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万見
- EMDB-5494: Cryo-EM structure of short shafted adenovirus type 5 complexed wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5494
タイトルCryo-EM structure of short shafted adenovirus type 5 complexed with factor X
マップデータReconstruction of Ad5 with short fiber in complex with factor X
試料
  • 試料: Complex of Ad5-short-fiber with factor X
  • ウイルス: Human adenovirus 5 (ヒトアデノウイルス)
キーワードshort shafted adenovirus type 5 / factor X / cryo-EM structure determination
生物種Human adenovirus 5 (ヒトアデノウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11.1 Å
データ登録者Doronin K / Flatt JW / Di Paolo NC / Khare R / Kalyuzhniy O / Acchione M / Sumida JP / Ohto U / Shimizu T / Akashi-Takamura S ...Doronin K / Flatt JW / Di Paolo NC / Khare R / Kalyuzhniy O / Acchione M / Sumida JP / Ohto U / Shimizu T / Akashi-Takamura S / Miyake K / MacDonald JW / Bammler TK / Beyer RP / Farin FM / Stewart PL / Shayakhmetov DM
引用ジャーナル: Science / 年: 2012
タイトル: Coagulation factor X activates innate immunity to human species C adenovirus.
著者: Konstantin Doronin / Justin W Flatt / Nelson C Di Paolo / Reeti Khare / Oleksandr Kalyuzhniy / Mauro Acchione / John P Sumida / Umeharu Ohto / Toshiyuki Shimizu / Sachiko Akashi-Takamura / ...著者: Konstantin Doronin / Justin W Flatt / Nelson C Di Paolo / Reeti Khare / Oleksandr Kalyuzhniy / Mauro Acchione / John P Sumida / Umeharu Ohto / Toshiyuki Shimizu / Sachiko Akashi-Takamura / Kensuke Miyake / James W MacDonald / Theo K Bammler / Richard P Beyer / Frederico M Farin / Phoebe L Stewart / Dmitry M Shayakhmetov /
要旨: Although coagulation factors play a role in host defense for "living fossils" such as horseshoe crabs, the role of the coagulation system in immunity in higher organisms remains unclear. We modeled ...Although coagulation factors play a role in host defense for "living fossils" such as horseshoe crabs, the role of the coagulation system in immunity in higher organisms remains unclear. We modeled the interface of human species C adenovirus (HAdv) interaction with coagulation factor X (FX) and introduced a mutation that abrogated formation of the HAdv-FX complex. In vivo genome-wide transcriptional profiling revealed that FX-binding-ablated virus failed to activate a distinct network of nuclear factor κB-dependent early-response genes that are activated by HAdv-FX complex downstream of TLR4/MyD88/TRIF/TRAF6 signaling. Our study implicates host factor "decoration" of the virus as a mechanism to trigger an innate immune sensor that responds to a misplacement of coagulation FX from the blood into intracellular macrophage compartments upon virus entry into the cell.
履歴
登録2012年9月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年9月26日-
マップ公開2012年10月24日-
更新2012年11月21日-
現状2012年11月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.995
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.995
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5494.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5494.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 976.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of Ad5 with short fiber in complex with factor X
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.25 Å/pix.
x 640 pix.
= 1440. Å		2.25 Å/pix.
x 640 pix.
= 1440. Å		2.25 Å/pix.
x 640 pix.
= 1440. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.25 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.995 / ムービー #1: 0.995
最小 - 最大0.82250977 - 1.2732873
平均 (標準偏差)0.98747128 (±0.0360664)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-320-320-320
サイズ640640640
Spacing640640640
セルA=B=C: 1440.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.252.252.25
M x/y/z640640640
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1440.0001440.0001440.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-5029166
NX/NY/NZ106122134
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-320-320-320
NC/NR/NS640640640
D min/max/mean0.8231.2730.987

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Complex of Ad5-short-fiber with factor X

全体名称: Complex of Ad5-short-fiber with factor X
要素
  • 試料: Complex of Ad5-short-fiber with factor X
  • ウイルス: Human adenovirus 5 (ヒトアデノウイルス)

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超分子 #1000: Complex of Ad5-short-fiber with factor X

超分子名称: Complex of Ad5-short-fiber with factor X / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: 240 factor X molecules bind to one Ad virion / Number unique components: 2
分子量理論値: 164 MDa

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超分子 #1: Human adenovirus 5

超分子名称: Human adenovirus 5 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: Human adenovirus type 5 with short fiber / NCBI-ID: 28285 / 生物種: Human adenovirus 5 / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: Human adenovirus type 5 with short fiber
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES
分子量理論値: 150 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Capsid / 直径: 1170 Å / T番号(三角分割数): 25

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.6 mg/mL
緩衝液pH: 7.6 / 詳細: 50mM Tris, 150mM NaCl, 2mM CaCl2, 2mM MgCl2
グリッド詳細: Quantifoil R2/4 holey carbon grids, glow discharged
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 30 % / チャンバー内温度: 90 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 手法: Blot for 6 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
温度平均: 90 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 300,000 times magnification
Legacy - Electron beam tilt params: 0
詳細Low dose
日付2010年11月12日
撮影カテゴリ: FILM
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
デジタル化 - スキャナー: OTHER / デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 実像数: 1101 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 400000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.26 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.1 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 310000
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The particles were selected with an in-house script and processed using Frealign
CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 11.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Frealign / 使用した粒子像数: 520

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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