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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5594 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of short shafted adenovirus type 5 complexed with factor VII | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of adenovirus type 5 modified to have a short shafted fiber with coagulation factor VII bound | |||||||||
試料 |
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キーワード | Adenovirus / coagulation factor VII / innate immunity | |||||||||
生物種 | Human adenovirus 5 (ヒトアデノウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Irons EE / Flatt JW / Doronin K / Fox TL / Sumida JP / Acchione M / Stewart PL / Shayakhmetov DM | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Virol / 年: 2013 タイトル: Coagulation factor binding orientation and dimerization may influence infectivity of adenovirus-coagulation factor complexes. 著者: Eric E Irons / Justin W Flatt / Konstantin Doronin / Tara L Fox / Mauro Acchione / Phoebe L Stewart / Dmitry M Shayakhmetov / 要旨: Adenoviruses (Ads) are promising vectors for therapeutic interventions in humans. When injected into the bloodstream, Ad vectors can bind several vitamin K-dependent blood coagulation factors, which ...Adenoviruses (Ads) are promising vectors for therapeutic interventions in humans. When injected into the bloodstream, Ad vectors can bind several vitamin K-dependent blood coagulation factors, which contributes to virus sequestration in the liver by facilitating transduction of hepatocytes. Although both coagulation factors FVII and FX bind the hexon protein of human Ad serotype 5 (HAdv5) with a very high affinity, only FX appears to play a role in mediating Ad-hepatocyte transduction in vivo. To understand the discrepancy between efficacy of FVII binding to hexon and its apparently poor capacity for supporting virus cell entry, we analyzed the HAdv5-FVII complex by using high-resolution cryo-electron microscopy (cryo-EM) followed by molecular dynamic flexible fitting (MDFF) simulations. The results indicate that although hexon amino acids T423, E424, and T425, identified earlier as critical for FX binding, are also involved in mediating binding of FVII, the FVII GLA domain sits within the surface-exposed hexon trimer depression in a different orientation from that found for FX. Furthermore, we found that when bound to hexon, two proximal FVII molecules interact via their serine protease (SP) domains and bury potential heparan sulfate proteoglycan (HSPG) receptor binding residues within the dimer interface. In contrast, earlier cryo-EM studies of the Ad-FX interaction showed no evidence of dimer formation. Dimerization of FVII bound to Ad may be a contributing mechanistic factor for the differential infectivity of Ad-FX and Ad-FVII complexes, despite high-affinity binding of both these coagulation factors to the virus. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_5594.map.gz | 230.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-5594-v30.xml emd-5594.xml | 10.3 KB 10.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_5594.tif | 205.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5594 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5594 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_5594_validation.pdf.gz | 78.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_5594_full_validation.pdf.gz | 77.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_5594_validation.xml.gz | 493 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5594 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5594 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_5594.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 976.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of adenovirus type 5 modified to have a short shafted fiber with coagulation factor VII bound | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.25 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Human zymogen coagulation factor VII bound to human adenovirus ty...
全体 | 名称: Human zymogen coagulation factor VII bound to human adenovirus type 5 from species C. The virus has been modified to contain a short shafted fiber. |
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要素 |
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-超分子 #1000: Human zymogen coagulation factor VII bound to human adenovirus ty...
超分子 | 名称: Human zymogen coagulation factor VII bound to human adenovirus type 5 from species C. The virus has been modified to contain a short shafted fiber. タイプ: sample / ID: 1000 集合状態: 240 factor VII molecules bind to one Ad virion Number unique components: 2 |
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分子量 | 理論値: 164 MDa |
-超分子 #1: Human adenovirus 5
超分子 | 名称: Human adenovirus 5 / タイプ: virus / ID: 1 / NCBI-ID: 28285 / 生物種: Human adenovirus 5 / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES |
ウイルス殻 | Shell ID: 2 / 名称: hexon capsid / 直径: 920 Å / T番号(三角分割数): 25 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.6 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.6 / 詳細: 50mM Tris, 150mM NaCl, 2mM CaCl2, 2mM MgCl2 |
グリッド | 詳細: Quantifoil R2/4 holey carbon grids, glow discharged |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 30 % / チャンバー内温度: 90 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 手法: Blot for 6 seconds before plunging |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 300,000 times magnification Legacy - Electron beam tilt params: 0 |
詳細 | Low dose |
日付 | 2010年11月14日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 実像数: 1503 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 400000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.26 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.1 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 310000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: OTHER |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | The particles were selected with an in-house script and processed using Frealign. |
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CTF補正 | 詳細: Each particle |
最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Frealign / 使用した粒子像数: 837 |