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- EMDB-64694: Cryo- EM structure of ribosomal large subunit (LSU) from Entamoeb... -

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登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-64694
タイトルCryo- EM structure of ribosomal large subunit (LSU) from Entamoeba histolytica at 2.8 angstrom resolution
マップデータ
試料
  • 複合体: Entamoeba histolytica Ribosome Large Subunit
    • RNA: x 3種
    • タンパク質・ペプチド: x 41種
キーワードLSU / Entamoeba histolytica / 53S / Ribosome
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-RNA complex assembly / maturation of LSU-rRNA / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / ribosome biogenesis / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation ...protein-RNA complex assembly / maturation of LSU-rRNA / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / ribosome biogenesis / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / endoplasmic reticulum / RNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L30e / : / Ribosomal protein L2, archaeal-type / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily ...Ribosomal protein L30e / : / Ribosomal protein L2, archaeal-type / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L19e signature. / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / : / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L44 / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal L40e family / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / : / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal Protein L6, KOW domain / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal L27e protein family / Ribosomal protein L30e signature 2. / Ribosomal protein L30e, conserved site / : / 60S ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L6e / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein L34e / Ribosomal protein L13, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L7A/L8 / 60S ribosomal protein L6E / Ribosomal protein L30/YlxQ / Ribosomal protein L18e / 60S ribosomal protein L4, C-terminal domain / 60S ribosomal protein L4 C-terminal domain / Ribosomal protein L19e, C-terminal domain / Ribosomal_L19e / Ribosomal protein L19/L19e / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L19/L19e, domain 1 / Ribosomal protein L19/L19e superfamily / Ribosomal protein L36e domain superfamily / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L19e, N-terminal domain / Ribosomal protein L37ae / Ribosomal protein L14e domain / Ribosomal L37ae protein family / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein L35A / Ribosomal protein L35Ae / Ribosomal protein L35A superfamily / Ribosomal protein L39e / Ribosomal protein L39e domain superfamily / Ribosomal L39 protein / Ribosomal protein L5 eukaryotic/L18 archaeal / Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18 / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein L4/L1e, eukaryotic/archaeal, conserved site / Ribosomal protein L1e signature. / Ribosomal protein L31e / Ribosomal protein L31e domain superfamily / Ribosomal protein L31e / Ribosomal_L31e / Ribosomal protein L21e / Ribosomal protein L21e, conserved site / Ribosomal protein L21 superfamily / Ribosomal protein L21e / Ribosomal protein L21e signature. / Ribosomal protein L24e-related / Ribosomal protein L24e/L24 superfamily / Ribosomal protein L24e / Ribosomal protein L22/L17, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L37e / Ribosomal protein L37e / Ribosomal_L15e / Ribosomal protein L4, eukaryotic and archaeal type / Ribosomal protein L15e / Ribosomal protein L15e core domain superfamily / Ribosomal L15 / Ribosomal protein L3, domain 3, archaeal type superfamily / Ribosomal protein L3, archaeal/eukaryotic type / Ribosomal protein L32e / Ribosomal protein L37ae/L37e
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein uL4 / 60S ribosomal protein L35a, putative / 60S ribosomal protein L44, putative / 60S ribosomal protein L24, putative / 60S ribosomal protein L26, putative / 60S ribosomal protein L32, putative / Ribosomal protein L10, putative / Ribosomal protein L39, putative / 60S ribosomal protein L31, putative / 60S ribosomal protein L5, putative ...Large ribosomal subunit protein uL4 / 60S ribosomal protein L35a, putative / 60S ribosomal protein L44, putative / 60S ribosomal protein L24, putative / 60S ribosomal protein L26, putative / 60S ribosomal protein L32, putative / Ribosomal protein L10, putative / Ribosomal protein L39, putative / 60S ribosomal protein L31, putative / 60S ribosomal protein L5, putative / 60S ribosomal protein L29 / 60S ribosomal protein L40, putative / Ribosomal protein L23A, putative / 60S ribosomal protein L21, putative / 60S ribosomal protein L23, putative / 60S ribosomal protein L7a / 60S ribosomal protein L9, putative / 60S ribosomal protein L3, putative / Large ribosomal subunit protein eL22 / Ribosomal protein L19 / 60S ribosomal protein L17, putative / 60S ribosomal protein L18, putative / 60S ribosomal protein L18a / 60S ribosomal protein L34, putative / Large ribosomal subunit protein eL6 / 60S ribosomal protein L11, putative / 60S ribosomal protein L36, putative / 60S ribosomal protein L37-A, putative / 60S ribosomal protein L13, putative / 60S ribosomal protein L38, putative / 60S ribosomal protein L27, putative / 60S ribosomal protein L7, putative / Ribosomal protein L15 / 60S ribosomal protein L14, putative / 60S ribosomal protein L13, putative / 60S ribosomal protein L30, putative / 60S ribosomal protein L37A, putative / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL15A
類似検索 - 構成要素
生物種Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Sharma S / Mishra S / Gourinath S / Kaushal PS
資金援助 インド, 1件
OrganizationGrant number国
Department of Biotechnology (DBT, India)BT/PR45101/DRUG/134/121/2022 インド
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM structure of ribosome from pathogenic protozoa Entamoeba histolytica reveals unique features of its architecture.
著者: Shivani Sharma / Shalini Mishra / Samudrala Gourinath / Prem S Kaushal /
要旨: Entamoeba histolytica, an anaerobic protozoan parasite, is the causative agent of amoebiasis, bloody diarrhea, and liver abscesses in humans. Amoebiasis is more predominant in tropical areas with ...Entamoeba histolytica, an anaerobic protozoan parasite, is the causative agent of amoebiasis, bloody diarrhea, and liver abscesses in humans. Amoebiasis is more predominant in tropical areas with poor sanitation conditions, and it remains the fourth leading cause of death due to a protozoan infection. E. histolytica life cycle spans between an infective 'cyst stage' and an active disease-causing 'trophozoite stage'. We have isolated ribosomes from the trophozoite stage of E. histolytica. Here, we report single particle cryo-EM structures of the 53S ribosome large subunit (LSU), and 75S associated ribosomes, with P-tRNA, A/P and P/E tRNAs, and with paromomycin antibiotic, at 2.8 Å to 3.4 Å resolution. The E. histolytica possesses a reduced ribosome with a conserved core, and the periphery evolved with species-specific unique features. The most notable features are the presence of the rRNA triple helix near the peptide exit tunnel, the expansion segment H88ES102 near the exit site on LSU, and unique insertions in r-proteins. Furthermore, the 75S ribosome paromomycin complex structure provides the atomic details of its interactions. These structures provide insights into the evolutionary adaptation of the E. histolytica translational machinery and may be explored further for amoebicidal therapeutic intervention.
履歴
登録2025年5月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月8日-
マップ公開2025年10月8日-
更新2025年10月8日-
現状2025年10月8日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_64694.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_64694.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.07 Å/pix.
x 300 pix.
= 321. Å		1.07 Å/pix.
x 300 pix.
= 321. Å		1.07 Å/pix.
x 300 pix.
= 321. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.0
最小 - 最大-6.836739 - 18.211324999999999
平均 (標準偏差)-0.000000000001694 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 321.00003 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_64694_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_64694_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Entamoeba histolytica Ribosome Large Subunit

