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- EMDB-6642: Cryo-EM structure of the WRC-Rac1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6642
タイトルCryo-EM structure of the WRC-Rac1 complex
マップデータReconstruction of WRC-Rac1
試料
  • 試料: Complex of WAVE regulatory complex (WRC) and Rac1
  • タンパク質・ペプチド: WAVE regulatory complex
  • タンパク質・ペプチド: Rac1
キーワードcryoelectron microscopy / Wave Regulatory Complex / GTPase / actin nucleation
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.0 Å
データ登録者Chen B / Chou H-T / Xing W / Henry L / Walz T / Rosen MK
引用ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: Rac1 GTPase activates the WAVE regulatory complex through two distinct binding sites.
著者: Baoyu Chen / Hui-Ting Chou / Chad A Brautigam / Wenmin Xing / Sheng Yang / Lisa Henry / Lynda K Doolittle / Thomas Walz / Michael K Rosen /
要旨: The Rho GTPase Rac1 activates the WAVE regulatory complex (WRC) to drive Arp2/3 complex-mediated actin polymerization, which underpins diverse cellular processes. Here we report the structure of a ...The Rho GTPase Rac1 activates the WAVE regulatory complex (WRC) to drive Arp2/3 complex-mediated actin polymerization, which underpins diverse cellular processes. Here we report the structure of a WRC-Rac1 complex determined by cryo-electron microscopy. Surprisingly, Rac1 is not located at the binding site on the Sra1 subunit of the WRC previously identified by mutagenesis and biochemical data. Rather, it binds to a distinct, conserved site on the opposite end of Sra1. Biophysical and biochemical data on WRC mutants confirm that Rac1 binds to both sites, with the newly identified site having higher affinity and both sites required for WRC activation. Our data reveal that the WRC is activated by simultaneous engagement of two Rac1 molecules, suggesting a mechanism by which cells may sense the density of active Rac1 at membranes to precisely control actin assembly.
履歴
登録2016年5月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年7月13日-
マップ公開2017年5月3日-
更新2017年5月3日-
現状2017年5月3日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_6642.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6642.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 58.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of WRC-Rac1
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.24 Å/pix.
x 250 pix.
= 310. Å		1.24 Å/pix.
x 250 pix.
= 310. Å		1.24 Å/pix.
x 250 pix.
= 310. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.24 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 0.0217 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.03580169 - 0.08824085
平均 (標準偏差)0.00030724 (±0.00353338)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ250250250
Spacing250250250
セルA=B=C: 310.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.241.241.24
M x/y/z250250250
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z310.000310.000310.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS250250250
D min/max/mean-0.0360.0880.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Complex of WAVE regulatory complex (WRC) and Rac1

全体名称: Complex of WAVE regulatory complex (WRC) and Rac1
要素
  • 試料: Complex of WAVE regulatory complex (WRC) and Rac1
  • タンパク質・ペプチド: WAVE regulatory complex
  • タンパク質・ペプチド: Rac1

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超分子 #1000: Complex of WAVE regulatory complex (WRC) and Rac1

超分子名称: Complex of WAVE regulatory complex (WRC) and Rac1 / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was monodisperse. / 集合状態: One heteropentamer of WRC binds to one Rac1 / Number unique components: 2
分子量理論値: 375 KDa

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分子 #1: WAVE regulatory complex

分子名称: WAVE regulatory complex / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: WRC
詳細: WRC is composed of 5 subunits: Sra1, Nap1, WAVE1, Abi2, and HSPC300.
コピー数: 1 / 集合状態: heterohexamer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量理論値: 375 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
組換細胞: sf9

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分子 #2: Rac1

分子名称: Rac1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: Rac1 is fused to C-terminal WAVE1. / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
組換細胞: sf9

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7 / 詳細: 10 mM HEPES, 100 mM NaCl, 1 mM MgCl2, 2 mM TCEP
グリッド詳細: glow-discharged Quantifoil holey carbon grids (400 copper mesh, R1.2/1.3)
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 103 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3
手法: WRC-Rac1 complex (3.5 microliter at 0.1 mg/ml) was applied to glow-discharged Quantifoil holey carbon grids (400 copper mesh, R1.2/1.3). The grids were blotted for 3 seconds and quick-frozen ...手法: WRC-Rac1 complex (3.5 microliter at 0.1 mg/ml) was applied to glow-discharged Quantifoil holey carbon grids (400 copper mesh, R1.2/1.3). The grids were blotted for 3 seconds and quick-frozen in liquid ethane using a Gatan CryoPlunge 3.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 20
温度平均: 88 K
日付2015年6月16日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 5 µm / 実像数: 2173 / 平均電子線量: 38.4 e/Å2
詳細: There were a total of 2,173 image stacks. For 1,366 stacks, 30 frames were recorded at 200 ms per frame (total exposure time of 6 seconds). For 407 stacks, 34 frames were recorded at 300 ms ...詳細: There were a total of 2,173 image stacks. For 1,366 stacks, 30 frames were recorded at 200 ms per frame (total exposure time of 6 seconds). For 407 stacks, 34 frames were recorded at 300 ms per frame (total exposure time of 10.2 seconds). For 400 stacks, 51 frames were recorded at 200 ms per frame (total exposure time of 10.2 seconds).
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 40410 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 29000
試料ステージ試料ホルダー: This holder operates at liquid nitrogen temperature.
試料ホルダーモデル: OTHER

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画像解析

詳細Initial model was low-pass filtered crystal structure of the WRC complex (PDB ID 3P8C). Automatic particle picking, 2D classification, 3D classification, refinement, and subsequent reconstruction were performed using RELION.
CTF補正詳細: whole micrograph
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Relion / 使用した粒子像数: 29784

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3p8c

ソフトウェア名称: Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

3sbd

ソフトウェア名称: Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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