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万見
- EMDB-6466: Cryo-EM of CHIKV VLP -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6466
タイトルCryo-EM of CHIKV VLP
マップデータReconstruction of CHIKV virus-like particle
試料
  • 試料: Virus-like particle of Chikungunya virus (S27)
  • ウイルス: Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)
キーワードchikungunya / cryo-EM
生物種Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 15.3 Å
データ登録者Jin J / Liss N / Chen D-H / Liao M / Fox JM / Shimak RM / Fong RH / Chafets D / Bakkour S / Keating S ...Jin J / Liss N / Chen D-H / Liao M / Fox JM / Shimak RM / Fong RH / Chafets D / Bakkour S / Keating S / Fomin ME / Muench MO / Sherman MB / Doranz BJ / Diamond MS / Simmons G
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2015
タイトル: Neutralizing Monoclonal Antibodies Block Chikungunya Virus Entry and Release by Targeting an Epitope Critical to Viral Pathogenesis.
著者: Jing Jin / Nathan M Liss / Dong-Hua Chen / Maofu Liao / Julie M Fox / Raeann M Shimak / Rachel H Fong / Daniel Chafets / Sonia Bakkour / Sheila Keating / Marina E Fomin / Marcus O Muench / ...著者: Jing Jin / Nathan M Liss / Dong-Hua Chen / Maofu Liao / Julie M Fox / Raeann M Shimak / Rachel H Fong / Daniel Chafets / Sonia Bakkour / Sheila Keating / Marina E Fomin / Marcus O Muench / Michael B Sherman / Benjamin J Doranz / Michael S Diamond / Graham Simmons /
要旨: We evaluated the mechanism by which neutralizing human monoclonal antibodies inhibit chikungunya virus (CHIKV) infection. Potently neutralizing antibodies (NAbs) blocked infection at multiple steps ...We evaluated the mechanism by which neutralizing human monoclonal antibodies inhibit chikungunya virus (CHIKV) infection. Potently neutralizing antibodies (NAbs) blocked infection at multiple steps of the virus life cycle, including entry and release. Cryo-electron microscopy structures of Fab fragments of two human NAbs and chikungunya virus-like particles showed a binding footprint that spanned independent domains on neighboring E2 subunits within one viral spike, suggesting a mechanism for inhibiting low-pH-dependent membrane fusion. Detailed epitope mapping identified amino acid E2-W64 as a critical interaction residue. An escape mutation (E2-W64G) at this residue rendered CHIKV attenuated in mice. Consistent with these data, CHIKV-E2-W64G failed to emerge in vivo under the selection pressure of one of the NAbs, IM-CKV063. As our study suggests that antibodies engaging the residue E2-W64 can potently inhibit CHIKV at multiple stages of infection, antibody-based therapies or immunogens that target this region might have protective value.
履歴
登録2015年9月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年10月14日-
マップ公開2016年1月13日-
更新2016年1月13日-
現状2016年1月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.038
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.038
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_6466.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6466.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 173.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of CHIKV virus-like particle
ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.14 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.038 / ムービー #1: 0.038
最小 - 最大-0.02787305 - 0.07516
平均 (標準偏差)0.00221255 (±0.01082234)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 1130.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.143.143.14
M x/y/z360360360
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1130.4001130.4001130.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-190-190-189
NX/NY/NZ380380380
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS360360360
D min/max/mean-0.0280.0750.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Virus-like particle of Chikungunya virus (S27)

全体名称: Virus-like particle of Chikungunya virus (S27)
要素
  • 試料: Virus-like particle of Chikungunya virus (S27)
  • ウイルス: Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)

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超分子 #1000: Virus-like particle of Chikungunya virus (S27)

超分子名称: Virus-like particle of Chikungunya virus (S27) / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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超分子 #1: Chikungunya virus

超分子名称: Chikungunya virus / タイプ: virus / ID: 1 / NCBI-ID: 37124 / 生物種: Chikungunya virus / Sci species strain: S27 / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: Yes
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 680 Å / T番号(三角分割数): 4

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 20 mM HEPES, 150 mM NaCl
グリッド詳細: Quantifoil copper grids (R2/1, 200 mesh)
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 120 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 手法: Blot for 2.5 seconds before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
温度平均: 100 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 150,000 times magnification.
日付2013年9月25日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F816 (8k x 8k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 15.6 µm / 実像数: 350 / 平均電子線量: 18 e/Å2 / ビット/ピクセル: 32
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 80000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Particle images were automatically boxed out using the program ethan.
CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 15.3 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Relion_1.3 / 使用した粒子像数: 5510

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3j2w


Chain - #0 - Chain ID: B / Chain - #1 - Chain ID: C / Chain - #2 - Chain ID: D / Chain - #3 - Chain ID: N / Chain - #4 - Chain ID: O / Chain - #5 - Chain ID: P
ソフトウェア名称: Chimera
詳細The fitting was done manually first, then with "Fit in Map" in Chimera.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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