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万見
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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6408
タイトルIn situ structures of the segmented genome and RNA polymerase complex inside a dsRNA virus
マップデータAveraged qCPV TEC
試料
  • 試料: CPV VP4 + polymerase complex (TEC)
  • タンパク質・ペプチド: VP4
  • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase
キーワードcryo-EM / dsRNA genome organization / viral polymerase
機能・相同性
機能・相同性情報


viral genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
: / : / CPV, RNA-directed RNA polymerase, N-terminal / CPV, RNA-directed RNA polymerase, central polymerase domain / CPV, RNA-directed RNA polymerase, C-terminal / : / CPV Capsid shell protein VP1, small protrusion domain / : / Inner layer core protein VP1-like, C-terminal / RNA-directed RNA polymerase, reovirus / RdRp of Reoviridae dsRNA viruses catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-dependent RNA polymerase / VP1 / Viral structural protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Bombyx mori cypovirus 1 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Zhang X / Ding K / Yu XK / Chang W / Sun JC / Zhou ZH
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: In situ structures of the segmented genome and RNA polymerase complex inside a dsRNA virus.
著者: Xing Zhang / Ke Ding / Xuekui Yu / Winston Chang / Jingchen Sun / Z Hong Zhou /
要旨: Viruses in the Reoviridae, like the triple-shelled human rotavirus and the single-shelled insect cytoplasmic polyhedrosis virus (CPV), all package a genome of segmented double-stranded RNAs (dsRNAs) ...Viruses in the Reoviridae, like the triple-shelled human rotavirus and the single-shelled insect cytoplasmic polyhedrosis virus (CPV), all package a genome of segmented double-stranded RNAs (dsRNAs) inside the viral capsid and carry out endogenous messenger RNA synthesis through a transcriptional enzyme complex (TEC). By direct electron-counting cryoelectron microscopy and asymmetric reconstruction, we have determined the organization of the dsRNA genome inside quiescent CPV (q-CPV) and the in situ atomic structures of TEC within CPV in both quiescent and transcribing (t-CPV) states. We show that the ten segmented dsRNAs in CPV are organized with ten TECs in a specific, non-symmetric manner, with each dsRNA segment attached directly to a TEC. The TEC consists of two extensively interacting subunits: an RNA-dependent RNA polymerase (RdRP) and an NTPase VP4. We find that the bracelet domain of RdRP undergoes marked conformational change when q-CPV is converted to t-CPV, leading to formation of the RNA template entry channel and access to the polymerase active site. An amino-terminal helix from each of two subunits of the capsid shell protein (CSP) interacts with VP4 and RdRP. These findings establish the link between sensing of environmental cues by the external proteins and activation of endogenous RNA transcription by the TEC inside the virus.
履歴
登録2015年8月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年8月19日-
マップ公開2015年10月28日-
更新2015年12月2日-
現状2015年12月2日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3jb6
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6408.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6408.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 11.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Averaged qCPV TEC
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)X (Row.)Y (Col.)
1.01 Å/pix.
x 142 pix.
= 143.42 Å		1.01 Å/pix.
x 131 pix.
= 132.31 Å		1.01 Å/pix.
x 164 pix.
= 165.64 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.01 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 1.5 / ムービー #1: 2
最小 - 最大-8.85126591 - 15.05303574
平均 (標準偏差)0.0 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderYXZ
Origin46-111107
サイズ131164142
Spacing164131142
セルA: 132.31 Å / B: 165.64 Å / C: 143.42 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.011.011.01
M x/y/z131164142
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z132.310165.640143.420
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ46-111107
NX/NY/NZ131164142
MAP C/R/S213
start NC/NR/NS-11146107
NC/NR/NS164131142
D min/max/mean-8.85115.053-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : CPV VP4 + polymerase complex (TEC)

全体名称: CPV VP4 + polymerase complex (TEC)
要素
  • 試料: CPV VP4 + polymerase complex (TEC)
  • タンパク質・ペプチド: VP4
  • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase

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超分子 #1000: CPV VP4 + polymerase complex (TEC)

超分子名称: CPV VP4 + polymerase complex (TEC) / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 2

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分子 #1: VP4

分子名称: VP4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Bombyx mori cypovirus 1 (ウイルス) / 別称: Cytoplasmic polyhedrosis virus

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分子 #2: RNA polymerase

分子名称: RNA polymerase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Bombyx mori cypovirus 1 (ウイルス) / 別称: Cytoplasmic polyhedrosis virus

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8 / 詳細: 70 mM Tris-Cl, 10 mM MgCl2, 100 mM NaCl, 2 mM GTP
グリッド詳細: 200 mesh Quantifoil holey carbon film
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK II

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度平均: 80 K
アライメント法Legacy - Electron beam tilt params: 0
日付2013年7月26日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / デジタル化 - サンプリング間隔: 5 µm / 実像数: 4385 / 平均電子線量: 25 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 49500 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 49000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Frealign / 使用した粒子像数: 68526
最終 2次元分類クラス数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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