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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of GPCR16-Gi complex | |||||||||
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![]() | GPCR / Complex / SIGNALING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() bitter taste receptor activity / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of bitter taste / ganglioside catabolic process / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / oligosaccharide catabolic process / exo-alpha-sialidase / exo-alpha-sialidase activity / positive regulation of protein localization to cell cortex / Adenylate cyclase inhibitory pathway / T cell migration ...bitter taste receptor activity / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of bitter taste / ganglioside catabolic process / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / oligosaccharide catabolic process / exo-alpha-sialidase / exo-alpha-sialidase activity / positive regulation of protein localization to cell cortex / Adenylate cyclase inhibitory pathway / T cell migration / D2 dopamine receptor binding / response to prostaglandin E / G protein-coupled serotonin receptor binding / adenylate cyclase regulator activity / adenylate cyclase-inhibiting serotonin receptor signaling pathway / cellular response to forskolin / regulation of mitotic spindle organization / Regulation of insulin secretion / trans-Golgi network / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / G protein-coupled receptor binding / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor activity / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / response to peptide hormone / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / centriolar satellite / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G-protein activation / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through CDC42 / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / photoreceptor disc membrane / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / GDP binding / G alpha (z) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / cellular response to catecholamine stimulus / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / GPER1 signaling / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / cellular response to prostaglandin E stimulus / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / sensory perception of taste / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / G protein activity / GTPase binding / Ca2+ pathway / retina development in camera-type eye / midbody / cell cortex / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / fibroblast proliferation / G alpha (i) signalling events / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / G alpha (s) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (q) signalling events / Ras protein signal transduction / Extra-nuclear estrogen signaling / cell population proliferation / ciliary basal body / G protein-coupled receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / cell division / GTPase activity / intracellular membrane-bounded organelle / synapse / centrosome / protein-containing complex binding / GTP binding / nucleolus / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / signal transduction / extracellular exosome / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.15 Å | |||||||||
![]() | Wang X / Wu LJ / Hua T / Liu ZJ | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of GPCR16-Gi complex 著者: Wang X / Wu LJ / Hua T / Liu ZJ | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 56.6 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 22.9 KB 22.9 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 61.5 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 7.3 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 57 MB 59.3 MB 59.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 9kpfMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.96 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: #1
ファイル | emd_62486_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_62486_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_62486_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Complex of GPCR with Gi1.
全体 | 名称: Complex of GPCR with Gi1. |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex of GPCR with Gi1.
超分子 | 名称: Complex of GPCR with Gi1. / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 42.29393 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: DYKDDDDKEN LYFQSMGCTL SAEDKAAVER SKMIDRNLRE DGEKAAREVK LLLLGAGESG KSTIVKQMKI IHEAGYSEEE CKQYKAVVY SNTIQSIIAI IRAMGRLKID FGDSARADDA RQLFVLAGAA EEGFMTAELA GVIKRLWKDS GVQACFNRSR E YQLNDSAA ...文字列: DYKDDDDKEN LYFQSMGCTL SAEDKAAVER SKMIDRNLRE DGEKAAREVK LLLLGAGESG KSTIVKQMKI IHEAGYSEEE CKQYKAVVY SNTIQSIIAI IRAMGRLKID FGDSARADDA RQLFVLAGAA EEGFMTAELA GVIKRLWKDS GVQACFNRSR E YQLNDSAA YYLNDLDRIA QPNYIPTQQD VLRTRVKTTG IVETHFTFKD LHFKMFDVGG QRSERKKWIH CFEGVTAIIF CV ALSDYDL VLAEDEEMNR MHESMKLFDS ICNNKWFTDT SIILFLNKKD LFEEKIKKSP LTICYPEYAG SNTYEEAAAY IQC QFEDLN KRKDTKEIYT HFTCATDTKN VQFVFDAVTD VIIKNNLKDC GLF UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 |
-分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 39.728426 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIYA MHWGTDSRLL VSASQDGKLI IWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR EGNVRVSREL AGHTGYLSCC RFLDDNQIVT S SGDTTCAL ...文字列: MSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIYA MHWGTDSRLL VSASQDGKLI IWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR EGNVRVSREL AGHTGYLSCC RFLDDNQIVT S SGDTTCAL WDIETGQQTT TFTGHTGDVM SLSLAPDTRL FVSGACDASA KLWDVREGMC RQTFTGHESD INAICFFPNG NA FATGSDD ATCRLFDLRA DQELMTYSHD NIICGITSVS FSKSGRLLLA GYDDFNCNVW DALKADRAGV LAGHDNRVSC LGV TDDGMA VATGSWDSFL KIWNGSSGGG GSGGGGSSGV SGWRLFKKIS UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 |
-分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 7.861143 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI L UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 |
-分子 #4: Fusion protein 1,exo-alpha-sialidase,Taste receptor type 2 member...
