[日本語] English
万見
- EMDB-60598: Structure of CTF18-PCNA with ATP and Mg2+ -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60598
タイトルStructure of CTF18-PCNA with ATP and Mg2+
マップデータSharpened map.
試料
  • 複合体: CTF18-PCNA
    • 複合体: CTF18
      • タンパク質・ペプチド: Chromosome transmission fidelity protein 18 homolog
      • タンパク質・ペプチド: Replication factor C subunit 2
      • タンパク質・ペプチド: Replication factor C subunit 5
      • タンパク質・ペプチド: Replication factor C subunit 4
      • タンパク質・ペプチド: Replication factor C subunit 3
    • 複合体: PCNA
      • タンパク質・ペプチド: Proliferating cell nuclear antigen
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
キーワードCTF18-RFC / human clamp loader / PCNA / sliding clamp / complex / ATP / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Elg1 RFC-like complex / DNA replication factor C complex / Ctf18 RFC-like complex / positive regulation of deoxyribonuclease activity / dinucleotide insertion or deletion binding / PCNA-p21 complex / mitotic telomere maintenance via semi-conservative replication / DNA clamp loader activity / purine-specific mismatch base pair DNA N-glycosylase activity / nuclear lamina ...Elg1 RFC-like complex / DNA replication factor C complex / Ctf18 RFC-like complex / positive regulation of deoxyribonuclease activity / dinucleotide insertion or deletion binding / PCNA-p21 complex / mitotic telomere maintenance via semi-conservative replication / DNA clamp loader activity / purine-specific mismatch base pair DNA N-glycosylase activity / nuclear lamina / positive regulation of DNA-directed DNA polymerase activity / Polymerase switching / MutLalpha complex binding / Telomere C-strand (Lagging Strand) Synthesis / Processive synthesis on the lagging strand / PCNA complex / Removal of the Flap Intermediate / Processive synthesis on the C-strand of the telomere / Polymerase switching on the C-strand of the telomere / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH3 (MutSbeta) / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / Removal of the Flap Intermediate from the C-strand / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / replisome / response to L-glutamate / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / DNA strand elongation involved in DNA replication / response to dexamethasone / DNA synthesis involved in DNA repair / histone acetyltransferase binding / Impaired BRCA2 binding to RAD51 / DNA polymerase processivity factor activity / leading strand elongation / G1/S-Specific Transcription / nuclear replication fork / replication fork processing / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / SUMOylation of DNA replication proteins / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / ATP-dependent activity, acting on DNA / response to cadmium ion / translesion synthesis / estrous cycle / mismatch repair / Activation of ATR in response to replication stress / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / base-excision repair, gap-filling / DNA polymerase binding / liver regeneration / epithelial cell differentiation / positive regulation of DNA repair / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / replication fork / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / positive regulation of DNA replication / nuclear estrogen receptor binding / male germ cell nucleus / Termination of translesion DNA synthesis / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / Translesion Synthesis by POLH / G2/M DNA damage checkpoint / receptor tyrosine kinase binding / HDR through Homologous Recombination (HRR) / Dual Incision in GG-NER / DNA-templated DNA replication / cellular response to xenobiotic stimulus / cellular response to hydrogen peroxide / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / cellular response to UV / response to estradiol / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / heart development / chromatin organization / Processing of DNA double-strand break ends / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / damaged DNA binding / chromosome, telomeric region / DNA replication / nuclear body / DNA repair / centrosome / chromatin binding / chromatin / protein-containing complex binding / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / DNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Replication factor C subunit 3, C-terminal domain / RCF1/5-like, AAA+ ATPase lid domain / Replication factor C, C-terminal / Replication factor C C-terminal domain / : / DNA polymerase III, delta subunit / : / DNA polymerase III, clamp loader complex, gamma/delta/delta subunit, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen signature 2. ...: / Replication factor C subunit 3, C-terminal domain / RCF1/5-like, AAA+ ATPase lid domain / Replication factor C, C-terminal / Replication factor C C-terminal domain / : / DNA polymerase III, delta subunit / : / DNA polymerase III, clamp loader complex, gamma/delta/delta subunit, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen signature 2. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site / Proliferating cell nuclear antigen signature 1. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, N-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, N-terminal domain / Proliferating cell nuclear antigen, C-terminal domain / : / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Proliferating cell nuclear antigen / Replication factor C subunit 4 / Replication factor C subunit 2 / Replication factor C subunit 5 / Replication factor C subunit 3 / Chromosome transmission fidelity protein 18 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Briola GR / Tehseen M / Al-Amodi A / Nguyen PQ / Savva CG / Hamdan SM / De Biasio A
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Other government
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2025
タイトル: Structure of the human CTF18-RFC clamp loader bound to PCNA.
著者: Giuseppina R Briola / Muhammad Tehseen / Amani Al-Amodi / Grace Young / Ammar U Danazumi / Phong Quoc Nguyen / Christos G Savva / Mark Hedglin / Samir M Hamdan / Alfredo De Biasio /
要旨: Sliding clamps like PCNA are crucial processivity factors for replicative polymerases, requiring specific clamp loaders for loading onto DNA. The human alternative clamp loader CTF18-RFC interacts ...Sliding clamps like PCNA are crucial processivity factors for replicative polymerases, requiring specific clamp loaders for loading onto DNA. The human alternative clamp loader CTF18-RFC interacts with the leading strand polymerase Pol ε and loads PCNA onto primer/template DNA using its RFC pentameric module. Here, we provide a structural characterization of the human CTF18-RFC complex and its interaction with PCNA. Our cryo-EM data support that the Ctf8 and Dcc1 subunits of CTF18-RFC, which form the regulatory module interacting with Pol ε, are flexibly tethered to the RFC module. A 2.9 Å cryo-EM structure shows the RFC module bound to PCNA in an auto-inhibited conformation similar to the canonical RFC loader, marking the initial step of the clamp-loading reaction. The unique RFC1 (Ctf18) large subunit of CTF18-RFC, which based on the cryo-EM map shows high relative flexibility, is anchored to PCNA through an atypical low-affinity PIP box in the AAA+ domain and engages the RFC5 subunit using a novel β-hairpin at the disordered N-terminus. We show that deletion of this β-hairpin impairs the CTF18-RFC-PCNA complex stability, slows down clamp loading, and decreases the rate of primer synthesis by Pol ε. Our research identifies distinctive structural characteristics of the human CTF18-RFC complex, providing insights into its role in PCNA loading and the stimulation of leading strand synthesis by Pol ε.
履歴
登録2024年6月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年6月25日-
マップ公開2025年6月25日-
更新2025年8月27日-
現状2025年8月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_60598.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60598.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.93 Å/pix.
x 220 pix.
= 204.6 Å		0.93 Å/pix.
x 220 pix.
= 204.6 Å		0.93 Å/pix.
x 220 pix.
= 204.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.93 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.003
最小 - 最大-0.009021559 - 0.021062361
平均 (標準偏差)0.00008388867 (±0.0010626644)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ220220220
Spacing220220220
セルA=B=C: 204.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_60598_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map 2.

