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- EMDB-61149: RpoC2 SI domain of the spinach plastid-encoded RNA polymerase -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-61149
タイトルRpoC2 SI domain of the spinach plastid-encoded RNA polymerase
マップデータAuthor said This map is a locally refined map of 8XZV/EMD-38799. Author said they masked a flexible domain of the map to get some pose information for model building. Consequently, the density of the unmasked region is fragmented and looks like noise. All the calculations were performed in cryoSPARC, which may have led to an overestimation of the resolution, especially in the case of intrinsic flexibility. Author said they can either adopt the resolution calculated by the EMDB and make corresponding revisions to the article, or we can provide the Auto-tightening mask used during the CryoSPARC refinement.
試料
  • 複合体: DNA-directed RNA polymerase subunit beta''
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta''
キーワードplastid-encoded RNA polymerase / chloroplast / spinach / TRANSCRIPTION
生物種Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.24 Å
データ登録者Wang G-L / Yu L-J / Lu C
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2022YFC3401800 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Architecture of the spinach plastid-encoded RNA polymerase.
著者: Tongtong Wang / Guang-Lei Wang / Ying Fang / Yi Zhang / Wenxin Peng / Yue Zhou / Aihong Zhang / Long-Jiang Yu / Congming Lu /
要旨: The plastid-encoded RNA polymerase serves as the principal transcription machinery within chloroplasts, transcribing over 80% of all primary plastid transcripts. This polymerase consists of a ...The plastid-encoded RNA polymerase serves as the principal transcription machinery within chloroplasts, transcribing over 80% of all primary plastid transcripts. This polymerase consists of a prokaryotic-like core enzyme known as the plastid-encoded RNA polymerase core, and is supplemented by newly evolved associated proteins known as PAPs. However, the architecture of the plastid-encoded RNA polymerase and the possible functions of PAPs remain unknown. Here, we present the cryo-electron microscopy structure of a 19-subunit plastid-encoded RNA polymerase complex derived from spinach (Spinacia oleracea). The structure shows that the plastid-encoded RNA polymerase core resembles bacterial RNA polymerase. Twelve PAPs and two additional proteins (FLN2 and pTAC18) bind at the periphery of the plastid-encoded RNA polymerase core, forming extensive interactions that may facilitate complex assembly and stability. PAPs may also protect the complex against oxidative damage and has potential functions in transcriptional regulation. This research offers a structural basis for future investigations into the functions and regulatory mechanisms governing the transcription of plastid genes.
履歴
登録2024年8月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月4日-
マップ公開2024年12月4日-
更新2024年12月4日-
現状2024年12月4日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_61149.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_61149.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Author said This map is a locally refined map of 8XZV/EMD-38799. Author said they masked a flexible domain of the map to get some pose information for model building. Consequently, the density of the unmasked region is fragmented and looks like noise. All the calculations were performed in cryoSPARC, which may have led to an overestimation of the resolution, especially in the case of intrinsic flexibility. Author said they can either adopt the resolution calculated by the EMDB and make corresponding revisions to the article, or we can provide the Auto-tightening mask used during the CryoSPARC refinement.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 512 pix.
= 563.2 Å		1.1 Å/pix.
x 512 pix.
= 563.2 Å		1.1 Å/pix.
x 512 pix.
= 563.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.164
最小 - 最大-3.5970588 - 6.9388294
平均 (標準偏差)-0.0002098219 (±0.020308904)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 563.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_61149_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_61149_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_61149_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : DNA-directed RNA polymerase subunit beta''

全体名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta''
要素
  • 複合体: DNA-directed RNA polymerase subunit beta''
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta''

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超分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit beta''

超分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'' / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)

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分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit beta''

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
配列文字列: MAERANLVFH NKAIDGTAMK RLISRLIDHF GMAYTSHILD QLKTLGFQQA TATSISLGID DLLTIPSKGW LVQDAEQQSL ILEKHHHYG NVHAVEKLRQ SIEIWYSTSE YLRQEMNPNF RMTDPYNPVH IMSFSGARGN VSQVHQLVGM RGLMSDPQGQ M IDLPIQSN ...文字列:
MAERANLVFH NKAIDGTAMK RLISRLIDHF GMAYTSHILD QLKTLGFQQA TATSISLGID DLLTIPSKGW LVQDAEQQSL ILEKHHHYG NVHAVEKLRQ SIEIWYSTSE YLRQEMNPNF RMTDPYNPVH IMSFSGARGN VSQVHQLVGM RGLMSDPQGQ M IDLPIQSN LREGLSLTEY IISCYGARKG VVDTAVRTSD AGYLTRRLVE VVQHIVVRRR DCGTIRGISV SPQNSTMPER IL IQTLIGR VLADDIYMGS RCIATRNQDI GVGLVNRFIT LRTQLISIRT PFTCRSASWI CRLCYGRSPT HGGLVELGEA VGI IAGQSI GEPGTQLTLR TFHTGGVFTG GTAEHVRAPS NGKIQFNEDL VHPTRTRHGH PAFLCYIDLY VTIESDDILH NVNI PPKSF LLVQNDQYVE SEQVIAEIRA GTSTLNFKER VRKHIYSDSE GEMHWSTDVY HAPEFTYGNV HLLPKTSHLW VLSGK PYRS SVVPFSLSKD QDQMNTHSLS FEQIYISNPS VTNDQVKDKL SDSFSKKEDR ITDYSELNRI GHCNLIYPAK NLDLLA KKR RNRFIIPFQG SQERKKELMS LSGISIEIPI NGIFRKNSIF AYFDDPRYRR KSSGITKYGT IEMHSIVKKE DLIEYRG VK EFRPKYQMKV DRFFFIPEEV HILAGSSSIM VRNNSIIGVD TWITLNTRSR IGGVVRVERK KKKIELTIFS GDIHFPGE T DKISRHSGIL IPPSRKNSKD SKNLKKWIYV QRITPTKKKY FVLVRPVVPY EITDGINLAT LFPQDLLQER DNVQLRVVN YILYGNGKVT RGISDTSIQL VRTCLVLNWN QDKKGSSIEE ARGSFVEVRT NGMIQDFLKV NLVKPAISYI SKRNDPSSEK KEGSDHTNM NPFYSIYIYP KTKLQKSFNQ NQGTVRTLLG INKECQFFLI LSSSNCFRIG PFKGVKYPKE LIKKDPLIPI R NSFGPLGT ALQIANFFSF YYLITHNQIL VTNYLQLDNL KQTFQPFKFQ YYLMDENGRI YNPDPCSNII FNPFKLNWYF LH YHFCEET STKIDLGQFV CENVCITKKG THLKSGQVLI VQFDSVVIRS AKPYLATPGA TLHGHYGEII YEGDTLVTFI YEK SRSGDI TQGLPKVEQV LEVRSIDSIS INLEKRIDSW NERITRILGS PWGFLIGAEL TIAQSRISLV NKIQKVYRSQ GVQI HNRHI EIIVRQITSK VLVSEDGMSN VFLPGELIGL FRAERTGRAL EEAICYRATL LGITRASLNT QSFISEASFQ ETARV LAKA ALRGRIDWLK GLKENVVLGG MIPVGTGFKG FVHHSSQHKD IPLKTKKQNL FEGEMGDILF YHRELFESCL SKN

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.6
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.24 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 180924
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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