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万見
- EMDB-62486: Cryo-EM structure of GPCR16-Gi complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-62486
タイトルCryo-EM structure of GPCR16-Gi complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of GPCR with Gi1.
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: Fusion protein 1,exo-alpha-sialidase,Taste receptor type 2 member 16,Fusion protein 2
    • タンパク質・ペプチド: scFv16
  • リガンド: 2-(hydroxymethyl)phenyl beta-D-glucopyranoside
キーワードGPCR / Complex / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


bitter taste receptor activity / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of bitter taste / ganglioside catabolic process / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / oligosaccharide catabolic process / exo-alpha-sialidase / exo-alpha-sialidase activity / adenylate cyclase inhibitor activity / positive regulation of protein localization to cell cortex / T cell migration ...bitter taste receptor activity / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of bitter taste / ganglioside catabolic process / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / oligosaccharide catabolic process / exo-alpha-sialidase / exo-alpha-sialidase activity / adenylate cyclase inhibitor activity / positive regulation of protein localization to cell cortex / T cell migration / Adenylate cyclase inhibitory pathway / D2 dopamine receptor binding / response to prostaglandin E / adenylate cyclase regulator activity / G protein-coupled serotonin receptor binding / adenylate cyclase-inhibiting serotonin receptor signaling pathway / cellular response to forskolin / regulation of mitotic spindle organization / Regulation of insulin secretion / trans-Golgi network / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / negative regulation of insulin secretion / G protein-coupled receptor binding / G protein-coupled receptor activity / response to peptide hormone / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / centriolar satellite / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / G-protein activation / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through CDC42 / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / photoreceptor disc membrane / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / GDP binding / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / GPER1 signaling / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / cellular response to prostaglandin E stimulus / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / sensory perception of taste / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / retina development in camera-type eye / G protein activity / GTPase binding / Ca2+ pathway / fibroblast proliferation / midbody / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / cell cortex / G alpha (i) signalling events / G alpha (s) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (q) signalling events / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / Ras protein signal transduction / Extra-nuclear estrogen signaling / cell population proliferation / ciliary basal body / G protein-coupled receptor signaling pathway / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / cell division / intracellular membrane-bounded organelle / GTPase activity / synapse / centrosome / GTP binding / protein-containing complex binding / nucleolus / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / signal transduction
類似検索 - 分子機能
: / Taste receptor type 2 / Taste receptor protein (TAS2R) / Glycoside hydrolase, family 33, N-terminal / Trans-sialidase, domain 3 / Sialidase, N-terminal domain / BNR repeat-like domain / Laminin G domain / Laminin G domain / Sialidase family ...: / Taste receptor type 2 / Taste receptor protein (TAS2R) / Glycoside hydrolase, family 33, N-terminal / Trans-sialidase, domain 3 / Sialidase, N-terminal domain / BNR repeat-like domain / Laminin G domain / Laminin G domain / Sialidase family / Sialidase / YSIRK type signal peptide / YSIRK Gram-positive signal peptide / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Sialidase superfamily / G-protein alpha subunit, group I / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / G protein beta WD-40 repeat protein / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Sialidase A / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 / Taste receptor type 2 member 16
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Wang X / Wu LJ / Hua T / Liu ZJ
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Chinese Academy of SciencesXDB37030104 中国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2025
タイトル: Structural basis of β-glucopyranoside salicin recognition by a human bitter taste GPCR.
著者: Xin Wang / Cui Zhou / Weizhen Ao / Lijie Wu / Yiran Wu / Weixiu Xu / Shenhui Liu / Qiwen Tan / Ling Wang / Fei Zhao / Junlin Liu / Yuan Pei / Suwen Zhao / Tian Hua /
要旨: The human perception of bitterness is mediated by type 2 taste receptors (TAS2Rs), which recognize a broad array of bitter substances with distinct chemical properties. TAS2R16 exhibits a pronounced ...The human perception of bitterness is mediated by type 2 taste receptors (TAS2Rs), which recognize a broad array of bitter substances with distinct chemical properties. TAS2R16 exhibits a pronounced selectivity for β-glucoside-moiety-containing compounds, such as salicin from willow bark. However, the molecular mechanism of moiety-specific recognition and receptor activation in TAS2R16 remains unclear. Here, we present cryoelectron microscopy structures of the salicin-activated human TAS2R16 complexed with gustducin and G and G proteins. The binding mode of salicin with TAS2R16 and the specific interactions of the β-D-glucopyranoside moiety are detailed. Together with molecular docking and mutagenesis data, this study uncovers the structural underpinnings of TAS2R16's group-specific recognition, receptor activation, and subsequent gustducin and G protein coupling. These findings advance our understanding of human bitter taste receptors and provide a foundation for structural modifications of bitter glycosides, opening potential therapeutic applications.
履歴
登録2024年11月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月2日-
マップ公開2025年4月2日-
更新2025年10月15日-
現状2025年10月15日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_62486.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_62486.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.96 Å/pix.
x 256 pix.
= 245.76 Å		0.96 Å/pix.
x 256 pix.
= 245.76 Å		0.96 Å/pix.
x 256 pix.
= 245.76 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.96 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.06
最小 - 最大-0.0017881077 - 2.2001536
平均 (標準偏差)0.0013865277 (±0.02840838)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 245.76 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_62486_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_62486_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_62486_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of GPCR with Gi1.

