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万見
- EMDB-6398: Electron cryo-microscopy of a Propionibacterium acnes phage -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6398
タイトルElectron cryo-microscopy of a Propionibacterium acnes phage
マップデータReconstruction of Propionibacterium acnes phage
試料
  • 試料: Propionibacterium acnes bacteriophage ATCC_Clear capsid structure
  • ウイルス: Propionibacterium phage PA6 (ファージ)
キーワードacne / bacteriophage / cryoEM / HK97-like
機能・相同性Gp6
機能・相同性情報
生物種Propionibacterium phage PA6 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Chiou J / Zhang X / Marinelli LJ / Modlin RL / Zhou ZH
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Capsid Structure of the Propionibacterium acnes Bacteriophage ATCC_Clear
著者: Chiou J / Zhang X / Marinelli LJ / Modlin RL / Zhou ZH
履歴
登録2015年7月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年8月12日-
マップ公開2016年7月27日-
更新2016年7月27日-
現状2016年7月27日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0625
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0625
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3jb5
  • 表面レベル: 0.0625
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-3jb5
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6398.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6398.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 523.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of Propionibacterium acnes phage
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.3 Å/pix.
x 520 pix.
= 676. Å		1.3 Å/pix.
x 520 pix.
= 676. Å		1.3 Å/pix.
x 520 pix.
= 676. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.3 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0625 / ムービー #1: 0.0625
最小 - 最大-0.18350838 - 0.23970643
平均 (標準偏差)-0.00263189 (±0.01325464)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-260-260-260
サイズ520520520
Spacing520520520
セルA=B=C: 676.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.31.31.3
M x/y/z520520520
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z676.000676.000676.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-260-260-260
NC/NR/NS520520520
D min/max/mean-0.1840.240-0.003

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Propionibacterium acnes bacteriophage ATCC_Clear capsid structure

全体名称: Propionibacterium acnes bacteriophage ATCC_Clear capsid structure
要素
  • 試料: Propionibacterium acnes bacteriophage ATCC_Clear capsid structure
  • ウイルス: Propionibacterium phage PA6 (ファージ)

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超分子 #1000: Propionibacterium acnes bacteriophage ATCC_Clear capsid structure

超分子名称: Propionibacterium acnes bacteriophage ATCC_Clear capsid structure
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1
分子量実験値: 33 MDa / 手法: SDS-PAGE/MS

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超分子 #1: Propionibacterium phage PA6

超分子名称: Propionibacterium phage PA6 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: Propionibacterium acnes bacteriophage / 詳細: Mature virions, DNA inside masked / NCBI-ID: 376758 / 生物種: Propionibacterium phage PA6 / Sci species strain: ATCC 29399B_C / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: Propionibacterium acnes bacteriophage
宿主生物種: Propionibacterium acnes (バクテリア) / 株: 6919 / 別称: BACTERIA(EUBACTERIA)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 660 Å / T番号(三角分割数): 7

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

グリッド詳細: Purified sample was applied to a Quantifoil grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: Blot for 15 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
日付2014年5月16日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / 実像数: 3168 / 平均電子線量: 25 e/Å2
詳細: Every image is the average of twelve frames recorded by the direct electron detector.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 38462 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.27 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 38462
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The particles were selected using an in-house selection procedure.
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: FREALIGN / 使用した粒子像数: 27504

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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