全体名称: Entamoeba histolytica Ribosome Large Subunit
要素
  • 複合体: Entamoeba histolytica Ribosome Large Subunit
    • RNA: 25S rRNA (3068-MER)
    • RNA: 5.8S rRNA (145-MER)
    • RNA: 5S rRNA (117-MER)
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL2
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L3, putative
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L4, putative
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L5, putative
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L6, putative
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L7, putative
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L7a
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L9, putative
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L10, putative
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L11, putative
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L13, putative
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L13, putative
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L14, putative
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L15
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L17, putative
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L18, putative
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L18a
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L19
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L21, putative
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein eL22
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L23, putative
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L23A, putative
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L24, putative
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L26, putative
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L27, putative
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL15A
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L29
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L30, putative
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L31, putative
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L32, putative
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L34, putative
    • タンパク質・ペプチド: uL29
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L35a, putative
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L36, putative
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L37-A, putative
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L37A, putative
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L38, putative
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L39, putative
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L40, putative
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L44, putative
    • タンパク質・ペプチド: Unknown peptide

+
超分子 #1: Entamoeba histolytica Ribosome Large Subunit

超分子名称: Entamoeba histolytica Ribosome Large Subunit / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
Organelle: ribosome / 細胞中の位置: cytoplasm

+
分子 #1: 25S rRNA (3068-MER)

