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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6448 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM reconstruction of F-actin | |||||||||
マップデータ | Control reconstruction of F-actin alone | |||||||||
試料 |
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キーワード | actin / cell migration / adhesion / mechanosensation / cytoskeleton | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cytoskeletal motor activator activity / tropomyosin binding / myosin heavy chain binding / mesenchyme migration / troponin I binding / filamentous actin / actin filament bundle / skeletal muscle thin filament assembly / actin filament bundle assembly / striated muscle thin filament ...cytoskeletal motor activator activity / tropomyosin binding / myosin heavy chain binding / mesenchyme migration / troponin I binding / filamentous actin / actin filament bundle / skeletal muscle thin filament assembly / actin filament bundle assembly / striated muscle thin filament / skeletal muscle myofibril / actin monomer binding / skeletal muscle fiber development / stress fiber / titin binding / actin filament polymerization / filopodium / actin filament / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / calcium-dependent protein binding / lamellipodium / cell body / hydrolase activity / protein domain specific binding / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / magnesium ion binding / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Oryctolagus cuniculus (ウサギ) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Kim LY / Thompson PM / Lee HT / Pershad M / Campbell SL / Alushin GM | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2016 タイトル: The Structural Basis of Actin Organization by Vinculin and Metavinculin. 著者: Laura Y Kim / Peter M Thompson / Hyunna T Lee / Mihir Pershad / Sharon L Campbell / Gregory M Alushin / 要旨: Vinculin is an essential adhesion protein that links membrane-bound integrin and cadherin receptors through their intracellular binding partners to filamentous actin, facilitating mechanotransduction. ...Vinculin is an essential adhesion protein that links membrane-bound integrin and cadherin receptors through their intracellular binding partners to filamentous actin, facilitating mechanotransduction. Here we present an 8.5-Å-resolution cryo-electron microscopy reconstruction and pseudo-atomic model of the vinculin tail (Vt) domain bound to F-actin. Upon actin engagement, the N-terminal "strap" and helix 1 are displaced from the Vt helical bundle to mediate actin bundling. We find that an analogous conformational change also occurs in the H1' helix of the tail domain of metavinculin (MVt) upon actin binding, a muscle-specific splice isoform that suppresses actin bundling by Vt. These data support a model in which metavinculin tunes the actin bundling activity of vinculin in a tissue-specific manner, providing a mechanistic framework for understanding metavinculin mutations associated with hereditary cardiomyopathies. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6448.map.gz | 25.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-6448-v30.xml emd-6448.xml | 10.7 KB 10.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_6448.png | 168 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6448 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6448 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_6448_validation.pdf.gz | 314 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_6448_full_validation.pdf.gz | 313.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_6448_validation.xml.gz | 6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6448 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6448 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6448.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 29.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Control reconstruction of F-actin alone | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.18 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : F-actin
全体 | 名称: F-actin |
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要素 |
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-超分子 #1000: F-actin
超分子 | 名称: F-actin / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: Helical filament of F-actin / 集合状態: Helical / Number unique components: 1 |
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-分子 #1: skeletal muscle actin
分子 | 名称: skeletal muscle actin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: actin / 集合状態: helical filament / 組換発現: No / データベース: NCBI |
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由来(天然) | 生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 別称: Rabbit / 組織: Muscle / 細胞中の位置: Cytoplasm, cytoskeleton |
分子量 | 理論値: 41.8 KDa |
配列 | UniProtKB: Actin, alpha skeletal muscle |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
濃度 | 0.0125 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7 / 詳細: 50 mM KCl, 1 mM MgCl2, 1 mM EGTA, 10 mM imidazole |
グリッド | 詳細: 200 mesh 1.2 / 1.3 C-flat |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / 装置: LEICA EM GP 手法: 3 microliters of 0.3 micromolar actin was applied to the grid and incubated for 60 seconds at 25 degrees C. The grid was blotted for 2 seconds before plunging. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI 20 |
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アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification. |
日付 | 2014年5月13日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) 実像数: 1257 / 平均電子線量: 25 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 137615 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 100000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
-画像解析
詳細 | Single-model IHRSR was performed with EMAN2 / SPARX and final reconstruction with FREALIGN (fixed helical parameters). |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 27.80 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 166.67 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称) アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.6 Å / 解像度の算出法: OTHER ソフトウェア - 名称: CTFFIND3, EMAN2/SPARX, FREALIGN |
CTF補正 | 詳細: FREALIGN (per segment) |