ファイルemd_60598_half_map_1.map
注釈Half map 2.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map 1.

ファイルemd_60598_half_map_2.map
注釈Half map 1.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

+
全体 : CTF18-PCNA

全体名称: CTF18-PCNA
要素
  • 複合体: CTF18-PCNA
    • 複合体: CTF18
      • タンパク質・ペプチド: Chromosome transmission fidelity protein 18 homolog
      • タンパク質・ペプチド: Replication factor C subunit 2
      • タンパク質・ペプチド: Replication factor C subunit 5
      • タンパク質・ペプチド: Replication factor C subunit 4
      • タンパク質・ペプチド: Replication factor C subunit 3
    • 複合体: PCNA
      • タンパク質・ペプチド: Proliferating cell nuclear antigen
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

+
超分子 #1: CTF18-PCNA

超分子名称: CTF18-PCNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
詳細: CTF18 in complex with PCNA, in presence of ATP and Mg2+
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 323 KDa

+
超分子 #2: CTF18

超分子名称: CTF18 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#5

+
超分子 #3: PCNA

超分子名称: PCNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #6

+
分子 #1: Chromosome transmission fidelity protein 18 homolog

分子名称: Chromosome transmission fidelity protein 18 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: -35: initiating methionine -34 to 0: expression tag / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 111.40707 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSAWSHPQFE KGGGSGGGSG GSAWSHPQFE KENLYFQGED YEQELCGVED DFHNQFAAEL EVLAELEGAS TPSPSGVPLF TAGRPPRTF EEALARGDAA SSPAPAASVG SSQGGARKRQ VDADLQPAGS LPHAPRIKRP RLQVVKRLNF RSEEMEEPPP P DSSPTDIT ...文字列:
MSAWSHPQFE KGGGSGGGSG GSAWSHPQFE KENLYFQGED YEQELCGVED DFHNQFAAEL EVLAELEGAS TPSPSGVPLF TAGRPPRTF EEALARGDAA SSPAPAASVG SSQGGARKRQ VDADLQPAGS LPHAPRIKRP RLQVVKRLNF RSEEMEEPPP P DSSPTDIT PPPSPEDLAE LWGHGVSEAA ADVGLTRASP AARNPVLRRP PILEDYVHVT STEGVRAYLV LRADPMAPGV QG SLLHVPW RGGGQLDLLG VSLASLKKQV DGERRERLLQ EAQKLSDTLH SLRSGEEEAA QPLGAPEEEP TDGQDASSHC LWV DEFAPR HYTELLSDDF TNRCLLKWLK LWDLVVFGHE RPSRKPRPSV EPARVSKEAT APGKWKSHEQ VLEEMLEAGL DPSQ RPKQK VALLCGPPGL GKTTLAHVIA RHAGYSVVEM NASDDRSPEV FRTRIEAATQ MESVLGAGGK PNCLVIDEID GAPVA AINV LLSILNRKGP QEVGPQGPAV PSGGGRRRRA EGGLLMRPII CICNDQFAPS LRQLKQQAFL LHFPPTLPSR LVQRLQ EVS LRQGMRADPG VLAALCEKTD NDIRACINTL QFLYSRGQRE LSVRDVQATR VGLKDQRRGL FSVWQEVFQL PRAQRRR VG QDPALPADTL LLGDGDAGSL TSASQRFYRV LHAAASAGEH EKVVQGLFDN FLRLRLRDSS LGAVCVALDW LAFDDLLA G AAHHSQSFQL LRYPPFLPVA FHVLFASSHT PRITFPSSQQ EAQNRMSQMR NLIQTLVSGI APATRSRATP QALLLDALC LLLDILAPKL RPVSTQLYST REKQQLASLV GTMLAYSLTY RQERTPDGQY IYRLEPNVEE LCRFPELPAR KPLTYQTKQL IAREIEVEK MRRAEASARV ENSPQVDGSP PGLEGLLGGI GEKGVHRPAP RNHEQRLEHI MRRAAREEQP EKDFFGRVVV R STAVPSAG DTAPEQDSVE RRMGTAVGRS EVWFRFNEGV SNAVRRSLYI RDLL

UniProtKB: Chromosome transmission fidelity protein 18 homolog

+
分子 #2: Replication factor C subunit 2

分子名称: Replication factor C subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 39.203207 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MEVEAVCGGA GEVEAQDSDP APAFSKAPGS AGHYELPWVE KYRPVKLNEI VGNEDTVSRL EVFAREGNVP NIIIAGPPGT GKTTSILCL ARALLGPALK DAMLELNASN DRGIDVVRNK IKMFAQQKVT LPKGRHKIII LDEADSMTDG AQQALRRTME I YSKTTRFA ...文字列:
MEVEAVCGGA GEVEAQDSDP APAFSKAPGS AGHYELPWVE KYRPVKLNEI VGNEDTVSRL EVFAREGNVP NIIIAGPPGT GKTTSILCL ARALLGPALK DAMLELNASN DRGIDVVRNK IKMFAQQKVT LPKGRHKIII LDEADSMTDG AQQALRRTME I YSKTTRFA LACNASDKII EPIQSRCAVL RYTKLTDAQI LTRLMNVIEK ERVPYTDDGL EAIIFTAQGD MRQALNNLQS TF SGFGFIN SENVFKVCDE PHPLLVKEMI QHCVNANIDE AYKILAHLWH LGYSPEDIIG NIFRVCKTFQ MAEYLKLEFI KEI GYTHMK IAEGVNSLLQ MAGLLARLCQ KTMAPVAS

UniProtKB: Replication factor C subunit 2

+
分子 #3: Replication factor C subunit 5

分子名称: Replication factor C subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 38.545512 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: METSALKQQE QPAATKIRNL PWVEKYRPQT LNDLISHQDI LSTIQKFINE DRLPHLLLYG PPGTGKTSTI LACAKQLYKD KEFGSMVLE LNASDDRGID IIRGPILSFA STRTIFKKGF KLVILDEADA MTQDAQNALR RVIEKFTENT RFCLICNYLS K IIPALQSR ...文字列:
METSALKQQE QPAATKIRNL PWVEKYRPQT LNDLISHQDI LSTIQKFINE DRLPHLLLYG PPGTGKTSTI LACAKQLYKD KEFGSMVLE LNASDDRGID IIRGPILSFA STRTIFKKGF KLVILDEADA MTQDAQNALR RVIEKFTENT RFCLICNYLS K IIPALQSR CTRFRFGPLT PELMVPRLEH VVEEEKVDIS EDGMKALVTL SSGDMRRALN ILQSTNMAFG KVTEETVYTC TG HPLKSDI ANILDWMLNQ DFTTAYRNIT ELKTLKGLAL HDILTEIHLF VHRVDFPSSV RIHLLTKMAD IEYRLSVGTN EKI QLSSLI AAFQVTRDLI VAEA