分子名称: 25S rRNA (3068-MER) / タイプ: rna / ID: 1 / 詳細: 25S rRNA / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 1.130459875 MDa
配列文字列: AGAUUUGAGU AUCGUAAGAG GACUCCCUUA ACUUAAGCAU AUCAAUAAGG GAAGGAAGAA AAAAUAACAA UGAUUUCUUA AGUAAUGGC GAAUGAAAAA GAAAAAGACC AAGUUGAUAA GAAUGGAUAA UUGUAAAAGG GUUAGAAGAA UACAGCAAUG U AUGAGGCU ...文字列:
AGAUUUGAGU AUCGUAAGAG GACUCCCUUA ACUUAAGCAU AUCAAUAAGG GAAGGAAGAA AAAAUAACAA UGAUUUCUUA AGUAAUGGC GAAUGAAAAA GAAAAAGACC AAGUUGAUAA GAAUGGAUAA UUGUAAAAGG GUUAGAAGAA UACAGCAAUG U AUGAGGCU AGUCUUAAAU UAUUCAGAGU GUAACUAAUA GAAAAGCUAU AUUUAAAAGG GAUAAUUUAA AUUGAAUUCA GA ACGAAUA UUGAGCCAGA GAGAGUGAAA GCCUCGUCAA UUUAGAUAUA UCUUGAAAAG AAUAUGGUUU AGAAAAGAGU AAA UUUAUU UGGAAGUAUA AAUCGAAAAG GUGAUAGUAU UCAUCAAAGU CUAAAUAUUA CAGGAAAACU GAUAGCAAAG AAGU ACUGU GAAGGAAAAC UUAAAAGAAC UUUGGAAAAA GAGUGAAAAG AGCUUGAAAG AGUAAUAUGU GAACGGAUAA UUUAU AAGA AAAAUAGUGG AAUAUGUUAU AAAUAAAGAU GUGAAAAGAU UAGAUAUAUA AGUAGUAUAU UUAAUAAGAU UAUGUU GAA AUUUAUAAUA UAAGAAAUUA UUAAGAGCAA GAGAAUUAUU UCAUUUAUAG UGAUUAUUAA UAAACGAGGA UAUUAGG AG AAAUCUUAGU AUUCAAUUGU GAAUUAAAAG UAAAAAUCCG AUAAUAAUGG AAUGAUAAAA GCUAUUUAAG GUAAGAUU A AUAAAUUUAA UCCCGAGAAU AGAAACUCUU GAAGAAGUAA AUUAUCUACC CGUCUUGAAA CACGGACCAA GGAGUCUAA CAUGGAUGCG AAUGAGAAUA GCAGGAAAGC UAUAACAUGA AGAGAAAACG AAAAACUAUG AGAGUGUAGA AAUACAUUUA GCAAUAGUA UCUUUCAAUA GAAGAAGUAA AUAUGUUAGG ACCCGAAAGA UGGUGAACUA UACUUGAACG GAUUGAAGCC G AAGGAAAC UUUGGUGGAA GAUUCACGCA GUGUUAACGU GCAAAUUACU UGUCAUAUUU GAGUAUAGGG GCGAAAGACU CA UCGAACU AUCUAGUAGC UGGUUCCACC UGAAUAUUCC CUUAGGAAGG UCAAAGUAUU AAUAGUAUUG AUUGGUAAAG AUA AUGAUU AGGUGUAAUG GGUGAGUAUA UUCACUCAAC AUCUUGUCAA ACUAUGAAUA AACAAAGAAG AAUUCUCAGU GUUA AAUAC ACUUCAGGAA UUUAAAUAUA AACAUACUUU GAAUCGGCCA AGUCUGGUAA GCAGGACUGG CGAUGCGGGA UGAAC CGAA CGUCGAGAUA AAGUGCCAAA AAGAAACAUA ACGAGUACCA CAAAAGGUAU UCAUUCAUAU UGACAAUAGG ACGGUG GCC AUGGAAGUCG GAAACCGCUA AGGAAUGUGU AACAACUCAC CUAUCGAAUG AAUGAGUCCU GAAAAUGGAU GGCAUUA UA AUUUCUUAAC UGAUACUCGA CCGUUAAAAU GAAGACAUUU UAACGAGUAA GGAAACGAAA UGGCGUAAGG ACAACAAA A GUAGUAAAGA UUUAAAGUAA UUUAGAUUGA AACUGUCCUU AGUGCAGAUC UUGGUGGUAG UAGCAAAUAC UAAGAAGAG GAAAAAAACA UCUUAGAACU GAAGAGGAGA AAGGUUCCUA AACAACAUUA CUUGGAUUAG GGUGAAUCGA UCCUAAAUUA CAGAUGGAA AUCCUUAAGA AAUAUAUAAG UGACAUAUAG UCAAUAUAAG GAUUGAAAGG GAAUAAGAUU AAUAGUUCUU A AUCAAGAG AAUUAAUGAU UAAAUCUUAG AAAUAAGAUU AAAUCGAAUA AAAUGGUAAC AUAUCAUGAA CUUUAAAAUG GA GUGUGAA AAUCUACGGA AGAGUUCUCU UUUCUUCUUA ACAAAAGUAA AUUCCACUGA AAUGAAUCAA UCAGAGAAGU GGA AUUUAU UGGCUUUGUA AGAAAUUCAA CAUAUGAUUG AAUUGUGGUA UUUUUGCAGU CUUCAUAAAA AUUAAAGGGA AUCU UAGCA UAAAGCUAAU UAAAGAAUUC UUUUGCUCGU ACUAAUAACC GCAACAGGUC UCCAAGAAGC AAAAUCUUUA GUUAA AUAG AAUAACGCAG GUAAGGGAAG UCGGCAACAU AGCUCUGUAA GUUAGCAAGA AAGAGUAGCU CUGGUGAUUU CCUUGU AAA AGGAUUAAAA UCGAAUCAGA ACUUUAAAGG UUAGGGGAAU CCGACUGUUU AAUAAAAACA UAGCAUUCUG AUAAAUC UA AAAGGUUCAU UACAGAAUGU GAUUUCUGCC CAGUGCUCUG AAUGUCAAGG UAAUGAAAUU UACUUAAGCG CGGGUUAA C GGCGGGAGUA ACUAUGACUC UCUUAAGGUA GCCAAAUGCC UCGUCAUCUA AUUAGUGACG CGCAUGAAUG GAUCACCGU GAUUCCCACU GUCCCUAUCU GCAAUCUAGU GAAACCACAG UCAAGGGAAC GGGCUUGAUU GGAACGGCGG GGAAAGAAGA CCCUGUUGA GCUUGACUCU AAUUUAUCAU GUGAAAUCGA UUUUUUGGUA UAGGCUAGGU GGGAGACUUU GUCAAACGUG U AAUACCAC CACUAGAAAU ACUAUUUCAC UCAUUUCGUU AAAUGUUAAA AUGGAUUUUC CAUUAAUUUA AAAACAUUAA AA CUUCGGU UGAAACAGGC GAUUGAAAGA GAUAGACGGG GAGUUUGGCU GGGGCGGCAC AUCUGUUACA AGAUAACGCA GGU GUCCAA AGAUGAACUC AAUGAGGACA GAAACCUCAU GUAGAAUAUA AGGGUAUAAG UUCAUUUGAU UAUUGAUUCC AGUA CAAUC AAUAACUCUG AAAUGAUGGC CUAACGAUCC CUAAGAUUUU UAAUUAGAAA GAAUUUAAAA CAUAUUAGAU UUAUC UGAU GUGUGAGACC GUAAGGUGAU UUCUAGUUAA UCCUUUAAUA AUAAGGCUUG GGGUGUCAGA AAAGUUACCA CAGGGA UAA CUGGCUUGUG GCAGCCAAGC GCUCAUAGCG ACGUUGCUUU UUGAUCCUUC GAUGUCGGCU CUUCCUAUCC AUUUCAA GC AGAAUUGAAA AAAGGUAUGA UUGUUCACCA UUUAAUAGGG AACGUGAGCU GGGUUUAGAC CGUCGUGAGA CAGGUUAG U UUUACCCUAC CGUUUCGGUA GAUUUUCAAA GUAUUUAGAU AGUAGCACAA CUCAGUACGA GAGGAACCGU UGUGUCACG CCACUGGAUU AUUCAAUUAU UUGAUCAAAU AGUGUUGAGA AUCUAACACG UGUUGAAAUA AUGGCUGAAA GCCUCUCAAG CCAGAAUUU CGUCUAGAUG AAUACUUUGU CUUUUUCUUG UUACUUUAGU ACAAUUGAAA AUUAUAUACG UUGUAUUUAU U AUCUCGUG UAUUACUCUA UCAAAAGGGU AGUGAAUACU GAGUUAACAA AAUUUAAAGC AUAACUGUUG CUUAUAGACG AU GGCAUCA GAAAUCGGUG UUGUAAGCUU UAGAGUUUCU UAAUCAAUAC UCUCGGGUAU UGAAUG

GENBANK: GENBANK: BDEQ01000001.1

+
分子 #2: 5.8S rRNA (145-MER)

分子名称: 5.8S rRNA (145-MER) / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 49.892578 KDa
配列文字列:
AAUAAAAUAU UACUUUGGAU AGUUUAGUUU CCUGGGCGAU GAAGAACGCA AUGAAUUGCG AUAAGUGAUA GGAACAAUAA AAUGUGAAU AUCCAAAAUU UGAAUGCUUG AAAGUAUACU UAUGAACUUC AAGGUAUAUA UGAUAUUCAA UAUCCA

GENBANK: GENBANK: X65163.1

+
分子 #3: 5S rRNA (117-MER)

分子名称: 5S rRNA (117-MER) / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 37.450051 KDa
配列文字列:
AGGUAGAUUA CCUGACGUUC CCAUCUGUGU GAACAUAAUG GUACUGAUCA GGCUCUAAGC AUCUUUACUU CCGUGUUCGG AUGGGAACG GGUGUAUCCU ACUUGAUAUG AACCUACC