分子 | 名称: Fusion protein 1,exo-alpha-sialidase,Taste receptor type 2 member 16,Fusion protein 2 タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: exo-alpha-sialidase |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 113.855758 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDAHHHHHH HHHHENLYFQ SAHHHHHHSS GLEVLFQGPP EGAALTEKTD IFESGRNGNP NKDGIKSYR IPALLKTDKG TLIAGADERR LHSSDWGDIG MVIRRSEDNG KTWGDRVTIT NLRDNPKASD PSIGSPVNID M VLVQDPET ...文字列: MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDAHHHHHH HHHHENLYFQ SAHHHHHHSS GLEVLFQGPP EGAALTEKTD IFESGRNGNP NKDGIKSYR IPALLKTDKG TLIAGADERR LHSSDWGDIG MVIRRSEDNG KTWGDRVTIT NLRDNPKASD PSIGSPVNID M VLVQDPET KRIFSIYDMF PEGKGIFGMS SQKEEAYKKI DGKTYQILYR EGEKGAYTIR ENGTVYTPDG KATDYRVVVD PV KPAYSDK GDLYKGDQLL GNIYFTTNKT SPFRIAKDSY LWMSYSDDDG KTWSAPQDIT PMVKADWMKF LGVGPGTGIV LRN GPHKGR ILIPVYTTNN VSHLDGSQSS RVIYSDDHGK TWHAGEAVND NRQVDGQKIH SSTMNNRRAQ NTESTVVQLN NGDV KLFMR GLTGDLQVAT SKDGGVTWEK DIKRYPQVKD VYVQMSAIHT MHEGKEYIIL SNAGGPKREN GMVHLARVEE NGELT WLKH NPIQKGEFAY NSLQELGNGE YGILYEHTEK GQNAYTLSFR KFNWEFLSKN GSGSGIPIQL TVFFMIIYVL ESLTII VQS SLIVAVLGRE WLQVRRLMPV DMILISLGIS RFCLQWASML NNFCSYFNLN YVLCNLTITW EFFNILTFWL NSLLTVF YC IKVSSFTHHI FLWLRWRILR LFPWILLGCL MITCVTIIPS AIGNYIQIQL LTMEHLPRNS TVTDKLENFH QYQFQAHT V ALVIPFILFL ASTIFLMASL TKQIQHHSTG HCNPSMKARF TALRSLAVLF IVFTSYFLTI LITIIGTLFD KRCWLWVWE AFVYAFILMH STSLMLSSPT LKRILKGKCG SGSGGSGSGG SGSGGSGSGS SGGVFTLEDF VGDWEQTAAY NLDQVLEQGG VSSLLQNLA VSVTPIQRIV RSGENALKID IHVIIPYEGL SADQMAQIEE VFKVVYPVDD HHFKVILPYG TLVIDGVTPN M LNYFGRPY EGIAVFDGKK ITVTGTLWNG NKIIDERLIT PDGSMLFRVT INS UniProtKB: exo-alpha-sialidase, Taste receptor type 2 member 16 |
-分子 #5: scFv16
分子 | 名称: scFv16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 28.66682 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS ...文字列: DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS NGNTYLYWFL QRPGQSPQLL IYRMSNLASG VPDRFSGSGS GTAFTLTISR LEAEDVGVYY CMQHLEYPLT FG AGTKLEL KAAAENLYFQ SHHHHHHHH |
-分子 #6: 2-(hydroxymethyl)phenyl beta-D-glucopyranoside
分子 | 名称: 2-(hydroxymethyl)phenyl beta-D-glucopyranoside / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: SA0 |
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分子量 | 理論値: 286.278 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-SA0: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | 材質: GOLD |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.15 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 229493 |
初期 角度割当 | タイプ: COMMON LINE |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
-原子モデル構築 1
初期モデル | Chain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
得られたモデル | ![]() PDB-9kpf: |