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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6467 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM of CHIKV VLP in complex with Fab fragment of neutralizing antibody C9 | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of CHIKV VLP in complex with Fab fragment of neutralizing antibody C9 | |||||||||
試料 |
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キーワード | chikungunya / cryo-EM / C9 antibody | |||||||||
生物種 | unidentified (未定義) / Chikungunya virus (チクングニヤウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 14.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Jin J / Liss N / Chen D-H / Liao M / Fox JM / Shimak RM / Fong RH / Chafets D / Bakkour S / Keating S ...Jin J / Liss N / Chen D-H / Liao M / Fox JM / Shimak RM / Fong RH / Chafets D / Bakkour S / Keating S / Fomin ME / Muench MO / Sherman MB / Doranz BJ / Diamond MS / Simmons G | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2015 タイトル: Neutralizing Monoclonal Antibodies Block Chikungunya Virus Entry and Release by Targeting an Epitope Critical to Viral Pathogenesis. 著者: Jing Jin / Nathan M Liss / Dong-Hua Chen / Maofu Liao / Julie M Fox / Raeann M Shimak / Rachel H Fong / Daniel Chafets / Sonia Bakkour / Sheila Keating / Marina E Fomin / Marcus O Muench / ...著者: Jing Jin / Nathan M Liss / Dong-Hua Chen / Maofu Liao / Julie M Fox / Raeann M Shimak / Rachel H Fong / Daniel Chafets / Sonia Bakkour / Sheila Keating / Marina E Fomin / Marcus O Muench / Michael B Sherman / Benjamin J Doranz / Michael S Diamond / Graham Simmons / 要旨: We evaluated the mechanism by which neutralizing human monoclonal antibodies inhibit chikungunya virus (CHIKV) infection. Potently neutralizing antibodies (NAbs) blocked infection at multiple steps ...We evaluated the mechanism by which neutralizing human monoclonal antibodies inhibit chikungunya virus (CHIKV) infection. Potently neutralizing antibodies (NAbs) blocked infection at multiple steps of the virus life cycle, including entry and release. Cryo-electron microscopy structures of Fab fragments of two human NAbs and chikungunya virus-like particles showed a binding footprint that spanned independent domains on neighboring E2 subunits within one viral spike, suggesting a mechanism for inhibiting low-pH-dependent membrane fusion. Detailed epitope mapping identified amino acid E2-W64 as a critical interaction residue. An escape mutation (E2-W64G) at this residue rendered CHIKV attenuated in mice. Consistent with these data, CHIKV-E2-W64G failed to emerge in vivo under the selection pressure of one of the NAbs, IM-CKV063. As our study suggests that antibodies engaging the residue E2-W64 can potently inhibit CHIKV at multiple stages of infection, antibody-based therapies or immunogens that target this region might have protective value. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6467.map.gz | 139.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-6467-v30.xml emd-6467.xml | 12.5 KB 12.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 400_6467.gif 80_6467.gif | 37.8 KB 2.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6467 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6467 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_6467_validation.pdf.gz | 78.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_6467_full_validation.pdf.gz | 77.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_6467_validation.xml.gz | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6467 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6467 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6467.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 173.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of CHIKV VLP in complex with Fab fragment of neutralizing antibody C9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.14 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Chikungunya (S27) virus-like particle in complex with Fab fragmen...
全体 | 名称: Chikungunya (S27) virus-like particle in complex with Fab fragment of neutralizing antibody C9 |
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要素 |
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-超分子 #1000: Chikungunya (S27) virus-like particle in complex with Fab fragmen...
超分子 | 名称: Chikungunya (S27) virus-like particle in complex with Fab fragment of neutralizing antibody C9 タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 2 |
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-超分子 #1: Chikungunya virus
超分子 | 名称: Chikungunya virus / タイプ: virus / ID: 1 / 詳細: One antibody C9 attaches to each trimeric subunit. / NCBI-ID: 37124 / 生物種: Chikungunya virus / Sci species strain: S27 / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: Yes |
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宿主 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 直径: 760 Å / T番号(三角分割数): 4 |
-分子 #1: Fab fragment of neutralizing antibody C9
分子 | 名称: Fab fragment of neutralizing antibody C9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: One antibody C9 attaches to each trimeric subunit. / 組換発現: No / データベース: NCBI |
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由来(天然) | 生物種: unidentified (未定義) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: 20 mM HEPES, 150 mM NaCl |
グリッド | 詳細: Quantifoil copper grids (R2/1, 200 mesh) |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 120 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 手法: Blot for 2.5 seconds before plunging. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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温度 | 平均: 100 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 150,000 times magnification. |
日付 | 2013年10月8日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F816 (8k x 8k) デジタル化 - サンプリング間隔: 15.6 µm / 実像数: 350 / 平均電子線量: 18 e/Å2 / ビット/ピクセル: 32 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 80000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | Particle images were automatically boxed out using the program ethan. |
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CTF補正 | 詳細: Each particle |
最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 14.9 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Relion_1.3 / 使用した粒子像数: 5879 |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - #0 - Chain ID: B / Chain - #1 - Chain ID: C / Chain - #2 - Chain ID: D / Chain - #3 - Chain ID: N / Chain - #4 - Chain ID: O / Chain - #5 - Chain ID: P |
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ソフトウェア | 名称: Chimera |
詳細 | The fitting was done manually first, then with "Fit in Map" in Chimera. |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |