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万見
- EMDB-5908: Cryo-EM structure of high salt treated immature 30S ribosomal sub... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5908
タイトルCryo-EM structure of high salt treated immature 30S ribosomal subunit from rsga and rbfa deleted E.coli strain
マップデータthe map is normalized to N(0,1)
試料
  • 試料: Cryo-EM structure of high salt treated immature 30S ribosomal subunit from rsga and rbfa deleted E.coli strain
  • 複合体: high salt treated immature 30S ribosomal subunit from rsga and rbfa deleted E.coli strain
キーワード30S subunit assembly / RsgA / RbfA / 17S rRNA processing
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 21.2 Å
データ登録者Yang Z / Guo Q / Goto S / Chen Y / Li N / Yan K / Zhang Y / Muto A / Deng H / Himeno H ...Yang Z / Guo Q / Goto S / Chen Y / Li N / Yan K / Zhang Y / Muto A / Deng H / Himeno H / Lei J / Gao N
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2014
タイトル: Structural insights into the assembly of the 30S ribosomal subunit in vivo: functional role of S5 and location of the 17S rRNA precursor sequence.
著者: Zhixiu Yang / Qiang Guo / Simon Goto / Yuling Chen / Ningning Li / Kaige Yan / Yixiao Zhang / Akira Muto / Haiteng Deng / Hyouta Himeno / Jianlin Lei / Ning Gao /
要旨: The in vivo assembly of ribosomal subunits is a highly complex process, with a tight coordination between protein assembly and rRNA maturation events, such as folding and processing of rRNA ...The in vivo assembly of ribosomal subunits is a highly complex process, with a tight coordination between protein assembly and rRNA maturation events, such as folding and processing of rRNA precursors, as well as modifications of selected bases. In the cell, a large number of factors are required to ensure the efficiency and fidelity of subunit production. Here we characterize the immature 30S subunits accumulated in a factor-null Escherichia coli strain (∆rsgA∆rbfA). The immature 30S subunits isolated with varying salt concentrations in the buffer system show interesting differences on both protein composition and structure. Specifically, intermediates derived under the two contrasting salt conditions (high and low) likely reflect two distinctive assembly stages, the relatively early and late stages of the 3' domain assembly, respectively. Detailed structural analysis demonstrates a mechanistic coupling between the maturation of the 5' end of the 17S rRNA and the assembly of the 30S head domain, and attributes a unique role of S5 in coordinating these two events. Furthermore, our structural results likely reveal the location of the unprocessed terminal sequences of the 17S rRNA, and suggest that the maturation events of the 17S rRNA could be employed as quality control mechanisms on subunit production and protein translation.
履歴
登録2014年2月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年3月12日-
マップ公開2014年4月9日-
更新2014年6月11日-
現状2014年6月11日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2.99
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 2.99
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_5908.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5908.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈the map is normalized to N(0,1)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.62 Å/pix.
x 126 pix.
= 330.12 Å		2.62 Å/pix.
x 126 pix.
= 330.12 Å		2.62 Å/pix.
x 126 pix.
= 330.12 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.62 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.99 / ムービー #1: 2.99
最小 - 最大-3.38685369 - 13.61461353
平均 (標準偏差)0.0 (±0.99999976)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-62-62-62
サイズ126126126
Spacing126126126
セルA=B=C: 330.12 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.622.622.62
M x/y/z126126126
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z330.120330.120330.120
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-95-75153
NX/NY/NZ200200200
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-62-62-62
NC/NR/NS126126126
D min/max/mean-3.38713.615-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of high salt treated immature 30S ribosomal sub...

全体名称: Cryo-EM structure of high salt treated immature 30S ribosomal subunit from rsga and rbfa deleted E.coli strain
要素
  • 試料: Cryo-EM structure of high salt treated immature 30S ribosomal subunit from rsga and rbfa deleted E.coli strain
  • 複合体: high salt treated immature 30S ribosomal subunit from rsga and rbfa deleted E.coli strain

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超分子 #1000: Cryo-EM structure of high salt treated immature 30S ribosomal sub...

超分子名称: Cryo-EM structure of high salt treated immature 30S ribosomal subunit from rsga and rbfa deleted E.coli strain
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1
分子量実験値: 800 KDa / 理論値: 800 KDa

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超分子 #1: high salt treated immature 30S ribosomal subunit from rsga and rb...

超分子名称: high salt treated immature 30S ribosomal subunit from rsga and rbfa deleted E.coli strain
タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: immature 30S / 組換発現: No / データベース: NCBI / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: SSU 30S
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: A19
分子量実験値: 800 KDa / 理論値: 800 KDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.8
詳細: 10mM Tris-HCl, 60mM NH4Cl,10mM MgCl2, 0.1mM EDTA,1mM DTT
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: grids were prepared with an FEI Vitrobot Mark IV
グリッド詳細: Quantifoil 2/4 grids were coated with carbon and glow discharged in a Harrick Plasma Cleaner for 30 seconds
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: blot for 1 second before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
日付2012年11月7日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / 平均電子線量: 20 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.82 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細this is a classification volume using RELION
CTF補正詳細: weiner filter
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 21.2 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: SPIDER / 使用した粒子像数: 7766

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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