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万見
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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5524
タイトルA pseudoatomic model of the COPII cage obtained from cryo-electron microscopy and mass spectrometry
マップデータReconstruction of the Sec13/31 COPII cage
試料
  • 試料: Oligomeric assembly of Sec13/31
  • タンパク質・ペプチド: Sec13R
  • タンパク質・ペプチド: Sec31L1
キーワードSec13 Sec31 COPII
機能・相同性COPII vesicle coat / intracellular protein transport / WD40 repeat
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12.0 Å
データ登録者Noble AJ / Zhang Q / O'Donnell J / Hariri H / Bhattacharya N / Marshall AG / Stagg SM
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2013
タイトル: A pseudoatomic model of the COPII cage obtained from cryo-electron microscopy and mass spectrometry.
著者: Alex J Noble / Qian Zhang / Jason O'Donnell / Hanaa Hariri / Nilakshee Bhattacharya / Alan G Marshall / Scott M Stagg /
要旨: COPII vesicles transport proteins from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus. Previous COPII-cage cryo-EM structures lacked the resolution necessary to determine the residues of Sec13 and ...COPII vesicles transport proteins from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus. Previous COPII-cage cryo-EM structures lacked the resolution necessary to determine the residues of Sec13 and Sec31 that mediate assembly and flexibility of the COPII cage. Here we present a 12-Å structure of the human COPII cage, where the tertiary structure of Sec13 and Sec31 is clearly identifiable. We employ this structure and a homology model of the Sec13-Sec31 complex to create a reliable pseudoatomic model of the COPII cage. We combined this model with hydrogen/deuterium-exchange MS analysis to characterize four distinct contact regions at the vertices of the COPII cage. Furthermore, we found that the two-fold symmetry of the Sec31 dimeric region in Sec13-Sec31 is broken upon cage formation and that the resulting hinge is essential to form the proper edge geometry in COPII cages.
履歴
登録2012年10月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年11月21日-
マップ公開2013年5月22日-
更新2013年5月22日-
現状2013年5月22日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5524_1.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5524.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 89 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of the Sec13/31 COPII cage
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.78 Å/pix.
x 288 pix.
= 800.64 Å		2.78 Å/pix.
x 288 pix.
= 800.64 Å		2.78 Å/pix.
x 288 pix.
= 800.64 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.78 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.1 / ムービー #1: 1.1
最小 - 最大-1.19492173 - 2.95227885
平均 (標準偏差)-0.00631789 (±0.25620237)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-144-144-144
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 800.64 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.782.782.78
M x/y/z288288288
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z800.640800.640800.640
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-5029166
NX/NY/NZ106122134
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-144-144-144
NC/NR/NS288288288
D min/max/mean-1.1952.952-0.006

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Oligomeric assembly of Sec13/31

全体名称: Oligomeric assembly of Sec13/31
要素
  • 試料: Oligomeric assembly of Sec13/31
  • タンパク質・ペプチド: Sec13R
  • タンパク質・ペプチド: Sec31L1

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超分子 #1000: Oligomeric assembly of Sec13/31

超分子名称: Oligomeric assembly of Sec13/31 / タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: Each Sec13/31 heterotetramer consists of two Sec13s and two Sec31s.
Number unique components: 2
分子量理論値: 8.08 MDa

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分子 #1: Sec13R

分子名称: Sec13R / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: SEC13 / コピー数: 2 / 集合状態: Heterotetramer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞中の位置: cytosol
分子量理論値: 35.4 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 組換プラスミド: pFastBac Dual
配列GO: intracellular protein transport / InterPro: WD40 repeat

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分子 #2: Sec31L1

分子名称: Sec31L1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: SEC31 / コピー数: 2 / 集合状態: Heterotetramer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞中の位置: cytosol
分子量理論値: 133 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 組換プラスミド: pFastBAC Dual
配列GO: COPII vesicle coat / InterPro: WD40 repeat

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
詳細: 20 mM Tris-Cl, pH 7.5, 700 mM KOAc, 1 mM MgOAc, 10 mM DTT
グリッド詳細: Quantifoil R2/1 grids plasma cleaned for 8 s
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 93 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
手法: Add 3ul of sample onto Quantifoil R2/1 grids and plasma clean for 8s using a Gatan Solarus plasma cleaner.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度平均: 94 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 120,000 times magnification
日付2011年6月24日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
実像数: 5052 / 平均電子線量: 15 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 37000
試料ステージ試料ホルダー: liquid nitrogen cooled
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The particles were selected automatically using template matching.
CTF補正詳細: phase flip of each particle
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 12.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN, Spider
詳細: Later refinements used proc3d's automask2 option to mask out densities internal to the Sec13/31 cage.
使用した粒子像数: 23404
最終 2次元分類クラス数: 756

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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