GENBANK: GENBANK: AY843008.1

+
分子 #4: Large ribosomal subunit protein uL2

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 27.85002 KDa
配列文字列: MGRRTLSQRK GRGSIFKSRS HHKLGVAQHR AIDFFERHST VRGLVKSIEH DPGRGAPLAR VVFRNPRQYG LDKELFICAE GLYSGQYIY CGSKASLHIG NVLPIGQCPE GTVVCNVESK PGDRGIIARA SGNYATVISH NADNETTRIR LPSGAKKTLK S NCRAMVGI ...文字列:
MGRRTLSQRK GRGSIFKSRS HHKLGVAQHR AIDFFERHST VRGLVKSIEH DPGRGAPLAR VVFRNPRQYG LDKELFICAE GLYSGQYIY CGSKASLHIG NVLPIGQCPE GTVVCNVESK PGDRGIIARA SGNYATVISH NADNETTRIR LPSGAKKTLK S NCRAMVGI IAGGGRTEKP ILKAGVAYRM YKAKRTTWPR VRGVAMNPVD HPHGGGNHQH VGHPTTLKRS SPPGQKAGKV AA RRTGLIR GGNKEGAADN

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL2

+
分子 #5: 60S ribosomal protein L3, putative

分子名称: 60S ribosomal protein L3, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 45.62043 KDa
配列文字列: MSHRKFEAPR HGSLAFHPRK RVHKVRATVS AFPKDNAAEK PHLTGFLGFK AGMTHVIREV KRTNTKLPKD GVLEPVTIIE TPPMVVAGF VGYKKTTTGL KPITAVFAEH IADEFKRRYT KKWYKNTKNQ FAVHTEKYND VKAKSKRERQ IRLIKNRCDV V RVIAHTQM ...文字列:
MSHRKFEAPR HGSLAFHPRK RVHKVRATVS AFPKDNAAEK PHLTGFLGFK AGMTHVIREV KRTNTKLPKD GVLEPVTIIE TPPMVVAGF VGYKKTTTGL KPITAVFAEH IADEFKRRYT KKWYKNTKNQ FAVHTEKYND VKAKSKRERQ IRLIKNRCDV V RVIAHTQM ALVPLKQKKA EVMEIQINGG SIAEKVDFAV SLLEKQISVN SVFGTDECID VCSVTKGHGY NGVIKRFGVR HL PRKTHRG LRKVACVGAW HPARVSWTVA RAGQMGFFKR TEVNKKIYRL GCGDLKNAKT EFDITEKGIT PMGGFPHYGV VKN DFLMIK GTVAGIRRRV ISLRKACFPS TTRTAQEQIV LKFIDTSSKY GHSRFQTTTE KKARMGPMKK DLERQRAEKV EEGK KL

UniProtKB: 60S ribosomal protein L3, putative

+
分子 #6: 60S ribosomal protein L4, putative

分子名称: 60S ribosomal protein L4, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 47.430117 KDa
配列文字列: MSLRPFVTIY DGITGEAEKT PVRLPAVFLA PIRGDVVHFV YRNQSKNTRQ PEGVSTEAGK QHSAISWGTG RAVARIPRIS GSGSGRNGQ GAFGNMTRKG HMFSPLKNFR KWQRKTPKQM RRFAVASCIA ASAVPALVSA RGHHIAGVPQ IPLVVNSKSI S VIKKTKQA ...文字列:
MSLRPFVTIY DGITGEAEKT PVRLPAVFLA PIRGDVVHFV YRNQSKNTRQ PEGVSTEAGK QHSAISWGTG RAVARIPRIS GSGSGRNGQ GAFGNMTRKG HMFSPLKNFR KWQRKTPKQM RRFAVASCIA ASAVPALVSA RGHHIAGVPQ IPLVVNSKSI S VIKKTKQA VYLLKKINAY SDVLKVIASK TVRAGQGKMR GRKIKERKGP LVVYGNDDLQ AVKAFRNIPG VDTCRVENLS VL NLAPGCH MGRFIIWTES AFKKLNTIFG TQKKMAQGKS GFRIAHAQMA VPDMKRVVVA AEKAKLLRAK IVLPKVPKRA NPL KNWAAM VKLNPYAKIA SHKLAQVAKA QAAHKAQYAA KMEKILAAKK EALNQSVAKR FGKTQKVDGK VIKVKVENNL LKAT VKRTA KQDAYMKKYD GIVKANAKKY AEKIGF

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL4

+
分子 #7: 60S ribosomal protein L5, putative

分子名称: 60S ribosomal protein L5, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 32.437816 KDa
配列文字列: MGFLKVIKNR AYFKKYQTQF RRRREGKTDY YARRKMIFQD KDKFKTPKYR VVVRITNKTV IAQIAYSEII GDKILCAAYS HELPRYGVK LGLTNYAAAY CTGLLLARRL LQKLGMDKQF VGVSDAAKLG EDYTPEEVDE RRPFKCILDV GLARTTTGSK V FAVLKGMC ...文字列:
MGFLKVIKNR AYFKKYQTQF RRRREGKTDY YARRKMIFQD KDKFKTPKYR VVVRITNKTV IAQIAYSEII GDKILCAAYS HELPRYGVK LGLTNYAAAY CTGLLLARRL LQKLGMDKQF VGVSDAAKLG EDYTPEEVDE RRPFKCILDV GLARTTTGSK V FAVLKGMC DGGVYVPHSA TRFAGAGENE EALRSRILGG HVAAYMKYLS GEDADLYKKQ FGRFIAAGIA PEALENIYIE AH KKIRENP AAEKKEKKEH KKYPTSKKLT LEQRKAAIQA KLAKLAQQA

