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- EMDB-60559: Ra9479 Bat ACE2 Dimer in Complex with Two BtKY72 Sarbecovirus Spi... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60559
タイトルRa9479 Bat ACE2 Dimer in Complex with Two BtKY72 Sarbecovirus Spike RBDs.
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Ra9479 Bat ACE2 Dimer in Complex with Two BtKY72 Sarbecovirus Spike RBDs.
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Angiotensin-converting enzyme
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードthe complex between sarbecovirus RBD and bACE2-dimer / VIRAL PROTEIN/HYDROLASE / VIRAL PROTEIN-HYDROLASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / peptidyl-dipeptidase activity / carboxypeptidase activity / metallopeptidase activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / cilium / apical plasma membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane ...加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / peptidyl-dipeptidase activity / carboxypeptidase activity / metallopeptidase activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / cilium / apical plasma membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / proteolysis / extracellular space / metal ion binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Collectrin domain / Renal amino acid transporter / Collectrin-like domain profile. / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / Angiotensin-converting enzyme / Peptidase family M2 domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Spike glycoprotein, betacoronavirus ...Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Collectrin domain / Renal amino acid transporter / Collectrin-like domain profile. / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / Angiotensin-converting enzyme / Peptidase family M2 domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein / Angiotensin-converting enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種BtKY72 (ウイルス) / Kenya bat coronavirus BtKY72 (ウイルス) / Rhinolophus affinis (ナカキクガシラコウモリ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Wang J / Xiong X
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
Other governmentSRPG22-002 中国
Other government2022A1515110495 中国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: SARS-related coronavirus S-protein structures reveal synergistic RBM interactions underpinning high-affinity human ACE2 binding.
著者: Jingjing Wang / Yong Ma / Zimu Li / Hang Yuan / Banghui Liu / Zexuan Li / Mengzhen Su / Gul Habib / Yutong Liu / Lutang Fu / Peiyi Wang / Mei Li / Jun He / Jing Chen / Peng Zhou / Zhengli Shi ...著者: Jingjing Wang / Yong Ma / Zimu Li / Hang Yuan / Banghui Liu / Zexuan Li / Mengzhen Su / Gul Habib / Yutong Liu / Lutang Fu / Peiyi Wang / Mei Li / Jun He / Jing Chen / Peng Zhou / Zhengli Shi / Xinwen Chen / Xiaoli Xiong /
要旨: High-affinity and specific binding toward the human angiotensin-converting enzyme 2 (hACE2) receptor by severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS)-related coronaviruses (SARSr-CoVs) remains ...High-affinity and specific binding toward the human angiotensin-converting enzyme 2 (hACE2) receptor by severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS)-related coronaviruses (SARSr-CoVs) remains incompletely understood. We report cryo-electron microscopy structures of eight different S-proteins from SARSr-CoVs found across Asia, Europe, and Africa. These S-proteins all adopt tightly packed, locked, prefusion conformations. These structures enable the classification of SARSr-CoV S-proteins into three types, based on their receptor-binding motif (RBM) structures and ACE2 binding characteristics. Type-2 S-proteins often preferentially bind bat ACE2 (bACE2) over hACE2. We report a structure of a type-2 BtKY72-RBD in complex with bACE2 to understand ACE2 specificity. Structure-guided mutagenesis of BtKY72-RBD reveals that multiple synergistic mutations in four different regions of RBM are required to achieve high-affinity hACE2 binding. Similar RBM changes can also confer hACE2 binding to another type-2 BM48-31 S-protein, which is primarily non-ACE2 binding. These results provide an understanding of how high-affinity hACE2 binding may be acquired by SARSr-CoV S-proteins.
履歴
登録2024年6月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月5日-
マップ公開2025年2月5日-
更新2025年6月18日-
現状2025年6月18日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_60559.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60559.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.73 Å/pix.
x 360 pix.
= 262.8 Å		0.73 Å/pix.
x 360 pix.
= 262.8 Å		0.73 Å/pix.
x 360 pix.
= 262.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.73 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.01
最小 - 最大-0.052547242 - 0.150777
平均 (標準偏差)0.0006816291 (±0.00474816)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 262.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_60559_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_60559_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ra9479 Bat ACE2 Dimer in Complex with Two BtKY72 Sarbecovirus Spi...

全体名称: Ra9479 Bat ACE2 Dimer in Complex with Two BtKY72 Sarbecovirus Spike RBDs.
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Ra9479 Bat ACE2 Dimer in Complex with Two BtKY72 Sarbecovirus Spike RBDs.
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Angiotensin-converting enzyme
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Ra9479 Bat ACE2 Dimer in Complex with Two BtKY72 Sarbecovirus Spi...

超分子名称: Ra9479 Bat ACE2 Dimer in Complex with Two BtKY72 Sarbecovirus Spike RBDs.
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: BtKY72 (ウイルス)

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分子 #1: Spike glycoprotein

分子名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Sequence reference for source organism Kenya bat coronavirus BtKY72 is not available in UniProt at the time of biocuration. Current sequence reference is from UniProt id A0A3Q8AKM0.
コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kenya bat coronavirus BtKY72 (ウイルス)
分子量理論値: 24.222271 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: RVSPSTEVVR FPNITNLCPF GQVFNASNFP SVYAWERLRI SDCVADYAVL YNSSSSFSTF KCYGVSPTKL NDLCFSSVYA DYFVVKGDD VRQIAPAQTG VIADYNYKLP DDFTGCVLAW NTNSVDSKSG NNFYYRLFRH GKIKPYERDI SNVLYNSAGG T CSSISQLG ...文字列:
RVSPSTEVVR FPNITNLCPF GQVFNASNFP SVYAWERLRI SDCVADYAVL YNSSSSFSTF KCYGVSPTKL NDLCFSSVYA DYFVVKGDD VRQIAPAQTG VIADYNYKLP DDFTGCVLAW NTNSVDSKSG NNFYYRLFRH GKIKPYERDI SNVLYNSAGG T CSSISQLG CYEPLKSYGF TPTVGVGYQP YRVVVLSFEL LNAPATVCGP KKSTELVKNK

UniProtKB: Spike glycoprotein

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分子 #2: Angiotensin-converting enzyme

分子名称: Angiotensin-converting enzyme / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: thrombin cleavage site His-tag / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素
由来(天然)生物種: Rhinolophus affinis (ナカキクガシラコウモリ)
分子量理論値: 86.143156 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSGSSWLLLS LVAVTAAQST TEDRAKIFLD NFNHEAEDLS YQSSLASWEY NTNISDENVQ KMDEAGAKWS AFYEEQSKLA KNYPLEEIQ TVPVKLQLQI LQQSGSPVLS EDKSKRLNSI LNAMSTIYST GKVCKPNNPQ ECFLLEPGLD NIMGTSKDYN E RLWAWEGW ...文字列:
MSGSSWLLLS LVAVTAAQST TEDRAKIFLD NFNHEAEDLS YQSSLASWEY NTNISDENVQ KMDEAGAKWS AFYEEQSKLA KNYPLEEIQ TVPVKLQLQI LQQSGSPVLS EDKSKRLNSI LNAMSTIYST GKVCKPNNPQ ECFLLEPGLD NIMGTSKDYN E RLWAWEGW RAEVGKQLRP LYEEYVVLKN EMARGYHYED YGDYWRRDYE TEESSGSGYS RDQLMKDVDR IFTEIKPLYE HL HAYVRTK LMDTYPFHIS PTGCLPAHLL GDMWGRFWTN LYPLTVPFGQ KPNIDVTDAM VNQGWDANRI FKEAEKFFVS VGL PNMTEG FWNNSMLTEP GDGRKVVCHP TAWDLGKGDF RIKMCTKVTM EDFLTAHHEM GHIQYDMAYA TQPYLLRNGA NEGF HEAVG EVMSLSVATP KHLKTMGLLS PDFLEDNETE INFLLKQALN IVGTLPFTYM LEKWRWMVFR GEIPKEEWMK KWWEM KRDL VGVVEPVPHD ETYCDPASLF HVANDYSFIR YYTRTIFEFQ FHEALCRIAQ HDGPLHKCDI SNSTDAGKKL HQMLSV GKS QPWTVTLKDI VDSRNMDVGP LLRYFEPLYT WLQEQNRKSH VGWNTDWSPY SDQSIKVRIS LKSALGEKAY EWNDNEM YL FRSSVAYAMR EYFSKKNQPI LFGVENVWVS NLKPRISFNF HVTSPGNVSD IIPRSEVEGA IRMSRSRIND AFRLDDNS L EFLGIQPTLG LVPRGSGHHH HHH

UniProtKB: Angiotensin-converting enzyme

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
137.0 mMNaClsodium chloride
2.7 mMKClpotassium chloride
10.0 mMNa2HPO4disodium hydrogen phosphate
1.8 mMKH2PO4potassium dihydrogen phosphate

詳細: 137 mM NaCl, 2.7 mM KCl, 10 mM Na2HPO4, and 1.8 mM KH2PO4.
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6m17

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 931804
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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