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万見
- EMDB-5603: Substrate-specific structural rearrangements of human Dicer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5603
タイトルSubstrate-specific structural rearrangements of human Dicer
マップデータZernike phase-contrast cryo-EM reconstruction of Dicer-pre-let7
試料
  • 試料: Human Dicer in complex with pre-let7
  • タンパク質・ペプチド: Endoribonuclease Dicer
  • Other: pre-let7
キーワードRNA-mediated gene silencing / pre-miRNA processing / RNaseIII
機能・相同性
機能・相同性情報


peripheral nervous system myelin formation / global gene silencing by mRNA cleavage / pre-miRNA binding / negative regulation of Schwann cell proliferation / tRNA-derived small RNA (tsRNA or tRNA-related fragment, tRF) biogenesis / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / apoptotic DNA fragmentation / tRNA decay / ribonuclease III / deoxyribonuclease I activity ...peripheral nervous system myelin formation / global gene silencing by mRNA cleavage / pre-miRNA binding / negative regulation of Schwann cell proliferation / tRNA-derived small RNA (tsRNA or tRNA-related fragment, tRF) biogenesis / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / apoptotic DNA fragmentation / tRNA decay / ribonuclease III / deoxyribonuclease I activity / positive regulation of Schwann cell differentiation / nerve development / RISC-loading complex / positive regulation of myelination / miRNA metabolic process / RISC complex assembly / miRNA processing / ribonuclease III activity / pre-miRNA processing / siRNA processing / siRNA binding / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / RISC complex / MicroRNA (miRNA) biogenesis / negative regulation of tumor necrosis factor production / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / neuron projection morphogenesis / RNA endonuclease activity / helicase activity / double-stranded RNA binding / protein domain specific binding / negative regulation of gene expression / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / extracellular exosome / ATP binding / metal ion binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Dicer, double-stranded RNA-binding domain / : / Dicer, partner-binding domain / Dicer, dsRNA-binding domain / : / Dicer, platform domain / Dicer dimerisation domain / Dicer dimerisation domain / Dicer dimerisation domain superfamily ...: / Dicer, double-stranded RNA-binding domain / : / Dicer, partner-binding domain / Dicer, dsRNA-binding domain / : / Dicer, platform domain / Dicer dimerisation domain / Dicer dimerisation domain / Dicer dimerisation domain superfamily / Dicer dimerisation domain / Dicer double-stranded RNA-binding fold domain profile. / Ribonuclease III family signature. / Ribonuclease III domain / Ribonuclease III family domain profile. / Ribonuclease III family / Ribonuclease III domain / Ribonuclease III domain / PAZ domain superfamily / PAZ / PAZ domain / PAZ domain profile. / PAZ domain / PAZ domain / Double-stranded RNA binding motif / Ribonuclease III, endonuclease domain superfamily / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / Double-stranded RNA-binding domain / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Endoribonuclease Dicer
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 31.0 Å
データ登録者Taylor DW / Ma E / Shigematsu H / Cianfrocco MA / Noland CL / Nagayama K / Nogales E / Doudna JA / Wang HW
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2013
タイトル: Substrate-specific structural rearrangements of human Dicer.
著者: David W Taylor / Enbo Ma / Hideki Shigematsu / Michael A Cianfrocco / Cameron L Noland / Kuniaki Nagayama / Eva Nogales / Jennifer A Doudna / Hong-Wei Wang /
要旨: Dicer has a central role in RNA-interference pathways by cleaving double-stranded RNAs (dsRNAs) to produce small regulatory RNAs. Human Dicer can process long double-stranded and hairpin precursor ...Dicer has a central role in RNA-interference pathways by cleaving double-stranded RNAs (dsRNAs) to produce small regulatory RNAs. Human Dicer can process long double-stranded and hairpin precursor RNAs to yield short interfering RNAs (siRNAs) and microRNAs (miRNAs), respectively. Previous studies have shown that pre-miRNAs are cleaved more rapidly than pre-siRNAs in vitro and are the predominant natural Dicer substrates. We have used EM and single-particle analysis of Dicer-RNA complexes to gain insight into the structural basis for human Dicer's substrate preference. Our studies show that Dicer traps pre-siRNAs in a nonproductive conformation, whereas interactions of Dicer with pre-miRNAs and dsRNA-binding proteins induce structural changes in the enzyme that enable productive substrate recognition in the central catalytic channel. These findings implicate RNA structure and cofactors in determining substrate recognition and processing efficiency by human Dicer.
履歴
登録2013年3月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年3月20日-
マップ公開2013年5月1日-
更新2013年6月19日-
現状2013年6月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2.95
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2.95
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5603.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5603.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Zernike phase-contrast cryo-EM reconstruction of Dicer-pre-let7
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.07 Å/pix.
x 90 pix.
= 276.3 Å		3.07 Å/pix.
x 90 pix.
= 276.3 Å		3.07 Å/pix.
x 90 pix.
= 276.3 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.95 / ムービー #1: 2.95
最小 - 最大-3.64101529 - 15.15398693
平均 (標準偏差)0.0 (±0.99999934)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ909090
Spacing909090
セルA=B=C: 276.3 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.073.073.07
M x/y/z909090
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z276.300276.300276.300
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-132-122-147
NX/NY/NZ250274261
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS909090
D min/max/mean-3.64115.1540.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human Dicer in complex with pre-let7