UniProtKB: 60S ribosomal protein L5, putative

+
分子 #8: 60S ribosomal protein L6, putative

分子名称: 60S ribosomal protein L6, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 22.944295 KDa
配列文字列: MSAPQWFVPV KAGDAKVPAY YPTDDMIQEQ KKKLRTRKGA KITALDKPAW NLEKLRKSIV PGAILIIVAG KYAGKKVVFL KQCIKSGAL IVTGPFKING VPLMRINQRY VIATSQKVDV SKVDTTGVDV KFFKKIAIKK AAFGKTVEED FAKKQYEAKK A LIVEKQKQ ...文字列:
MSAPQWFVPV KAGDAKVPAY YPTDDMIQEQ KKKLRTRKGA KITALDKPAW NLEKLRKSIV PGAILIIVAG KYAGKKVVFL KQCIKSGAL IVTGPFKING VPLMRINQRY VIATSQKVDV SKVDTTGVDV KFFKKIAIKK AAFGKTVEED FAKKQYEAKK A LIVEKQKQ VDESVVAEIK KVPYLKEYMA SYFTLKNGDH PHLLKF

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL6

+
分子 #9: 60S ribosomal protein L7, putative

分子名称: 60S ribosomal protein L7, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 25.765818 KDa
配列文字列: MSAKVATAVQ RETCTKTVCP CKARCQAFRK EVILRTIKNH KDIEAAKKAV YTAKKNAEIN GDLYAEADPK LIVAIRIRGI NGVSPKIKK ILKLLRLRQI NNAVFIKANA STIKMLRLVD PYVTYGYPTL ETVQKLIYKR GALKINGNRM PITSNCMIKK A LGDKDVVC ...文字列:
MSAKVATAVQ RETCTKTVCP CKARCQAFRK EVILRTIKNH KDIEAAKKAV YTAKKNAEIN GDLYAEADPK LIVAIRIRGI NGVSPKIKK ILKLLRLRQI NNAVFIKANA STIKMLRLVD PYVTYGYPTL ETVQKLIYKR GALKINGNRM PITSNCMIKK A LGDKDVVC VDDLVHEIYT VGKHFKEVNN KLAPFKLNGA KIAEKNKKIH FILGGGFGNR ELLINKLLAN MI

UniProtKB: 60S ribosomal protein L7, putative

+
分子 #10: 60S ribosomal protein L7a

分子名称: 60S ribosomal protein L7a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 32.313945 KDa
配列文字列: MSGKSNKQKQ AKQTNPLIVA NKKVFGKGNV AHPRDLTRYV KYPLYVRIQK EKRLLMKRLK TPPAVNIFAN HTLDKTNATQ LFKILDHIK PEERAAKLQR IRAAAKELAE KTQKGEKATA SKKTEKPATL SYGINNVVRL IERKQAKLVV IAHDVEPLEM V VYLPYLCK ...文字列:
MSGKSNKQKQ AKQTNPLIVA NKKVFGKGNV AHPRDLTRYV KYPLYVRIQK EKRLLMKRLK TPPAVNIFAN HTLDKTNATQ LFKILDHIK PEERAAKLQR IRAAAKELAE KTQKGEKATA SKKTEKPATL SYGINNVVRL IERKQAKLVV IAHDVEPLEM V VYLPYLCK KLQVPYCIVK GKARLGQLIH RSTAAVVAVT EIKKEDKAAF ESLVQNVKSI YFENAHMYRE FGGRINGFKH NE KQKKIQS KLNKDLADKA KQQAALTVTT AVEEKAAPVA EEKKADKTA

UniProtKB: 60S ribosomal protein L7a

+
分子 #11: 60S ribosomal protein L9, putative

分子名称: 60S ribosomal protein L9, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 22.351932 KDa
配列文字列: MPRLLKKTEH VVIPEGVNIE INRKNIKVTG PRGSLTREFQ HPKVDIYASK LVVKKEGPKE NVVVIDMWYG NRRDSAVVRT IASHIKNMI TGVTKGYQYK MRVVYAHFPV TLVIADDGKS IQVQNFLGEK RTRHIEMYDG VVVKKLGKDE ICLEGNDVEK V SQSAANIH ...文字列:
MPRLLKKTEH VVIPEGVNIE INRKNIKVTG PRGSLTREFQ HPKVDIYASK LVVKKEGPKE NVVVIDMWYG NRRDSAVVRT IASHIKNMI TGVTKGYQYK MRVVYAHFPV TLVIADDGKS IQVQNFLGEK RTRHIEMYDG VVVKKLGKDE ICLEGNDVEK V SQSAANIH AANLVRNKDI RQFLDGVYVS EKCLIENDA

UniProtKB: 60S ribosomal protein L9, putative

+
分子 #12: Ribosomal protein L10, putative

分子名称: Ribosomal protein L10, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 23.831152 KDa
配列文字列: MGRRPGRCYR LVRGHPYPKS KYCRGVPDPR IKLFDIGNRS APCDDFPCCV HIVGLERENI SSEAMEAARI SINKNMLKYA GKDGFHVRI RIHPFHVLRI NKMLSCAGAD RLQTGMRGAW GKSYGSCARV KVGQVLISGR CKEQHLPAMI KSFRLACYKF A GRQKLVIS ...文字列:
MGRRPGRCYR LVRGHPYPKS KYCRGVPDPR IKLFDIGNRS APCDDFPCCV HIVGLERENI SSEAMEAARI SINKNMLKYA GKDGFHVRI RIHPFHVLRI NKMLSCAGAD RLQTGMRGAW GKSYGSCARV KVGQVLISGR CKEQHLPAMI KSFRLACYKF A GRQKLVIS NKWGFTKYTK EEYQQLKKDG KIIADGCYFK LATTKGPLPK VN

UniProtKB: Ribosomal protein L10, putative

+
分子 #13: 60S ribosomal protein L11, putative

分子名称: 60S ribosomal protein L11, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 19.669807 KDa
配列文字列:
MSACKSDVMR KIKIDKLVLN ISVGESGDRL TRAAKVLETL TGQTPVLSEA RYTVRAFSIR RNDQIACHVT VRGAKAAEIL EKGLKVKEF ELKANNFSAT GNFGFGIEEH IDLGLKYDPQ VGIYGMDFFV VLARPGFRVS RRKRMQDKIG RDHLLTKEDA I NWFKETYE GIVLNK