UniProtKB: Replication factor C subunit 5

+
分子 #4: Replication factor C subunit 4

分子名称: Replication factor C subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 39.735711 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MQAFLKGTSI STKPPLTKDR GVAASAGSSG ENKKAKPVPW VEKYRPKCVD EVAFQEEVVA VLKKSLEGAD LPNLLFYGPP GTGKTSTIL AAARELFGPE LFRLRVLELN ASDERGIQVV REKVKNFAQL TVSGSRSDGK PCPPFKIVIL DEADSMTSAA Q AALRRTME ...文字列:
MQAFLKGTSI STKPPLTKDR GVAASAGSSG ENKKAKPVPW VEKYRPKCVD EVAFQEEVVA VLKKSLEGAD LPNLLFYGPP GTGKTSTIL AAARELFGPE LFRLRVLELN ASDERGIQVV REKVKNFAQL TVSGSRSDGK PCPPFKIVIL DEADSMTSAA Q AALRRTME KESKTTRFCL ICNYVSRIIE PLTSRCSKFR FKPLSDKIQQ QRLLDIAKKE NVKISDEGIA YLVKVSEGDL RK AITFLQS ATRLTGGKEI TEKVITDIAG VIPAEKIDGV FAACQSGSFD KLEAVVKDLI DEGHAATQLV NQLHDVVVEN NLS DKQKSI ITEKLAEVDK CLADGADEHL QLISLCATVM QQLSQNC

UniProtKB: Replication factor C subunit 4

+
分子 #5: Replication factor C subunit 3

分子名称: Replication factor C subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 詳細: -5: INITIATING METHIONINE -4 TO 0: EXPRESSION TAG / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 41.436258 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MHHHHHMSLW VDKYRPCSLG RLDYHKEQAA QLRNLVQCGD FPHLLVYGPS GAGKKTRIMC ILRELYGVGV EKLRIEHQTI TTPSKKKIE ISTIASNYHL EVNPSDAGNS DRVVIQEMLK TVAQSQQLET NSQRDFKVVL LTEVDKLTKD AQHALRRTME K YMSTCRLI ...文字列:
MHHHHHMSLW VDKYRPCSLG RLDYHKEQAA QLRNLVQCGD FPHLLVYGPS GAGKKTRIMC ILRELYGVGV EKLRIEHQTI TTPSKKKIE ISTIASNYHL EVNPSDAGNS DRVVIQEMLK TVAQSQQLET NSQRDFKVVL LTEVDKLTKD AQHALRRTME K YMSTCRLI LCCNSTSKVI PPIRSRCLAV RVPAPSIEDI CHVLSTVCKK EGLNLPSQLA HRLAEKSCRN LRKALLMCEA CR VQQYPFT ADQEIPETDW EVYLRETANA IVSQQTPQRL LEVRGRLYEL LTHCIPPEII MKGLLSELLH NCDGQLKGEV AQM AAYYEH RLQLGSKAIY HLEAFVAKFM ALYKKFMEDG LEGMMF

UniProtKB: Replication factor C subunit 3

+
分子 #6: Proliferating cell nuclear antigen

分子名称: Proliferating cell nuclear antigen / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 詳細: -5: INITIATING METHIONINE -4 TO 0: EXPRESSION TAG / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 29.617672 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MHHHHHMFEA RLVQGSILKK VLEALKDLIN EACWDISSSG VNLQSMDSSH VSLVQLTLRS EGFDTYRCDR NLAMGVNLTS MSKILKCAG NEDIITLRAE DNADTLALVF EAPNQEKVSD YEMKLMDLDV EQLGIPEQEY SCVVKMPSGE FARICRDLSH I GDAVVISC ...文字列:
MHHHHHMFEA RLVQGSILKK VLEALKDLIN EACWDISSSG VNLQSMDSSH VSLVQLTLRS EGFDTYRCDR NLAMGVNLTS MSKILKCAG NEDIITLRAE DNADTLALVF EAPNQEKVSD YEMKLMDLDV EQLGIPEQEY SCVVKMPSGE FARICRDLSH I GDAVVISC AKDGVKFSAS GELGNGNIKL SQTSNVDKEE EAVTIEMNEP VQLTFALRYL NFFTKATPLS STVTLSMSAD VP LVVEYKI ADMGHLKYYL APKIEDEEGS

UniProtKB: Proliferating cell nuclear antigen

+
分子 #7: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 3 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #8: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #9: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 1 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 50 mM Tris-HCl, 200 mM NaCl, 1 mM DTT
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
温度最低: 83.0 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6181 / 平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 46.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 3216167
CTF補正ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成使用したクラス数: 2 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0) / 使用した粒子像数: 602591
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6vvo


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-9iin:
Structure of CTF18-PCNA with ATP and Mg2+

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る