全体名称: Complex of GPCR with Gi1.
要素
  • 複合体: Complex of GPCR with Gi1.
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: Fusion protein 1,exo-alpha-sialidase,Taste receptor type 2 member 16,Fusion protein 2
    • タンパク質・ペプチド: scFv16
  • リガンド: 2-(hydroxymethyl)phenyl beta-D-glucopyranoside

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超分子 #1: Complex of GPCR with Gi1.

超分子名称: Complex of GPCR with Gi1. / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 42.29393 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: DYKDDDDKEN LYFQSMGCTL SAEDKAAVER SKMIDRNLRE DGEKAAREVK LLLLGAGESG KSTIVKQMKI IHEAGYSEEE CKQYKAVVY SNTIQSIIAI IRAMGRLKID FGDSARADDA RQLFVLAGAA EEGFMTAELA GVIKRLWKDS GVQACFNRSR E YQLNDSAA ...文字列:
DYKDDDDKEN LYFQSMGCTL SAEDKAAVER SKMIDRNLRE DGEKAAREVK LLLLGAGESG KSTIVKQMKI IHEAGYSEEE CKQYKAVVY SNTIQSIIAI IRAMGRLKID FGDSARADDA RQLFVLAGAA EEGFMTAELA GVIKRLWKDS GVQACFNRSR E YQLNDSAA YYLNDLDRIA QPNYIPTQQD VLRTRVKTTG IVETHFTFKD LHFKMFDVGG QRSERKKWIH CFEGVTAIIF CV ALSDYDL VLAEDEEMNR MHESMKLFDS ICNNKWFTDT SIILFLNKKD LFEEKIKKSP LTICYPEYAG SNTYEEAAAY IQC QFEDLN KRKDTKEIYT HFTCATDTKN VQFVFDAVTD VIIKNNLKDC GLF

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1

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分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 39.728426 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIYA MHWGTDSRLL VSASQDGKLI IWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR EGNVRVSREL AGHTGYLSCC RFLDDNQIVT S SGDTTCAL ...文字列:
MSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIYA MHWGTDSRLL VSASQDGKLI IWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR EGNVRVSREL AGHTGYLSCC RFLDDNQIVT S SGDTTCAL WDIETGQQTT TFTGHTGDVM SLSLAPDTRL FVSGACDASA KLWDVREGMC RQTFTGHESD INAICFFPNG NA FATGSDD ATCRLFDLRA DQELMTYSHD NIICGITSVS FSKSGRLLLA GYDDFNCNVW DALKADRAGV LAGHDNRVSC LGV TDDGMA VATGSWDSFL KIWNGSSGGG GSGGGGSSGV SGWRLFKKIS

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

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分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.861143 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI L

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

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分子 #4: Fusion protein 1,exo-alpha-sialidase,Taste receptor type 2 member...

