[日本語] English
万見
- EMDB-6560: Bacteriophage phi29 prohead particle stalled during DNA packaging -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6560
タイトルBacteriophage phi29 prohead particle stalled during DNA packaging
マップデータReconstruction of bacteriophage phi29 stalled during DNA packaging via the addition of gamma-S-ATP
試料
  • 試料: Reconstruction of bacteriophage phi29 stalled during DNA packaging via the addition of gamma-S-ATP. Only particles that had clearly packaged DNA were included in the reconstruction.
  • ウイルス: Bacillus phage phi29 (ファージ)
キーワードbacteriophage phi29 / ATPase / DNA packaging motor
生物種Bacillus phage phi29 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12.0 Å
データ登録者Mao H / Saha M / Reyes-Aldrete E / Sherman M / Woodson M / Jardine PJ / Grimes S / Morais M
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2016
タイトル: Structural and Molecular Basis for Coordination in a Viral DNA Packaging Motor.
著者: Huzhang Mao / Mitul Saha / Emilio Reyes-Aldrete / Michael B Sherman / Michael Woodson / Rockney Atz / Shelley Grimes / Paul J Jardine / Marc C Morais /
要旨: Ring NTPases are a class of ubiquitous molecular motors involved in basic biological partitioning processes. dsDNA viruses encode ring ATPases that translocate their genomes to near-crystalline ...Ring NTPases are a class of ubiquitous molecular motors involved in basic biological partitioning processes. dsDNA viruses encode ring ATPases that translocate their genomes to near-crystalline densities within pre-assembled viral capsids. Here, X-ray crystallography, cryoEM, and biochemical analyses of the dsDNA packaging motor in bacteriophage phi29 show how individual subunits are arranged in a pentameric ATPase ring and suggest how their activities are coordinated to translocate dsDNA. The resulting pseudo-atomic structure of the motor and accompanying functional analyses show how ATP is bound in the ATPase active site; identify two DNA contacts, including a potential DNA translocating loop; demonstrate that a trans-acting arginine finger is involved in coordinating hydrolysis around the ring; and suggest a functional coupling between the arginine finger and the DNA translocating loop. The ability to visualize the motor in action illuminates how the different motor components interact with each other and with their DNA substrate.
履歴
登録2015年12月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年3月9日-
マップ公開2016年3月9日-
更新2016年4月27日-
現状2016年4月27日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_6560.gif

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6560.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 238.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of bacteriophage phi29 stalled during DNA packaging via the addition of gamma-S-ATP
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.94 Å/pix.
x 400 pix.
= 776. Å		1.94 Å/pix.
x 400 pix.
= 776. Å		1.94 Å/pix.
x 400 pix.
= 776. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.94 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.0 / ムービー #1: 1
最小 - 最大-0.92879784 - 4.93663359
平均 (標準偏差)0.11919545 (±0.4228709)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-200-200-200
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 776.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.941.941.94
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z776.000776.000776.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-200-200-200
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.9294.9370.119

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Reconstruction of bacteriophage phi29 stalled during DNA packagin...

全体名称: Reconstruction of bacteriophage phi29 stalled during DNA packaging via the addition of gamma-S-ATP. Only particles that had clearly packaged DNA were included in the reconstruction.
要素
  • 試料: Reconstruction of bacteriophage phi29 stalled during DNA packaging via the addition of gamma-S-ATP. Only particles that had clearly packaged DNA were included in the reconstruction.
  • ウイルス: Bacillus phage phi29 (ファージ)

-
超分子 #1000: Reconstruction of bacteriophage phi29 stalled during DNA packagin...

超分子名称: Reconstruction of bacteriophage phi29 stalled during DNA packaging via the addition of gamma-S-ATP. Only particles that had clearly packaged DNA were included in the reconstruction.
タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: The particle is based on a prolate icosahedron with T = 3, Q = 5 quasi-symmetry wherein one pentameric capsomer at one end of the particle is replaced by a dodecameric gp10 connector ...集合状態: The particle is based on a prolate icosahedron with T = 3, Q = 5 quasi-symmetry wherein one pentameric capsomer at one end of the particle is replaced by a dodecameric gp10 connector protein and a pentameric pRNA and gp16 ATPase ring.
Number unique components: 1

-
超分子 #1: Bacillus phage phi29

超分子名称: Bacillus phage phi29 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: bacteriophage phi29
詳細: Reconstruction of bacteriophage phi29 stalled during DNA packaging via the addition of gamma-S-ATP. After two minutes incubation, DNAses were added to remove unpackaged DNA. Only particles ...詳細: Reconstruction of bacteriophage phi29 stalled during DNA packaging via the addition of gamma-S-ATP. After two minutes incubation, DNAses were added to remove unpackaged DNA. Only particles that had clearly packaged were included in the reconstruction.
NCBI-ID: 10756 / 生物種: Bacillus phage phi29 / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes / Syn species name: bacteriophage phi29
宿主生物種: Bacillus subtilis (枯草菌) / 別称: BACTERIA(EUBACTERIA)

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.8 / 詳細: 25 mM Tris-HCl, 5 mM MgCl2, 50 mM NaCl
グリッド詳細: Quantifoil holey carbon on top of 200 mesh copper grid, plasma-cleaned
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER
手法: Blot from behind the sample for 4 seconds before plunging.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2200FS
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification.
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: JEOL
日付2013年6月24日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
平均電子線量: 25 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 60000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 60000
試料ステージ試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder
試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

-
画像解析

詳細The particles were selected using semi-automatic particle selection, followed by manual deletion of bad particles and manual selection of missed particles.
CTF補正詳細: Each Micrograph
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 12.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN
詳細: C5 symmetry was imposed in all stages of the reconstruction, with the 5-fold axis along Z. The final map was low-pass filtered at 14 Angstrom.
使用した粒子像数: 1871

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る