全体名称: Human Dicer in complex with pre-let7
要素
  • 試料: Human Dicer in complex with pre-let7
  • タンパク質・ペプチド: Endoribonuclease Dicer
  • Other: pre-let7

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超分子 #1000: Human Dicer in complex with pre-let7

超分子名称: Human Dicer in complex with pre-let7 / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: monomer / Number unique components: 2
分子量理論値: 250 KDa

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分子 #1: Endoribonuclease Dicer

分子名称: Endoribonuclease Dicer / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Dicer, Helicase with RNase motif / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量理論値: 220 KDa
配列UniProtKB: Endoribonuclease Dicer / GO: pre-miRNA processing
InterPro: Ribonuclease III domain, PAZ domain, Helicase, C-terminal, Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain, Double-stranded RNA-binding domain, INTERPRO: IPR001159, DEAD/DEAH box helicase ...InterPro: Ribonuclease III domain, PAZ domain, Helicase, C-terminal, Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain, Double-stranded RNA-binding domain, INTERPRO: IPR001159, DEAD/DEAH box helicase domain, Dicer dimerisation domain

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分子 #2: pre-let7

分子名称: pre-let7 / タイプ: other / ID: 2 / 分類: OTHER_NA / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: No
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量理論値: 24 KDa
配列文字列:
UGAGGUAGUA GGUUGUAUAG UUUUAGGGUC ACACCCACCA CUGGGAGAUA ACUAUACAAU CUACUGUCUU ACC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.05 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
詳細: 20 mM HEPES, pH 7.5, 150 mM KCl, 3 mM EDTA, 1 mM DTT, and 2.5% glycerol
グリッド詳細: glow-discharged Quantifoil R 1.2/1.3 MO 200 mesh holey carbon grids
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
手法: The samples were automatically blotted for 4-5 s at -2.5 mm offset before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 3100FFC
温度最低: 45 K / 最高: 60 K / 平均: 55 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: JEOL
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV
日付2010年1月10日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN (2k x 2k)
実像数: 800 / 平均電子線量: 20 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 100000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 3.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.0 µm / 倍率（公称値）: 60000
試料ステージ試料ホルダー: Liquid helium cooled stage maintained at 55 K
試料ホルダーモデル: JEOL

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画像解析

CTF補正詳細: each micrograph
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 31.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN2/SPARX / 使用した粒子像数: 4100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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