分子名称: Fusion protein 1,exo-alpha-sialidase,Taste receptor type 2 member 16,Fusion protein 2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: exo-alpha-sialidase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 113.855758 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDAHHHHHH HHHHENLYFQ SAHHHHHHSS GLEVLFQGPP EGAALTEKTD IFESGRNGNP NKDGIKSYR IPALLKTDKG TLIAGADERR LHSSDWGDIG MVIRRSEDNG KTWGDRVTIT NLRDNPKASD PSIGSPVNID M VLVQDPET ...文字列:
MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDAHHHHHH HHHHENLYFQ SAHHHHHHSS GLEVLFQGPP EGAALTEKTD IFESGRNGNP NKDGIKSYR IPALLKTDKG TLIAGADERR LHSSDWGDIG MVIRRSEDNG KTWGDRVTIT NLRDNPKASD PSIGSPVNID M VLVQDPET KRIFSIYDMF PEGKGIFGMS SQKEEAYKKI DGKTYQILYR EGEKGAYTIR ENGTVYTPDG KATDYRVVVD PV KPAYSDK GDLYKGDQLL GNIYFTTNKT SPFRIAKDSY LWMSYSDDDG KTWSAPQDIT PMVKADWMKF LGVGPGTGIV LRN GPHKGR ILIPVYTTNN VSHLDGSQSS RVIYSDDHGK TWHAGEAVND NRQVDGQKIH SSTMNNRRAQ NTESTVVQLN NGDV KLFMR GLTGDLQVAT SKDGGVTWEK DIKRYPQVKD VYVQMSAIHT MHEGKEYIIL SNAGGPKREN GMVHLARVEE NGELT WLKH NPIQKGEFAY NSLQELGNGE YGILYEHTEK GQNAYTLSFR KFNWEFLSKN GSGSGIPIQL TVFFMIIYVL ESLTII VQS SLIVAVLGRE WLQVRRLMPV DMILISLGIS RFCLQWASML NNFCSYFNLN YVLCNLTITW EFFNILTFWL NSLLTVF YC IKVSSFTHHI FLWLRWRILR LFPWILLGCL MITCVTIIPS AIGNYIQIQL LTMEHLPRNS TVTDKLENFH QYQFQAHT V ALVIPFILFL ASTIFLMASL TKQIQHHSTG HCNPSMKARF TALRSLAVLF IVFTSYFLTI LITIIGTLFD KRCWLWVWE AFVYAFILMH STSLMLSSPT LKRILKGKCG SGSGGSGSGG SGSGGSGSGS SGGVFTLEDF VGDWEQTAAY NLDQVLEQGG VSSLLQNLA VSVTPIQRIV RSGENALKID IHVIIPYEGL SADQMAQIEE VFKVVYPVDD HHFKVILPYG TLVIDGVTPN M LNYFGRPY EGIAVFDGKK ITVTGTLWNG NKIIDERLIT PDGSMLFRVT INS

UniProtKB: Sialidase A, Taste receptor type 2 member 16

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分子 #5: scFv16

分子名称: scFv16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.66682 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS ...文字列:
DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS NGNTYLYWFL QRPGQSPQLL IYRMSNLASG VPDRFSGSGS GTAFTLTISR LEAEDVGVYY CMQHLEYPLT FG AGTKLEL KAAAENLYFQ SHHHHHHHH

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分子 #6: 2-(hydroxymethyl)phenyl beta-D-glucopyranoside

分子名称: 2-(hydroxymethyl)phenyl beta-D-glucopyranoside / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: SA0
分子量理論値: 286.278 Da
Chemical component information

ChemComp-SA0:
2-(hydroxymethyl)phenyl beta-D-glucopyranoside

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッド材質: GOLD
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.15 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 229493
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-9kpf:
Cryo-EM structure of GPCR16-Gi complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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