic complex with a molecular mass of approximately five megadaltons. Here, we report the ...Eukaryotic small ribosomal subunits are first assembled into 90S pre-ribosomes. The complete 90S is a gigantic complex with a molecular mass of approximately five megadaltons. Here, we report the nearly complete architecture of 90S determined from three cryo-electron microscopy single particle reconstructions at 4.5 to 8.7 angstrom resolution. The majority of the density maps were modeled and assigned to specific RNA and protein components. The nascent ribosome is assembled into isolated native-like substructures that are stabilized by abundant assembly factors. The 5' external transcribed spacer and U3 snoRNA nucleate a large subcomplex that scaffolds the nascent ribosome. U3 binds four sites of pre-rRNA, including a novel site on helix 27 but not the 3' side of the central pseudoknot, and crucially organizes the 90S structure. The 90S model provides significant insight into the principle of small subunit assembly and the function of assembly factors.
履歴
登録2017年1月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年3月29日-
マップ公開2017年3月29日-
更新2017年3月29日-
現状2017年3月29日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6697.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6697.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.42 Å/pix.
x 480 pix.
= 681.6 Å		1.42 Å/pix.
x 480 pix.
= 681.6 Å		1.42 Å/pix.
x 480 pix.
= 681.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.42 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04 / ムービー #1: 0.04
最小 - 最大-0.05033438 - 0.12918253
平均 (標準偏差)0.00035046774 (±0.0073576695)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 681.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.421.421.42
M x/y/z480480480
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z681.600681.600681.600
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS480480480
D min/max/mean-0.0500.1290.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : 90S small subunit pre-ribosome (Noc4-TAP)

全体名称: 90S small subunit pre-ribosome (Noc4-TAP)
要素
  • 複合体: 90S small subunit pre-ribosome (Noc4-TAP)

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超分子 #1: 90S small subunit pre-ribosome (Noc4-TAP)

超分子名称: 90S small subunit pre-ribosome (Noc4-TAP) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
100.0 mMCH3COOKpotassium acetate
20.0 mMHEPES-KHEPES-K
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 5.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 101.325 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細OD280=2.0

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4000 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4000 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1769 / 平均露光時間: 1.6 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 98592 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 52000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 127198
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND3
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Relion (ver. 1.3) / 使用した粒子像数: 12643
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: Relion (ver. 1.3)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: Relion (ver. 1.3) / 詳細: use the default parameters of Relion
最終 3次元分類クラス数: 2 / 平均メンバー数/クラス: 20000
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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