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万見
- EMDB-64611: Cryo-EM structure of the G protein-coupled receptor 1 (GPR1) boun... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-64611
タイトルCryo-EM structure of the G protein-coupled receptor 1 (GPR1) bound to chemerin and beta-arrestin 1 (Conformation 2)
マップデータMain map
試料
  • 複合体: G protein-coupled receptor 1 in complex with chemerin and beta-arrestin1
    • タンパク質・ペプチド: Retinoic acid receptor responder protein 2
    • タンパク質・ペプチド: Beta-arrestin-1
    • タンパク質・ペプチド: Nanobody 32
    • タンパク質・ペプチド: Chemerin-like receptor 2,Vasopressin V2 receptor
    • タンパク質・ペプチド: Single-chain fragment variable 30 (scFv30)
キーワードG protein-coupled receptor 1 / chemerin / beta-arrestin1 / signaling protein / MEMBRANE PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


adipokinetic hormone binding / adipokinetic hormone receptor activity / renal water retention / Defective AVP does not bind AVPR2 and causes neurohypophyseal diabetes insipidus (NDI) / platelet dense granule lumen / Vasopressin-like receptors / regulation of systemic arterial blood pressure by vasopressin / vasopressin receptor activity / regulation of lipid catabolic process / antifungal innate immune response ...adipokinetic hormone binding / adipokinetic hormone receptor activity / renal water retention / Defective AVP does not bind AVPR2 and causes neurohypophyseal diabetes insipidus (NDI) / platelet dense granule lumen / Vasopressin-like receptors / regulation of systemic arterial blood pressure by vasopressin / vasopressin receptor activity / regulation of lipid catabolic process / antifungal innate immune response / angiotensin receptor binding / hemostasis / TGFBR3 regulates TGF-beta signaling / Activation of SMO / telencephalon development / embryonic digestive tract development / antifungal humoral response / response to caloric restriction / negative regulation of interleukin-8 production / positive regulation of chemotaxis / G protein-coupled receptor internalization / arrestin family protein binding / neuropeptide binding / Lysosome Vesicle Biogenesis / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / stress fiber assembly / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / positive regulation of macrophage chemotaxis / positive regulation of vasoconstriction / positive regulation of Rho protein signal transduction / pseudopodium / positive regulation of systemic arterial blood pressure / negative regulation of interleukin-6 production / positive regulation of intracellular signal transduction / positive regulation of receptor internalization / endocytic vesicle / negative regulation of Notch signaling pathway / enzyme inhibitor activity / neuropeptide signaling pathway / positive regulation of fat cell differentiation / retinoid metabolic process / activation of adenylate cyclase activity / cellular response to hormone stimulus / insulin-like growth factor receptor binding / clathrin-coated pit / response to cytokine / negative regulation of protein ubiquitination / extracellular matrix / GTPase activator activity / cytoplasmic vesicle membrane / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / response to activity / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / G protein-coupled receptor binding / G protein-coupled receptor activity / MAP2K and MAPK activation / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of protein phosphorylation / chemotaxis / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / endocytic vesicle membrane / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / insulin receptor signaling pathway / Platelet degranulation / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / glucose homeostasis / protein transport / Clathrin-mediated endocytosis / : / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / cytoplasmic vesicle / ubiquitin-dependent protein catabolic process / defense response to Gram-negative bacterium / G alpha (s) signalling events / molecular adaptor activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / cell differentiation / transcription coactivator activity / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / neuron projection / endosome / defense response to Gram-positive bacterium / Ub-specific processing proteases / protein ubiquitination / nuclear body / G protein-coupled receptor signaling pathway / inflammatory response / signaling receptor binding / Golgi membrane / negative regulation of cell population proliferation / lysosomal membrane / innate immune response / intracellular membrane-bounded organelle / positive regulation of cell population proliferation
類似検索 - 分子機能
Chemerin-like receptor 2 / Retinoic acid receptor responder protein 2 / Vasopressin V2 receptor / Vasopressin receptor / Formyl peptide receptor-related / Arrestin, conserved site / Arrestins signature. / Arrestin / Arrestin, N-terminal / Arrestin-like, N-terminal ...Chemerin-like receptor 2 / Retinoic acid receptor responder protein 2 / Vasopressin V2 receptor / Vasopressin receptor / Formyl peptide receptor-related / Arrestin, conserved site / Arrestins signature. / Arrestin / Arrestin, N-terminal / Arrestin-like, N-terminal / Arrestin C-terminal-like domain / Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain / Arrestin-like, C-terminal / Cystatin superfamily / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Immunoglobulin E-set
類似検索 - ドメイン・相同性
Vasopressin V2 receptor / Chemerin-like receptor 2 / Beta-arrestin-1 / Retinoic acid receptor responder protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Escherichia phage EcSzw-2 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Cai H / Lin X / Zhao L / He M / Yu J / Zhang B / Ma Y / Xie C / Shui W / Zhao Q ...Cai H / Lin X / Zhao L / He M / Yu J / Zhang B / Ma Y / Xie C / Shui W / Zhao Q / Zhu Y / Wu B
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82121005 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32401012 中国
引用ジャーナル: Science / 年: 2025
タイトル: Noncanonical agonist-dependent and -independent arrestin recruitment of GPR1
著者: Cai H / Lin X / Zhao L / He M / Yu J / Zhang B / Ma Y / Chang X / Tang Y / Luo T / Jiang J / Ma M / Song W / Ma L / Chu X / Yi C / Chen K / Han S / Xie C / Shui W / Zhao Q / Zhu Y / Wu B
履歴
登録2025年5月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年11月19日-
マップ公開2025年11月19日-
更新2025年11月19日-
現状2025年11月19日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_64611.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_64611.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Main map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 274.176 Å		1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 274.176 Å		1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 274.176 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.071 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.18
最小 - 最大-1.1147239 - 1.7983449
平均 (標準偏差)-0.00019867969 (±0.03537244)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 274.176 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map