UniProtKB: 60S ribosomal protein L11, putative

+
分子 #14: 60S ribosomal protein L13, putative

分子名称: 60S ribosomal protein L13, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 33.028422 KDa
配列文字列: MKHNQAVSNI HFCKDWRSKV HTWFKQPFRK IRRHQTRVEK AKAVFPATIK SLKPSVHCMN QRFNYKLRLG RGFTLKELRA AKIDKNLAR TIGIAVDPRR KESSKECLNR NAQRLTEYMN RLVVLPKVHA ATAKRLVLNK KNAEAKTKKA AEIKKFIAEH N KTIKELKI ...文字列:
MKHNQAVSNI HFCKDWRSKV HTWFKQPFRK IRRHQTRVEK AKAVFPATIK SLKPSVHCMN QRFNYKLRLG RGFTLKELRA AKIDKNLAR TIGIAVDPRR KESSKECLNR NAQRLTEYMN RLVVLPKVHA ATAKRLVLNK KNAEAKTKKA AEIKKFIAEH N KTIKELKI KVAAAKKDYA KTKDAAKAKE LKACLKGLKK AQVAFAAQVA KEQKKTKQFN KLPVQQKEAK QVLDANKVIR LT APCTLET KTLTKGMKAF DAVAHLRKAK NVAKAVSGIV KGQKKANNAP SKKQ

UniProtKB: 60S ribosomal protein L13, putative

+
分子 #15: 60S ribosomal protein L13, putative

分子名称: 60S ribosomal protein L13, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 23.177395 KDa
配列文字列: MSTNNKVTVI DCHGHVLGRV ASVVAKHLLL GQKFVLVRCE DLQVCGTLKM RLVQWELYQR KRVNTNPTRG AFHHRSPADM VRKAVRGML PKNNYRGKLA LKNLKCFEGC PAPYDKMKKS SIPEAAAIYS FNPTRKRTLL GELGTAVGWK YADVVAKNEA E RKERAAKW ...文字列:
MSTNNKVTVI DCHGHVLGRV ASVVAKHLLL GQKFVLVRCE DLQVCGTLKM RLVQWELYQR KRVNTNPTRG AFHHRSPADM VRKAVRGML PKNNYRGKLA LKNLKCFEGC PAPYDKMKKS SIPEAAAIYS FNPTRKRTLL GELGTAVGWK YADVVAKNEA E RKERAAKW YAAKQLKQKA VAEAKEKILA DEKYKAKVAI LKKFGYA

UniProtKB: 60S ribosomal protein L13, putative

+
分子 #16: 60S ribosomal protein L14, putative

分子名称: 60S ribosomal protein L14, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 15.161096 KDa
配列文字列:
MVFSRFVEVG RVVLMKTGPF ASKLAVIVEI LDHNRVLVDG PQAITGVPRQ VVNLNTISLT SFVVNKVTRG MTHKKLCLRF TQDAIIKRF NKTATGKAIE KRILREKMTD FDKFQVSIIN RKINAAAKIA VSKKAH

UniProtKB: 60S ribosomal protein L14, putative

+
分子 #17: Ribosomal protein L15

分子名称: Ribosomal protein L15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 23.951283 KDa
配列文字列: MGAYKYINAL NRKKQSDVLR FLRRIRCWEL RHLPRIHRVA RPTNPERARR LGYKPKSGFV IYSVRIHRGN RKVSARKGIV HRKPACQGI HKIKRVKSLQ AIAEQRVGKH CGALRVLNSY FIGQDSTYRF FEVILVDPFN AAIRNDPKMN WICADKQKRR E ARGLTSAA ...文字列:
MGAYKYINAL NRKKQSDVLR FLRRIRCWEL RHLPRIHRVA RPTNPERARR LGYKPKSGFV IYSVRIHRGN RKVSARKGIV HRKPACQGI HKIKRVKSLQ AIAEQRVGKH CGALRVLNSY FIGQDSTYRF FEVILVDPFN AAIRNDPKMN WICADKQKRR E ARGLTSAA KKSRGFTGKG RRYNKIGAGA RGNLKRRNLL QLKRYRS

UniProtKB: Ribosomal protein L15

+
分子 #18: 60S ribosomal protein L17, putative

分子名称: 60S ribosomal protein L17, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 19.89243 KDa
配列文字列:
MVKYCAKPVN VAKAAQARGD NLKVHFKNTY ETADAIRGMK VARAQEFLKN VIIKKEIVPF RKHNGGVGRK AQCKGLNCAF GRWPVKSAQ FILKLLKNAV DNAKAKGLNT ALLTVSHIAV QEARSSRRRL YRAHGSINSF SSSPCHIELI LTEKEKKVAK P TEGIKGKK STHQKIAYVL N

UniProtKB: 60S ribosomal protein L17, putative

+
分子 #19: 60S ribosomal protein L18, putative

分子名称: 60S ribosomal protein L18, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 19.038791 KDa
配列文字列:
MAIDLDRHHV RKHVSKTARG NNAYMKLLVR LYGFLARRTQ SKFAKTILHR LCLSRVNRPI VSTSKLACLM KKHPEETAVC VNTVTYDSR YPVPKMNVCA LKFTKTAEAA ITKAGGKCLR FDELALKAPT GRKTVLIRGK RNVREALKHF GKVCAKKNPA K QYKGKQTK

UniProtKB: 60S ribosomal protein L18, putative

+
分子 #20: 60S ribosomal protein L18a

分子名称: 60S ribosomal protein L18a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 20.130812 KDa
配列文字列:
MKEYYITARC TDKAHNPNEI FRSRVFAPNY VVAKSKFWMM LKKQHKVKKI NAELLQCQPI FEKNPTVVKN YQIFLRYVSA GGIHNITKQ YRDVTRVGAV RQMYNDLASQ YRTRQDKIQL ISITTVGDKA VKNPVLHQFV GHHVKFPMVH CKPVIASKRF N LPIKAGKL TTKLC

UniProtKB: 60S ribosomal protein L18a

+
分子 #21: Ribosomal protein L19

分子名称: Ribosomal protein L19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 22.978787 KDa
配列文字列: MVSLKLQKRL AASVLKCGNR KVWLDPNETP EISLANSRKA IRKLIKDRLI IKKPAAMHSR ARVVERKQAK ILGRHTGHGK RKGTKNART PQKTLWIIRM RVLRRLLLKY RTTGKIDKHM YHDFYLKVKG NQYKNKKALM ESIFKALEEK KLLAKASVQV T KKSTFITE ...文字列:
MVSLKLQKRL AASVLKCGNR KVWLDPNETP EISLANSRKA IRKLIKDRLI IKKPAAMHSR ARVVERKQAK ILGRHTGHGK RKGTKNART PQKTLWIIRM RVLRRLLLKY RTTGKIDKHM YHDFYLKVKG NQYKNKKALM ESIFKALEEK KLLAKASVQV T KKSTFITE KKPVVAEEPK KVVEKKEEKK SKAGKKNAKK

