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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6260 | |||||||||
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タイトル | ERE-DNA/ERalpha/SRC-3/p300 complexes bind with AF1 antibody | |||||||||
![]() | ERE-DNA/ERalpha/SRC-3/p300 complexe bound to AF1 antibody | |||||||||
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![]() | Estrogen Receptor | |||||||||
機能・相同性 | transcription regulator complex![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 35.0 Å | |||||||||
![]() | Yi P / Wang Z / Feng Q / Pintilie GD / Foulds CE / Lanz RB / Ludtke SJ / Schmid MF / Chiu W / O'Malley BW | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of a biologically active estrogen receptor-coactivator complex on DNA. 著者: Ping Yi / Zhao Wang / Qin Feng / Grigore D Pintilie / Charles E Foulds / Rainer B Lanz / Steven J Ludtke / Michael F Schmid / Wah Chiu / Bert W O'Malley / ![]() 要旨: Estrogen receptor (ER/ESR1) is a transcription factor critical for development, reproduction, metabolism, and cancer. ER function hinges on its ability to recruit primary and secondary coactivators, ...Estrogen receptor (ER/ESR1) is a transcription factor critical for development, reproduction, metabolism, and cancer. ER function hinges on its ability to recruit primary and secondary coactivators, yet structural information on the full-length receptor-coactivator complex to complement preexisting and sometimes controversial biochemical information is lacking. Here, we use cryoelectron microscopy (cryo-EM) to determine the quaternary structure of an active complex of DNA-bound ERα, steroid receptor coactivator 3 (SRC-3/NCOA3), and a secondary coactivator (p300/EP300). Our structural model suggests the following assembly mechanism for the complex: each of the two ligand-bound ERα monomers independently recruits one SRC-3 protein via the transactivation domain of ERα; the two SRC-3s in turn bind to different regions of one p300 protein through multiple contacts. We also present structural evidence for the location of activation function 1 (AF-1) in a full-length nuclear receptor, which supports a role for AF-1 in SRC-3 recruitment. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 1.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 12.6 KB 12.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() ![]() | 35.7 KB 3.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 79.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 78.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 492 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | ERE-DNA/ERalpha/SRC-3/p300 complexe bound to AF1 antibody | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.62 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : ERE-DNA/ERalpha/SRC-3/p300 complex bound to AF1 antibody
全体 | 名称: ERE-DNA/ERalpha/SRC-3/p300 complex bound to AF1 antibody |
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要素 |
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-超分子 #1000: ERE-DNA/ERalpha/SRC-3/p300 complex bound to AF1 antibody
超分子 | 名称: ERE-DNA/ERalpha/SRC-3/p300 complex bound to AF1 antibody タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 5 |
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分子量 | 実験値: 950 KDa / 理論値: 920 KDa |
-分子 #1: estrogen receptor alpha
分子 | 名称: estrogen receptor alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: ERalpha / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() 組換細胞: SF9 |
配列 | GO: transcription regulator complex |
-分子 #2: steroid receptor coactivator-3
分子 | 名称: steroid receptor coactivator-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: SRC-3 / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() 組換細胞: SF9 |
配列 | GO: transcription regulator complex |
-分子 #3: histone acetyltransferase p300
分子 | 名称: histone acetyltransferase p300 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: EP300 / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() 組換細胞: SF9 |
配列 | GO: transcription regulator complex |
-分子 #5: AF1 antibody
分子 | 名称: AF1 antibody / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 組換発現: No / データベース: NCBI |
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由来(天然) | 生物種: unidentified (未定義) |
-分子 #4: estrogen response element
分子 | 名称: estrogen response element / タイプ: dna / ID: 4 / Name.synonym: ERE DNA / 分類: DNA / Structure: DOUBLE HELIX / Synthetic?: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 1.0 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 100 mM Tris-HCl, 50 mM NaCl, 10 mM MgCl2, 0.025% Triton X-100, 1mM DTT |
グリッド | 詳細: 200 mesh gold grid with thin carbon support |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 90 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: Blot for 1 second before plunging. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 2010F |
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温度 | 最低: 90 K / 最高: 105 K / 平均: 95 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification. |
日付 | 2014年3月1日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 実像数: 177 / 平均電子線量: 25 e/Å2 |
Tilt angle min | 0 |
Tilt angle max | 0 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 倍率(公称値): 30000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: 60 degree holder / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
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画像解析
詳細 | EMAN2 |
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CTF補正 | 詳細: per frame |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 35.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2 / 使用した粒子像数: 4877 |