ファイルemd_64611_half_map_1.map
注釈half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map

ファイルemd_64611_half_map_2.map
注釈half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : G protein-coupled receptor 1 in complex with chemerin and beta-ar...

全体名称: G protein-coupled receptor 1 in complex with chemerin and beta-arrestin1
要素
  • 複合体: G protein-coupled receptor 1 in complex with chemerin and beta-arrestin1
    • タンパク質・ペプチド: Retinoic acid receptor responder protein 2
    • タンパク質・ペプチド: Beta-arrestin-1
    • タンパク質・ペプチド: Nanobody 32
    • タンパク質・ペプチド: Chemerin-like receptor 2,Vasopressin V2 receptor
    • タンパク質・ペプチド: Single-chain fragment variable 30 (scFv30)

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超分子 #1: G protein-coupled receptor 1 in complex with chemerin and beta-ar...

超分子名称: G protein-coupled receptor 1 in complex with chemerin and beta-arrestin1
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Retinoic acid receptor responder protein 2

分子名称: Retinoic acid receptor responder protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 17.720475 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MKTIIALSYI FCLVFAELTE AQRRGLQVAL EEFHKHPPVQ WAFQETSVES AVDTPFPAGI FVRLEFKLQQ TSCRKRDWKK PECKVRPNG RKRKCLACIK LGSEDKVLGR LVHCPIETQV LREAEEHQET QCLRVQRAGE DPHSFYFPGQ FAFS

