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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6204 | |||||||||
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タイトル | Structure of ATP-bound N-ethylmaleimide sensitive factor determined by single particle cryoelectron microscopy | |||||||||
![]() | Map of ATP-bound N-ethylmaleimide sensitive factor. This map is unsharpened and unfiltered. The map was normalized using the program MAPMAN. | |||||||||
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![]() | ATPases associated with diverse cellular activities | |||||||||
機能・相同性 | ![]() SNARE complex disassembly / ATP-dependent protein disaggregase activity / intra-Golgi vesicle-mediated transport / Golgi to plasma membrane protein transport / Golgi stack / vesicle-fusing ATPase / syntaxin-1 binding / positive regulation of receptor recycling / SNARE binding / PDZ domain binding ...SNARE complex disassembly / ATP-dependent protein disaggregase activity / intra-Golgi vesicle-mediated transport / Golgi to plasma membrane protein transport / Golgi stack / vesicle-fusing ATPase / syntaxin-1 binding / positive regulation of receptor recycling / SNARE binding / PDZ domain binding / intracellular protein transport / ionotropic glutamate receptor binding / potassium ion transport / positive regulation of protein catabolic process / midbody / protein-containing complex binding / protein kinase binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | |||||||||
![]() | Zhao M / Wu S / Zhou Q / Vivona S / Cipriano DJ / Cheng Y / Brunger AT | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Mechanistic insights into the recycling machine of the SNARE complex. 著者: Minglei Zhao / Shenping Wu / Qiangjun Zhou / Sandro Vivona / Daniel J Cipriano / Yifan Cheng / Axel T Brunger / ![]() 要旨: Evolutionarily conserved SNARE (soluble N-ethylmaleimide sensitive factor attachment protein receptors) proteins form a complex that drives membrane fusion in eukaryotes. The ATPase NSF (N- ...Evolutionarily conserved SNARE (soluble N-ethylmaleimide sensitive factor attachment protein receptors) proteins form a complex that drives membrane fusion in eukaryotes. The ATPase NSF (N-ethylmaleimide sensitive factor), together with SNAPs (soluble NSF attachment protein), disassembles the SNARE complex into its protein components, making individual SNAREs available for subsequent rounds of fusion. Here we report structures of ATP- and ADP-bound NSF, and the NSF/SNAP/SNARE (20S) supercomplex determined by single-particle electron cryomicroscopy at near-atomic to sub-nanometre resolution without imposing symmetry. Large, potentially force-generating, conformational differences exist between ATP- and ADP-bound NSF. The 20S supercomplex exhibits broken symmetry, transitioning from six-fold symmetry of the NSF ATPase domains to pseudo four-fold symmetry of the SNARE complex. SNAPs interact with the SNARE complex with an opposite structural twist, suggesting an unwinding mechanism. The interfaces between NSF, SNAPs, and SNAREs exhibit characteristic electrostatic patterns, suggesting how one NSF/SNAP species can act on many different SNARE complexes. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 48.7 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 10.9 KB 10.9 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 138.8 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 59.7 MB 59.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 400.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 400.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3j94MC ![]() 6205C ![]() 6206C ![]() 6207C ![]() 6208C ![]() 6209C ![]() 6210C ![]() 3j95C ![]() 3j96C ![]() 3j97C ![]() 3j98C ![]() 3j99C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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注釈 | Map of ATP-bound N-ethylmaleimide sensitive factor. This map is unsharpened and unfiltered. The map was normalized using the program MAPMAN. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.2156 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-添付マップデータ: EMD-6204 ATP NSF sharpened -123-unfiltered.map
ファイル | EMD-6204_ATP_NSF_sharpened_-123-unfiltered.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-添付マップデータ: EMD-6204 ATP NSF sharpened -129-filtered.map
ファイル | EMD-6204_ATP_NSF_sharpened_-129-filtered.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : ATP-bound N-ethylmaleimide sensitive factor
全体 | 名称: ATP-bound N-ethylmaleimide sensitive factor |
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要素 |
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-超分子 #1000: ATP-bound N-ethylmaleimide sensitive factor
超分子 | 名称: ATP-bound N-ethylmaleimide sensitive factor / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: Wild type full-length construct. / 集合状態: hexamer / Number unique components: 1 |
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分子量 | 理論値: 500 KDa |
-分子 #1: N-ethylmaleimide sensitive factor
分子 | 名称: N-ethylmaleimide sensitive factor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: NSF / コピー数: 6 / 集合状態: hexamer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 別称: Chinese hamster |
分子量 | 理論値: 83 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | UniProtKB: Vesicle-fusing ATPase |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 15 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 詳細: 50 mM Tris-Cl, 150 mM NaCl, 1 mM EDTA, 1 mM ATP, 1 mM DTT, 0.05% v/v Nonident P-40 |
グリッド | 詳細: Holey carbon on top of 400 mesh copper grid |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 90 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I / 手法: Blot for 3.5 seconds before plunging. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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日付 | 2014年2月28日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / 平均電子線量: 26.4 e/Å2 詳細: Gatan K2 Summit in super-resolution counting mode. Motion correction as described in Li et al. (2013) Nature Methods. |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.3 mm / 最大 デフォーカス(公称値): -2.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): -1.8 µm / 倍率(公称値): 31000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: OTHER |
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
詳細 | 3D classification, refinement, and reconstruction were performed using RELION. |
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CTF補正 | 詳細: Each particle |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION 詳細: Every image is the sum of 30 frames recorded using the K2 Summit. The final reconstruction was calculated from images summed from frames #2-#18. 使用した粒子像数: 50781 |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - Chain ID: A |
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ソフトウェア | 名称: ![]() |
詳細 | D2 domain was from PDB entry 1NSF. D1 domain was built de novo. |
精密化 | 空間: RECIPROCAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: R-factor |
得られたモデル | ![]() PDB-3j94: |