UniProtKB: Ribosomal protein L19

+
分子 #22: 60S ribosomal protein L21, putative

分子名称: 60S ribosomal protein L21, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 18.869338 KDa
配列文字列:
MPLSNGRNRR TRKLFKRPFR GHGLSNTSTI LHTYKVGDYV TILCNSSIQH GLPYKAFHGK TGRVWNVNPH AIGVMVNKKV NNRIVVKRL HISPEHIKPS GCQKDFLERK AAVAAIRKQN IQLKKEGKPL LPLPAKRLPK QPRPAELIKG ADIKFTTVAP L KFEELY

UniProtKB: 60S ribosomal protein L21, putative

+
分子 #23: Large ribosomal subunit protein eL22

分子名称: Large ribosomal subunit protein eL22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 15.877571 KDa
配列文字列:
MSKTIKAPAA NKVLVEKKKI NKTEEKTFSC TIDLTNCTDF IEPKKLVTFF RQTIKVQGRA GNTKGIEVKV ADKKVTITTS SAKLCKRYM KYLMKKYLKK NNLREWLRVI SDKKDGFELK FFNVQNDEEE VAEETNAQ

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL22

+
分子 #24: 60S ribosomal protein L23, putative

分子名称: 60S ribosomal protein L23, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 15.26081 KDa
配列文字列:
MPKRGAGGRQ GNKFRVTCGL NNASTVNCAD NTGAKTLTII SVKGFHGRLN RLPRAGCGDM VVATCKKGKP EYRKKMHTAV IIRQRRTWR RKDGVTLYFE DNAAVIVNMK GEMKGSAITG PVSKESADLW PKISSNAPTI V

UniProtKB: 60S ribosomal protein L23, putative

+
分子 #25: Ribosomal protein L23A, putative

分子名称: Ribosomal protein L23A, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 13.694312 KDa
配列文字列:
MAGTKRYTTA FHRPATKNAA KAPKYPRSLK ANRNKMDEFS IIKFPLATET ALKKIEDHNT LVFLCEQKAN KTMIKKAVEK RYGVKVIKV NTLVRLDGLK KAFVRLAPDV EAMEVATKIG LF

UniProtKB: Ribosomal protein L23A, putative

+
分子 #26: 60S ribosomal protein L24, putative

分子名称: 60S ribosomal protein L24, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 18.649971 KDa
配列文字列:
MSIKTQVCAF SGFKIPVAKG RKYVRLDLKS FTFINKKSLM QFLRKTNPRK VFWTAIYRQL NKKGQQNELV EKKKTRRVIK VNRGYSGIS AEEIAKRKQT QSSEVLAKKR NAAIKEIKEK KAENAAKKEA ARKEAKANGK KATNTYKKSN AKLPKAGHAN F NSR

UniProtKB: 60S ribosomal protein L24, putative

+
分子 #27: 60S ribosomal protein L26, putative

分子名称: 60S ribosomal protein L26, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 23.898668 KDa
配列文字列: MKFNCKVSSN PSKARKALYT ANASQRALMM SARLSKELRE KYNVIAIPIH KDDEVKIIKG HQKVAGKVTA VRRSKYVINI DKLTKTKAN GQTVPIAIRP SNVIITKLFL NKDREALLAK KAESRKSYKE LVAKRNEEVA KAFTAVYPAL NMDIFGKKVE P ITEKKPIR ...文字列:
MKFNCKVSSN PSKARKALYT ANASQRALMM SARLSKELRE KYNVIAIPIH KDDEVKIIKG HQKVAGKVTA VRRSKYVINI DKLTKTKAN GQTVPIAIRP SNVIITKLFL NKDREALLAK KAESRKSYKE LVAKRNEEVA KAFTAVYPAL NMDIFGKKVE P ITEKKPIR IPSKKMAEKL MSKPTLRAYK TGIKVHKAKN AIAAYKAALA KKIAK

UniProtKB: 60S ribosomal protein L26, putative

+
分子 #28: 60S ribosomal protein L27, putative

分子名称: 60S ribosomal protein L27, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 15.786719 KDa
配列文字列:
MSKILAPGRV VIILSGRFAG KKAVVSSVNL QGTKDRKYGF VTVVGVERAP LKITRKMSAK VQEMRTSVKS FCKVINVNHV MPTKYTVNL EQFNLIKQVK INNFEAGKVY PISQKKAISS QFAEEYRKGK ESWLFTKLRF

UniProtKB: 60S ribosomal protein L27, putative

+
分子 #29: Large ribosomal subunit protein uL15A

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL15A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 17.042818 KDa
配列文字列:
MATRFRQTRR RRGHVSMGYG RIGKHRKQRG GRGNAGGQHH RKTWFTTFHP DYFGKHGMRV FHLKANKYYC PSINVDSLWS LVGKDVQAQ YKNAKVGEEV PVIDCVKHGY FKVLGKGFLP KQPVIVRARY FSEKAQQKIK AVGGACELTA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL15A

+
分子 #30: 60S ribosomal protein L29

分子名称: 60S ribosomal protein L29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 7.340583 KDa
配列文字列:
MSKDKNRSSH NQSHKAHRNG FYKPKKSAYM STKGMNVQVL KNTKAQRKFA LAKKLEAKKA ANKE

UniProtKB: 60S ribosomal protein L29

+
分子 #31: 60S ribosomal protein L30, putative

分子名称: 60S ribosomal protein L30, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 11.629423 KDa
配列文字列:
MSSTKQAKKT QEGVNSKLAL VTKSGKYVLG TKATLKTIRD GKSKLVIISS NCPPLERAKI EYYAVLGKVQ VVHYSGSNVD LGTACGRYF SVSVLSIIDG GDSDILKASE

