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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6678 | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of type II secretion system cap deletion secretin GspD in Vibrio cholerae | |||||||||
![]() | VC_GspD_DelCap post-processing map | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() protein secretion by the type II secretion system / type II protein secretion system complex / protein secretion / cell outer membrane / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.18 Å | |||||||||
![]() | Yan ZF / Yin M / Li XM | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural insights into the secretin translocation channel in the type II secretion system. 著者: Zhaofeng Yan / Meng Yin / Dandan Xu / Yongqun Zhu / Xueming Li / ![]() 要旨: The secretin GspD of the type II secretion system (T2SS) forms a channel across the outer membrane in Gram-negative bacteria to transport substrates from the periplasm to the extracellular milieu. ...The secretin GspD of the type II secretion system (T2SS) forms a channel across the outer membrane in Gram-negative bacteria to transport substrates from the periplasm to the extracellular milieu. The lack of an atomic-resolution structure of the GspD channel hinders the investigation of substrate translocation mechanism of T2SS. Here we report cryo-EM structures of two GspD channels (∼1 MDa), from Escherichia coli K12 and Vibrio cholerae, at ∼3 Å resolution. The structures reveal a pentadecameric channel architecture, wherein three rings of GspD N domains form the periplasmic channel. The secretin domain constitutes a novel double β-barrel channel, with at least 60 β-strands in each barrel, and is stabilized by S domains. The outer membrane channel is sealed by β-strand-enriched gates. On the basis of the partially open state captured, we proposed a detailed gate-opening mechanism. Our structures provide a structural basis for understanding the secretin superfamily and the mechanism of substrate translocation in T2SS. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 14 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 11.1 KB 11.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 95.8 KB | ||
その他 | ![]() | 165.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 79.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 78.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | VC_GspD_DelCap post-processing map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.32 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: VC GspD DelCap unpost-processing map
ファイル | emd_6678_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | VC_GspD_DelCap unpost-processing map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : T2SS secretin GspD cap deletion
全体 | 名称: T2SS secretin GspD cap deletion |
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要素 |
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-超分子 #1: T2SS secretin GspD cap deletion
超分子 | 名称: T2SS secretin GspD cap deletion / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-超分子 #2: T2SS secretin GspD cap deletion
超分子 | 名称: T2SS secretin GspD cap deletion / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: all |
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-分子 #1: T2SS secretin GspD cap deletion
分子 | 名称: T2SS secretin GspD cap deletion / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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配列 | 文字列: MKYWLKKSSW LLAGSLLSTP LAMANEFSAS FKGTDIQEFI NIVGRNLEKT IIVDPSVRGK VDVRSFDTLN EEQYYSFFLS VLEVYGFAV VEMDNGVLKV IKSKDAKTSA IPVLSGEERA NGDEVITQVV AVKNVSVREL SPLLRQLIDN AGAGNVVHYD P ANIILITG ...文字列: MKYWLKKSSW LLAGSLLSTP LAMANEFSAS FKGTDIQEFI NIVGRNLEKT IIVDPSVRGK VDVRSFDTLN EEQYYSFFLS VLEVYGFAV VEMDNGVLKV IKSKDAKTSA IPVLSGEERA NGDEVITQVV AVKNVSVREL SPLLRQLIDN AGAGNVVHYD P ANIILITG RAAVVNRLAE IIRRVDQAGD KEIEVVELNN ASAAEMVRIV EALNKTTDAQ NTPEFLKPKF VADERTNSIL IS GDPKVRE RLKRLIKQLD VEMAAKGNNR VVYLKYAKAE DLVEVLKGVS ENLQAEKGTG QPTTSKRNEV MIAAHADTNS LVL TAPQDI MNAMLEVIGQ LDIRRAQVLI EALIVEMAEG DGINLGVQWG SLESGSVIQY GNTGASIGNV MIGLEEAKKG DYTK LASAL SSIQGAAVSI AMGDWTALIN AVSNDSSSNI LSSPSITVMD NGEASFIVGE EVPVITGSTA GSNNDNPFQT VDRKE VGIK LKVVPQINEG NSVQLNIEQE VSNVLGANGA VDVRFAKRQL NTSVMVQDGQ MLVLGGLIDE RALESESKVP LLGDIP LLG QLFRSTSSQV EKKNLMVFIK PTIIRDGVTA DGITQRKYNY IRAEQLFRAE KGLRLLDDAS VPVLPKFGDD RRHSPEI QA FIEQMEAKQ |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 1.6 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: DARK FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C15 (15回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.18 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Relion / 使用した粒子像数: 3957 |
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初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER |