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万見
- EMDB-5939: Electron cryo-microscopy of the partially glycosylated gp80 form ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5939
タイトルElectron cryo-microscopy of the partially glycosylated gp80 form of the wild type furin precursor Env of Moloney murine leukemia virus
マップデータReconstruction of the partially glycosylated form (gp80) of the wild type furin precursor Env of Moloney murine leukemia virus
試料
  • 試料: Partially glycosylated form (gp80) of wild type furin precursor Env of Moloney murine leukemia virus
  • タンパク質・ペプチド: gp80
キーワードFurin precursor / Moloney murine leukemia virus / Env maturation / gp80
生物種Moloney murine leukemia virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 26.0 Å
データ登録者Sjoberg M / Wu SR / Loving R / Rantalainen K / Lindqvist B / Garoff H
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2014
タイトル: Furin cleavage of the Moloney murine leukemia virus Env precursor reorganizes the spike structure.
著者: Mathilda Sjöberg / Shang-Rung Wu / Robin Löving / Kimmo Rantalainen / Birgitta Lindqvist / Henrik Garoff /
要旨: The trimeric Moloney murine leukemia virus Env protein matures by two proteolytic cleavages. First, furin cleaves the Env precursor into the surface (SU) and transmembrane (TM) subunits in the cell ...The trimeric Moloney murine leukemia virus Env protein matures by two proteolytic cleavages. First, furin cleaves the Env precursor into the surface (SU) and transmembrane (TM) subunits in the cell and then the viral protease cleaves the R-peptide from TM in new virus. Here we analyzed the structure of the furin precursor, by cryoelectron microscopy. We transfected 293T cells with a furin cleavage site provirus mutant, R466G/K468G, and produced the virus in the presence of amprenavir to also inhibit the R-peptide cleavage. Although Env incorporation into particles was inhibited, enough precursor could be isolated and analyzed by cryoelectron microscopy to yield a 3D structure at 22 Å resolution. This showed an open cage-like structure like that of the R-peptide precursor and the mature Env described before. However, the middle protrusion of the protomeric unit, so prominently pointing out from the side of the more mature forms of the Env, was absent. Instead, there was extra density in the top protrusion. This suggested that the C-terminal SU domain was associated alongside the receptor binding N-terminal SU domain in the furin precursor. This was supported by mapping with a SU C-terminal domain-specific antigen binding fragment. We concluded that furin cleavage not only separates the subunits and liberates the fusion peptide at the end of TM but also allows the C-terminal domain to relocate into a peripheral position. This conformational change might explain how the C-terminal domain of SU gains the potential to undergo disulfide isomerization, an event that facilitates membrane fusion.
履歴
登録2014年3月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年4月9日-
マップ公開2014年4月9日-
更新2014年5月14日-
現状2014年5月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2.85
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2.85
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_5939.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5939.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 422.9 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of the partially glycosylated form (gp80) of the wild type furin precursor Env of Moloney murine leukemia virus
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.5 Å/pix.
x 48 pix.
= 168. Å		3.5 Å/pix.
x 48 pix.
= 168. Å		3.5 Å/pix.
x 48 pix.
= 168. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.5 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.85 / ムービー #1: 2.85
最小 - 最大-1.68456912 - 6.63817596
平均 (標準偏差)0.03410213 (±0.90336734)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-7-7-7
サイズ484848
Spacing484848
セルA=B=C: 168.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.53.53.5
M x/y/z484848
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z168.000168.000168.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ969680
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-7-7-7
NC/NR/NS484848
D min/max/mean-1.6856.6380.034

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Partially glycosylated form (gp80) of wild type furin precursor E...

全体名称: Partially glycosylated form (gp80) of wild type furin precursor Env of Moloney murine leukemia virus
要素
  • 試料: Partially glycosylated form (gp80) of wild type furin precursor Env of Moloney murine leukemia virus
  • タンパク質・ペプチド: gp80

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超分子 #1000: Partially glycosylated form (gp80) of wild type furin precursor E...

超分子名称: Partially glycosylated form (gp80) of wild type furin precursor Env of Moloney murine leukemia virus
タイプ: sample / ID: 1000
詳細: Affinity purified, gradient separated protein in 0.05% Triton X-100
集合状態: trimer / Number unique components: 1
分子量実験値: 500 KDa / 理論値: 270 KDa / 手法: Estimated from Blue native PAGE

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分子 #1: gp80

分子名称: gp80 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Partially glycosylated furin precursor / コピー数: 3 / 集合状態: Trimer / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Moloney murine leukemia virus (ウイルス)
分子量実験値: 500 KDa / 理論値: 270 KDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 50 mM HEPES, 100 mM NaCl, 1.8 mM CaCl2, pH 7.4
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: The specimen was stained with 2% uranyl acetate (UA).
グリッド詳細: 400 mesh holey carbon grid, glow discharged
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2100F
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected using online FFT.
日付2014年1月17日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 3.5 µm / 実像数: 30 / 平均電子線量: 9 e/Å2 / ビット/ピクセル: 14
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN
電子光学系倍率（補正後）: 43200 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.072 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.048 µm / 倍率（公称値）: 43200
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER

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画像解析

詳細The particles were selected using a semi-automatic selection program in EMAN.
CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 26.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN1, EMAN2
詳細: Final maps were calculated from a single dataset. The particles were selected using an automatic selection program. Damaged particles were removed by visual inspection.
使用した粒子像数: 1329
最終 角度割当詳細: EMAN
最終 2次元分類クラス数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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