UniProtKB: 60S ribosomal protein L30, putative

+
分子 #32: 60S ribosomal protein L31, putative

分子名称: 60S ribosomal protein L31, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 17.281588 KDa
配列文字列:
MAVSKTTNPR VLKYREANKA RKEAKKAKAA NKKPAKEIKQ KEMAPITREM TIHMHAYLHK ESFKKRAPKA IKIIRFLAIK TMKTHVVKF DMGLNQFIWS QGIRSVADRI RVRMARLPIE GEEGKFYTLV SYVPVASFKG LVTKTVEEAE N

UniProtKB: 60S ribosomal protein L31, putative

+
分子 #33: 60S ribosomal protein L32, putative

分子名称: 60S ribosomal protein L32, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 15.572594 KDa
配列文字列:
MVGPVIKPKI VKKYTGHFKR FDSNRFLRVK ASWRVPRGID NRLRRKFKGT NLLPKIGYGS AKATRNMLPC GLYKFPVRNT TDLEMIMMQ NRKYAAEISH AVSAKKRQEI IQRAKILNIR VLNADARIKK QEVAQ

UniProtKB: 60S ribosomal protein L32, putative

+
分子 #34: 60S ribosomal protein L34, putative

分子名称: 60S ribosomal protein L34, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 15.481444 KDa
配列文字列:
MAVRVTYVRK HSYNTKSNGI RIVKTAGGNM TVQHRQKISN GVRCGDCGCV LAGIRHIRPH QYGWLGKSKR TVTRAYGGVK CHKCVQKKI LRAFLINEHN LIKLAAAKTN LEKKQSVKED KKKATKTVKK ADKKTQKK

UniProtKB: 60S ribosomal protein L34, putative

+
分子 #35: uL29

分子名称: uL29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 13.925793 KDa
配列文字列:
ASLKISAIKA MSKNDMNAKL IELKGELANL RTAKVTGGAP SKISRLRVVK KDIARLLTVM NTQRMEALRK YYKQAKYVPK ELRPKTTRK ERRQLTKAQL NLKTVKAAKK AQHFPARKFF VLA

+
分子 #36: 60S ribosomal protein L35a, putative

分子名称: 60S ribosomal protein L35a, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 12.143319 KDa
配列文字列:
MSKCRLHVNA VFMGFQRAQR NQYPNVALLQ ISGVNTKEDT PFYIGKRVAY VYKVNVKKGS NKPAIRAIFG KIVAPHGNHG VVKARFLHN LPPKAMGQNL KVFLYPSNI

UniProtKB: 60S ribosomal protein L35a, putative

+
分子 #37: 60S ribosomal protein L36, putative

分子名称: 60S ribosomal protein L36, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 37 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 11.942095 KDa
配列文字列:
MARGIAVGLK RGYPVHTMKT AKRHYGVTKR KHVVNDVIRE ACGFSAYERH MMDLLRRGLD KKALKYAKKH LGTHKRGLAK RDEIQRALE AIKAAHAHLG HHEQH

UniProtKB: 60S ribosomal protein L36, putative

+
分子 #38: 60S ribosomal protein L37-A, putative

分子名称: 60S ribosomal protein L37-A, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 38 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 9.046786 KDa
配列文字列:
MTKGTSCRGT RHNKTHILCK RCGKRSWHLQ KQRCASCGYP DAKMRQYAWG YKALRRRTQG TGRMRHLKIA LKRTTKA

UniProtKB: 60S ribosomal protein L37-A, putative

+
分子 #39: 60S ribosomal protein L37A, putative

分子名称: 60S ribosomal protein L37A, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 39 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 10.249147 KDa
配列文字列:
MARRTKKVGI VGKYGTRYGA SLRKVIKKIE IAQHSKYVCP FCCKEAVRRT ACGIWECKGC GKQIAGGAYT LSTISGATVR STVRRLRDA KNSQ

UniProtKB: 60S ribosomal protein L37A, putative

+
分子 #40: 60S ribosomal protein L38, putative

分子名称: 60S ribosomal protein L38, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 40 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 9.586526 KDa
配列文字列:
MVCFIQLSPK QVQEFKQILK LLKSGSIRAV RVKTNGENTK FKVRCAKYLY TYICADKAKA EELKKAIPKD IHVVEIAKKA PKAE

UniProtKB: 60S ribosomal protein L38, putative

+
分子 #41: Ribosomal protein L39, putative

分子名称: Ribosomal protein L39, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 41 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 6.282477 KDa
配列文字列:
MTGHKGFSYK LKLGKKIHQN RGVPQWFRMK TGNTINYNFK RRHWNRRKMG M

UniProtKB: Ribosomal protein L39, putative

+
分子 #42: 60S ribosomal protein L40, putative

分子名称: 60S ribosomal protein L40, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 42 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 6.482917 KDa
配列文字列:
MGIEPALEAI ARKYNCDKMI CRRCYARLPL RATTCRKKKC GHSGDLRPKK KIQSKK

UniProtKB: 60S ribosomal protein L40, putative

+
分子 #43: 60S ribosomal protein L44, putative

分子名称: 60S ribosomal protein L44, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 43 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 11.603004 KDa
配列文字列:
MVVVPKTRKT YCPRCDKHTP HKVSQYKKGK DSLHVQGKRR YDRKQQGFGG QTKPVFKKKA KTTKKVVLKI ECTKCKYKLQ KCLKRCKHF ELGNEKKDK

UniProtKB: 60S ribosomal protein L44, putative

+
分子 #44: Unknown peptide

分子名称: Unknown peptide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 44 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 1.124378 KDa
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
詳細: 20nM HEPES-sodium salt buffer pH 7.4, 100mM Potassium acetate, 10mM Magnesium acetate, 10mm Ammonium acetate, 3mM DTT
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 50 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 290 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 実像数: 3470 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 1.34 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 75000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 763731
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

2660

最終 再構成使用したクラス数: 1 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 378061
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 3次元分類クラス数: 2
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

5xxb

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

4ug0

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
詳細phenix.real_space_refinement
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 67.76
得られたモデル

PDB-9v1i:
Cryo- EM structure of ribosomal large subunit (LSU) from Entamoeba histolytica at 2.8 angstrom resolution

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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