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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5487 | |||||||||
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タイトル | Rotavirus VP6 protein | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of rotavirus VP6 coat protein using the DE-12 direct electron detector without movie frame alignment. Icosahedral and 13-fold non-icosahedral averaging was applied. | |||||||||
試料 |
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キーワード | virus coat protein | |||||||||
生物種 | Rotavirus (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Campbell MG / Cheng A / Brilot AF / Moeller A / Lyumkis D / Veesler D / Pan J / Harrison SC / Potter CS / Carragher B / Grigorieff N | |||||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2012 タイトル: Movies of ice-embedded particles enhance resolution in electron cryo-microscopy. 著者: Melody G Campbell / Anchi Cheng / Axel F Brilot / Arne Moeller / Dmitry Lyumkis / David Veesler / Junhua Pan / Stephen C Harrison / Clinton S Potter / Bridget Carragher / Nikolaus Grigorieff / 要旨: Low-dose images obtained by electron cryo-microscopy (cryo-EM) are often affected by blurring caused by sample motion during electron beam exposure, degrading signal especially at high resolution. We ...Low-dose images obtained by electron cryo-microscopy (cryo-EM) are often affected by blurring caused by sample motion during electron beam exposure, degrading signal especially at high resolution. We show here that we can align frames of movies, recorded with a direct electron detector during beam exposure of rotavirus double-layered particles, thereby greatly reducing image blurring caused by beam-induced motion and sample stage instabilities. This procedure increases the efficiency of cryo-EM imaging and enhances the resolution obtained in three-dimensional reconstructions of the particle. Using movies in this way is generally applicable to all cryo-EM samples and should also improve the performance of midrange electron microscopes that may have limited mechanical stability and beam coherence. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_5487.map.gz | 1.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-5487-v30.xml emd-5487.xml | 10.6 KB 10.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_5487_1.png | 195.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5487 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5487 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_5487_validation.pdf.gz | 78.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_5487_full_validation.pdf.gz | 77.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_5487_validation.xml.gz | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5487 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5487 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_5487.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of rotavirus VP6 coat protein using the DE-12 direct electron detector without movie frame alignment. Icosahedral and 13-fold non-icosahedral averaging was applied. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.424 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Rotavirus VP6 coat protein
全体 | 名称: Rotavirus VP6 coat protein |
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要素 |
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-超分子 #1000: Rotavirus VP6 coat protein
超分子 | 名称: Rotavirus VP6 coat protein / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was monodisperse / 集合状態: Trimer of VP6 / Number unique components: 1 |
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分子量 | 理論値: 41 KDa |
-分子 #1: VP6
分子 | 名称: VP6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 集合状態: Trimer / 組換発現: No / データベース: NCBI |
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由来(天然) | 生物種: Rotavirus (ウイルス) / 別称: Rotavirus |
分子量 | 理論値: 41 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
グリッド | 詳細: 1.2-1.3 C-flat |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 85 % / チャンバー内温度: 120 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II / 手法: Blot for 7 seconds before plunging |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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日付 | 2011年11月28日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-12 (4k x 3k) デジタル化 - サンプリング間隔: 6 µm / 実像数: 501 / 平均電子線量: 32 e/Å2 / 詳細: Movies recorded at 25 frames/second |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 42135 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | Manual particle selection, refinement using Frealign. |
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CTF補正 | 詳細: Each particle |
最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Frealign, Uppsala_package 詳細: 13-fold non-icosahedral averaging was applied to the final map 使用した粒子像数: 807 |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - #0 - Chain ID: C / Chain - #1 - Chain ID: D / Chain - #2 - Chain ID: E |
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ソフトウェア | 名称: Chimera |
詳細 | Protocol: Rigid body |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient |