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万見
- EMDB-6295: JRFL gp140 NFL2P liganded to PGV04 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6295
タイトルJRFL gp140 NFL2P liganded to PGV04
マップデータJRFL gp140 NFL2P liganded to PGV04
試料
  • 試料: JRFL gp140 NFL2P liganded to PGV04
  • タンパク質・ペプチド: JRFL gp140 NFL2P
  • タンパク質・ペプチド: PGV04 Fab
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 22.0 Å
データ登録者de Val N / Sharma S / Bale S
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2015
タイトル: Cleavage-independent HIV-1 Env trimers engineered as soluble native spike mimetics for vaccine design.
著者: Shailendra Kumar Sharma / Natalia de Val / Shridhar Bale / Javier Guenaga / Karen Tran / Yu Feng / Viktoriya Dubrovskaya / Andrew B Ward / Richard T Wyatt /
要旨: Viral glycoproteins mediate entry by pH-activated or receptor-engaged activation and exist in metastable pre-fusogenic states that may be stabilized by directed rational design. As recently reported, ...Viral glycoproteins mediate entry by pH-activated or receptor-engaged activation and exist in metastable pre-fusogenic states that may be stabilized by directed rational design. As recently reported, the conformationally fixed HIV-1 envelope glycoprotein (Env) trimers in the pre-fusion state (SOSIP) display molecular homogeneity and structural integrity at relatively high levels of resolution. However, the SOSIPs necessitate full Env precursor cleavage, which requires endogenous furin overexpression. Here, we developed an alternative strategy using flexible peptide covalent linkage of Env subdomains to produce soluble, homogeneous, and cleavage-independent Env mimics, called native flexibly linked (NFL) trimers, as vaccine candidates. This simplified design avoids the need for furin co-expression and, in one case, antibody affinity purification to accelerate trimer scale-up for preclinical and clinical applications. We have successfully translated the NFL design to multiple HIV-1 subtypes, establishing the potential to become a general method of producing native-like, well-ordered Env trimers for HIV-1 or other viruses.
履歴
登録2015年3月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年3月25日-
マップ公開2015年3月25日-
更新2015年8月26日-
現状2015年8月26日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3.55
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 3.55
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_6295.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6295.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈JRFL gp140 NFL2P liganded to PGV04
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.05 Å
密度
表面レベル登録者による: 3.55 / ムービー #1: 3.55
最小 - 最大-2.17685771 - 9.60246658
平均 (標準偏差)0.0 (±0.87819183)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-39-39-39
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 328.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.052.052.05
M x/y/z160160160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z328.000328.000328.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-39-39-39
NC/NR/NS160160160
D min/max/mean-2.1779.6020.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : JRFL gp140 NFL2P liganded to PGV04

全体名称: JRFL gp140 NFL2P liganded to PGV04
要素
  • 試料: JRFL gp140 NFL2P liganded to PGV04
  • タンパク質・ペプチド: JRFL gp140 NFL2P
  • タンパク質・ペプチド: PGV04 Fab

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超分子 #1000: JRFL gp140 NFL2P liganded to PGV04

超分子名称: JRFL gp140 NFL2P liganded to PGV04 / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: trimer / Number unique components: 2
分子量実験値: 570 KDa / 理論値: 570 KDa / 手法: Size exclusion chromatography (SEC)

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分子 #1: JRFL gp140 NFL2P

分子名称: JRFL gp140 NFL2P / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 集合状態: trimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
別称: HIV-1
分子量実験値: 570 KDa / 理論値: 570 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK 293T

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分子 #2: PGV04 Fab

分子名称: PGV04 Fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: human

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.01 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: 2% uranyl formate for 30 seconds
グリッド詳細: 400 mesh Cu grids, negatively glow discharged for 30 seconds
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI SPIRIT
日付2014年2月21日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
実像数: 178 / 平均電子線量: 36.01 e/Å2
Tilt angle min0
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系倍率（補正後）: 52000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.1 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.75 µm / 倍率（公称値）: 46000
試料ステージ試料ホルダーモデル: HOME BUILD / Tilt angle max: 50
実験機器
モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 22.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN, sparx / 使用した粒子像数: 27335

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3j5m

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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