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万見
- EMDB-6499: Structural insights into the regulatory mechanism of ATM kinase a... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6499
タイトルStructural insights into the regulatory mechanism of ATM kinase activation
マップデータReconstruction of monomeric ATM kinase
試料
  • 試料: Monomeric ATM kinase
  • タンパク質・ペプチド: Monomeric ATM kinase
キーワードDNA-damage response / ataxia telangiectasia / PIKK
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 28.0 Å
データ登録者Lau WCY / Li Y / Liu Z / Gao Y / Zhang Q / Huen MSY
引用ジャーナル: Cell Cycle / 年: 2016
タイトル: Structure of the human dimeric ATM kinase.
著者: Wilson C Y Lau / Yinyin Li / Zhe Liu / Yuanzhu Gao / Qinfen Zhang / Michael S Y Huen /
要旨: DNA-double strand breaks activate the serine/threonine protein kinase ataxia-telangiectasia mutated (ATM) to initiate DNA damage signal transduction. This activation process involves ...DNA-double strand breaks activate the serine/threonine protein kinase ataxia-telangiectasia mutated (ATM) to initiate DNA damage signal transduction. This activation process involves autophosphorylation and dissociation of inert ATM dimers into monomers that are catalytically active. Using single-particle electron microscopy (EM), we determined the structure of dimeric ATM in its resting state. The EM map could accommodate the crystal structure of the N-terminal truncated mammalian target of rapamycin (mTOR), a closely related enzyme of the phosphatidylinositol 3-kinase-related protein kinase (PIKK) family, allowing for the localization of the N- and the C-terminal regions of ATM. In the dimeric structure, the actives sites are buried, restricting the access of the substrates to these sites. The unanticipated domain organization of ATM provides a basis for understanding its mechanism of inhibition.
履歴
登録2015年11月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年12月9日-
マップ公開2016年11月16日-
更新2016年11月16日-
現状2016年11月16日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.45
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.45
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_6499.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6499.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of monomeric ATM kinase
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.61 Å/pix.
x 100 pix.
= 461. Å		4.61 Å/pix.
x 100 pix.
= 461. Å		4.61 Å/pix.
x 100 pix.
= 461. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.61 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.45 / ムービー #1: 0.45
最小 - 最大-0.0814552 - 1.07092738
平均 (標準偏差)0.00547454 (±0.05157611)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-50-50-50
サイズ100100100
Spacing100100100
セルA=B=C: 461.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.614.614.61
M x/y/z100100100
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z461.000461.000461.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-50-50-50
NC/NR/NS100100100
D min/max/mean-0.0811.0710.005

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Monomeric ATM kinase

全体名称: Monomeric ATM kinase
要素
  • 試料: Monomeric ATM kinase
  • タンパク質・ペプチド: Monomeric ATM kinase

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超分子 #1000: Monomeric ATM kinase

超分子名称: Monomeric ATM kinase / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was mono disperse / 集合状態: Monomer / Number unique components: 1
分子量理論値: 350 KDa

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分子 #1: Monomeric ATM kinase

分子名称: Monomeric ATM kinase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量理論値: 350 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: 293T / 組換プラスミド: pcDNA-FLAG-His-ATM wt

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.02 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 25 mM Tris, 100 mM NaCl, 1 mM TCEP, 10% glycerol
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: 1% w/v uranyl acetate
グリッド詳細: Continuous carbon coated copper grids
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2010
温度平均: 296 K
日付2015年7月1日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
実像数: 251 / 平均電子線量: 25 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

CTF補正詳細: class average
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 28.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: PRIME, EMAN2 / 使用した粒子像数: 6546

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4jsv


Chain - Chain ID: A
ソフトウェア名称: Chimera
詳細Residues 2021-2118 are removed
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
当てはまり具合の基準: cross correlation coefficient

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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