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- EMDB-6619: Electron cryo-microscopy of Human Papillomavirus -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6619
タイトルElectron cryo-microscopy of Human Papillomavirus
マップデータReconstruction of HPV16 complex with Heparin
試料
  • 試料: Human papillomavirus bound to heparin
  • ウイルス: Human papillomavirus 16 (パピローマウイルス)
キーワードDED high resolution map / L1 plus L2 / quasivirus / Heparin
機能・相同性
機能・相同性情報


T=7 icosahedral viral capsid / endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Major capsid L1 (late) protein, Papillomavirus / Major capsid L1 (late) superfamily, Papillomavirus / L1 (late) protein / Double-stranded DNA virus, group I, capsid
類似検索 - ドメイン・相同性
Major capsid protein L1
類似検索 - 構成要素
生物種Human papillomavirus 16 (パピローマウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Guan J / Bywaters SM / Brendle SA / Ashley RE / Makhov AM / Conway JF / Christensen ND / Hafenstein S
引用ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Cryoelectron Microscopy Maps of Human Papillomavirus 16 Reveal L2 Densities and Heparin Binding Site.
著者: Jian Guan / Stephanie M Bywaters / Sarah A Brendle / Robert E Ashley / Alexander M Makhov / James F Conway / Neil D Christensen / Susan Hafenstein /
要旨: Human papillomavirus (HPV) is a significant health burden and leading cause of virus-induced cancers. The current commercial vaccines are genotype specific and provide little therapeutic benefit to ...Human papillomavirus (HPV) is a significant health burden and leading cause of virus-induced cancers. The current commercial vaccines are genotype specific and provide little therapeutic benefit to patients with existing HPV infections. Host entry mechanisms represent an excellent target for alternative therapeutics, but HPV receptor use, the details of cell attachment, and host entry are inadequately understood. Here we present near-atomic resolution structures of the HPV16 capsid and HPV16 in complex with heparin, both determined from cryoelectron micrographs collected with direct electron detection technology. The structures clarify details of capsid architecture for the first time, including variation in L1 major capsid protein conformation and putative location of L2 minor protein. Heparin binds specifically around the capsid icosahedral vertices and may recapitulate the earliest stage of infection, providing a framework for continuing biochemical, genetic, and biophysical studies.
履歴
登録2016年3月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年5月11日-
マップ公開2017年1月25日-
更新2017年3月29日-
現状2017年3月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5keq
  • 表面レベル: 1.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-5keq
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_6619.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6619.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.1 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of HPV16 complex with Heparin
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.15 Å/pix.
x 668 pix.
= 766.196 Å		1.15 Å/pix.
x 668 pix.
= 766.196 Å		1.15 Å/pix.
x 668 pix.
= 766.196 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.147 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.0 / ムービー #1: 1.5
最小 - 最大-10.35167027 - 15.41951847
平均 (標準偏差)0.0 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-334-334-334
サイズ668668668
Spacing668668668
セルA=B=C: 766.196 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.1471.1471.147
M x/y/z668668668
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z766.196766.196766.196
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-334-334-334
NC/NR/NS668668668
D min/max/mean-10.35215.420-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human papillomavirus bound to heparin

全体名称: Human papillomavirus bound to heparin
要素
  • 試料: Human papillomavirus bound to heparin
  • ウイルス: Human papillomavirus 16 (パピローマウイルス)

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超分子 #1000: Human papillomavirus bound to heparin

超分子名称: Human papillomavirus bound to heparin / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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超分子 #1: Human papillomavirus 16

超分子名称: Human papillomavirus 16 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: HPV16 / NCBI-ID: 337041 / 生物種: Human papillomavirus 16 / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: HPV16 / Sci species serotype: HPV16
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: L1 plus L2 / 直径: 580 Å / T番号(三角分割数): 7

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 1 M NaCl, 200 mM Tris
グリッド詳細: glow-discharged holey carbon support grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 102 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
日付2015年1月20日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
実像数: 6175
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 93000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The particles were selected using semi-automatic program e2boxer.py.
CTF補正詳細: ctffind for whole image
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: auto3dem / 使用した粒子像数: 51422
最終 2次元分類クラス数: 10

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3oae
PDB 未公開エントリ

精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-5keq:
High resolution cryo-EM maps of Human papillomavirus 16 reveal L2 location and heparin-induced conformational changes

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

3j6r

精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-5keq:
High resolution cryo-EM maps of Human papillomavirus 16 reveal L2 location and heparin-induced conformational changes

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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