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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5645 | |||||||||
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タイトル | Independent reconstruction of Mm-cpn cryo-EM density map from half dataset in the closed state (Training map) | |||||||||
マップデータ | Independent reconstruction of Mm-cpn cryo-EM density map from half dataset in the closed state (Training map) | |||||||||
試料 |
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キーワード | modeling / independent reconstruction / cryo-EM model validation | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Methanococcus maripaludis (古細菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å | |||||||||
データ登録者 | DiMaio F / Zhang J / Chiu W / Baker D | |||||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci / 年: 2013 タイトル: Cryo-EM model validation using independent map reconstructions. 著者: Frank DiMaio / Junjie Zhang / Wah Chiu / David Baker / 要旨: An increasing number of cryo-electron microscopy (cryo-EM) density maps are being generated with suitable resolution to trace the protein backbone and guide sidechain placement. Generating and ...An increasing number of cryo-electron microscopy (cryo-EM) density maps are being generated with suitable resolution to trace the protein backbone and guide sidechain placement. Generating and evaluating atomic models based on such maps would be greatly facilitated by independent validation metrics for assessing the fit of the models to the data. We describe such a metric based on the fit of atomic models with independent test maps from single particle reconstructions not used in model refinement. The metric provides a means to determine the proper balance between the fit to the density and model energy and stereochemistry during refinement, and is likely to be useful in determining values of model building and refinement metaparameters quite generally. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_5645.map.gz | 25 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-5645-v30.xml emd-5645.xml | 9.7 KB 9.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_5645_1.jpg | 174.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5645 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5645 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_5645_validation.pdf.gz | 379 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_5645_full_validation.pdf.gz | 378.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_5645_validation.xml.gz | 5.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5645 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5645 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_5645.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 26.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Independent reconstruction of Mm-cpn cryo-EM density map from half dataset in the closed state (Training map) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Mm-cpn with 1mM ATP/AlFx
全体 | 名称: Mm-cpn with 1mM ATP/AlFx |
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要素 |
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-超分子 #1000: Mm-cpn with 1mM ATP/AlFx
超分子 | 名称: Mm-cpn with 1mM ATP/AlFx / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: 16-mer / Number unique components: 1 |
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分子量 | 実験値: 960 KDa / 理論値: 960 KDa |
-分子 #1: chaperonin
分子 | 名称: chaperonin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Mm-cpn / コピー数: 16 / 集合状態: 16-mer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Methanococcus maripaludis (古細菌) |
分子量 | 実験値: 960 KDa / 理論値: 960 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 手法: Blot once for 3 seconds. |
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-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 3200FSC |
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温度 | 平均: 100 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: in-column omega filter エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 10.0 eV |
日付 | 2008年2月29日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN (4k x 4k) 平均電子線量: 20 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 112000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 4.1 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 80000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: side-entry / 試料ホルダーモデル: JEOL 3200FSC CRYOHOLDER |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: Each micrograph |
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最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN / 使用した粒子像数: 22571 |