UniProtKB: Retinoic acid receptor responder protein 2

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分子 #2: Beta-arrestin-1

分子名称: Beta-arrestin-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 42.167137 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGDKGTRVFK KASPNGKLTV YLGKRDFVDH IDLVDPVDGV VLVDPEYLKE RRVYVTLTAA FRYGREDLDV LGLTFRKDLF VANVQSFPP APEDKKPLTR LQERLIKKLG EHAYPFTFEI PPNLPSSVTL QPGPEDTGKA IGVDYEVKAF VAENLEEKIH K RNSVRLVI ...文字列:
MGDKGTRVFK KASPNGKLTV YLGKRDFVDH IDLVDPVDGV VLVDPEYLKE RRVYVTLTAA FRYGREDLDV LGLTFRKDLF VANVQSFPP APEDKKPLTR LQERLIKKLG EHAYPFTFEI PPNLPSSVTL QPGPEDTGKA IGVDYEVKAF VAENLEEKIH K RNSVRLVI EKVQYAPERP GPQPTAETTR QFLMSDKPLH LEASLDKEIY YHGEPISVNV HVTNNTNKTV KKIKISVRQY AD IVLFNTA QYKVPVAMEE ADDTVAPSST FSKVYTLTPF LANNREKRGL ALDGKLKHED TNLASSTLLR EGANREILGI IVS YKVKVK LVVSRGGLLG DLASSDVAVE LPFTLMHPKP KEEPPHREVP ENETPVDTNL

UniProtKB: Beta-arrestin-1

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分子 #3: Nanobody 32

分子名称: Nanobody 32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage EcSzw-2 (ファージ)
分子量理論値: 13.238716 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列:
QVQLQESGGG LVQAGGSLRL SCVVSGFFFD TVTMAWYRRA PGKHRELVAS ATAGGTTTYA DSVKDRFTIS RDNAKNTVYL QMNSLKPED TAVYYCNTFV RSLSWGQGTQ VTVSSHHHHH H

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分子 #4: Chemerin-like receptor 2,Vasopressin V2 receptor

分子名称: Chemerin-like receptor 2,Vasopressin V2 receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 46.071438 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: WSHPQFEKGS GAGASAGSWS HPQFEKGSDY KDDDDKEFLE VLFQGPEDLE ETLFEEFENY SYDLDYYSLE SDLEEKVQLG VVHWVSLVL YCLAFVLGIP GNAIVIWFTG FKWKKTVTTL WFLNLAIADF IFLLFLPLYI SYVAMNFHWP FGIWLCKANS F TAQLNMFA ...文字列:
WSHPQFEKGS GAGASAGSWS HPQFEKGSDY KDDDDKEFLE VLFQGPEDLE ETLFEEFENY SYDLDYYSLE SDLEEKVQLG VVHWVSLVL YCLAFVLGIP GNAIVIWFTG FKWKKTVTTL WFLNLAIADF IFLLFLPLYI SYVAMNFHWP FGIWLCKANS F TAQLNMFA SVFFLTVISL DHYIHLIHPV LSHRHRTLKN SLIVIIFIWL LASLIGGPAL YFRDTVEFNN HTLCYNNFQK HD PDLTLIR HHVLTWVKFI IGYLFPLLTM SICYLCLIFK VKKRSILISS RHFWTILVVV VAFVVCWTPY HLFSIWELTI HHN SYSHHV MQAGIPLSTG LAFLNSCLNP ILYVLISKKF QARFRSSVAE IARGRTPPSL GPQDE(SEP)C(TPO)(TPO)A (SEP)(SEP)(SEP)LAKDTS S

UniProtKB: Chemerin-like receptor 2, Vasopressin V2 receptor

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分子 #5: Single-chain fragment variable 30 (scFv30)

分子名称: Single-chain fragment variable 30 (scFv30) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 26.157861 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: SDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSV SSAVAWYQQK PGKAPKLLIY SASSLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQYKYVPVTF GQGTKVEIKG TTAASGSSGG SSSGAEVQLV ESGGGLVQPG GSLRLSCAAS GFNVYSSSIH W VRQAPGKG ...文字列:
SDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSV SSAVAWYQQK PGKAPKLLIY SASSLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQYKYVPVTF GQGTKVEIKG TTAASGSSGG SSSGAEVQLV ESGGGLVQPG GSLRLSCAAS GFNVYSSSIH W VRQAPGKG LEWVASISSY YGYTYYADSV KGRFTISADT SKNTAYLQMN SLRAEDTAVY YCARSRQFWY SGLDYWGQGT LV TVSSA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 2.1875 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 112084
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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