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- EMDB-53974: FusA (ferredoxin receptor from Pectobacterium atrosepticum) in th... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-53974
タイトルFusA (ferredoxin receptor from Pectobacterium atrosepticum) in the presence of Ra-LPS
マップデータMasked postprocessed map, generated in RELION
試料
  • 複合体: FusA protein in complex with Ra-LPS lipid solubilised in LDAO micelles
    • タンパク質・ペプチド: Ferredoxin receptor
キーワードouter membrane protein / transmembrane beta-barrel / tonb-dependent transporter / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性TonB-dependent receptor, plug domain superfamily / TonB-dependent receptor, plug domain / TonB-dependent Receptor Plug Domain / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel domain superfamily / cell outer membrane / TonB-dependent receptor plug domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Pectobacterium atrosepticum SCRI1043 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Machin JM / Ranson NA
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom) 英国
引用ジャーナル: J Struct Biol X / 年: 2025
タイトル: The structure of the bacterial outer membrane transporter FusA enabled by addition of the native lipid lipopolysaccharide
著者: Machin JM / Mosbahi K / Prakaash D / Radford SE / Walker D / Kalli AC / Ranson NA
履歴
登録2025年6月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月3日-
マップ公開2025年12月3日-
更新2025年12月3日-
現状2025年12月3日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_53974.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_53974.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Masked postprocessed map, generated in RELION
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.91 Å/pix.
x 400 pix.
= 364. Å		0.91 Å/pix.
x 400 pix.
= 364. Å		0.91 Å/pix.
x 400 pix.
= 364. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.91 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.28
最小 - 最大-0.6306091 - 1.3565966
平均 (標準偏差)0.00040494246 (±0.014714975)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 364.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_53974_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Tightly masked map for resolving fine detail in...

ファイルemd_53974_additional_1.map
注釈Tightly masked map for resolving fine detail in the core of the protein. Used to make closeups in Figure 3. Postprocessed in RELION.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unmasked postprocessed map, generated in RELION

ファイルemd_53974_additional_2.map
注釈Unmasked postprocessed map, generated in RELION
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map 2, generated in cryoSPARC Non-Uniform refine

ファイルemd_53974_half_map_1.map
注釈Half-map 2, generated in cryoSPARC Non-Uniform refine
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map 1, generated in cryoSPARC Non-Uniform refine

ファイルemd_53974_half_map_2.map
注釈Half-map 1, generated in cryoSPARC Non-Uniform refine
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : FusA protein in complex with Ra-LPS lipid solubilised in LDAO micelles

全体名称: FusA protein in complex with Ra-LPS lipid solubilised in LDAO micelles
要素
  • 複合体: FusA protein in complex with Ra-LPS lipid solubilised in LDAO micelles
    • タンパク質・ペプチド: Ferredoxin receptor

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超分子 #1: FusA protein in complex with Ra-LPS lipid solubilised in LDAO micelles

超分子名称: FusA protein in complex with Ra-LPS lipid solubilised in LDAO micelles
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: FusA protein in complex with Ra-LPS lipid solubilised in LDAO micelles. Ra-LPS added into micelles following purification
由来(天然)生物種: Pectobacterium atrosepticum SCRI1043 (バクテリア)

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分子 #1: Ferredoxin receptor

分子名称: Ferredoxin receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pectobacterium atrosepticum SCRI1043 (バクテリア)
分子量理論値: 97.786562 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MQQNDTSADE NQQKNNAESE EEQQGDSSSG NSEDTILVRS TPTSQSMGMQ IINAEQIKKM PTGNGSVTE LLKNNPNVQF SNTASSSNIP GELAPENVSF HGEKFYNNNF MVDGLSNNNN INPGANNGEL NQQPDGYSPA D LPAGGPQS ...文字列:
MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MQQNDTSADE NQQKNNAESE EEQQGDSSSG NSEDTILVRS TPTSQSMGMQ IINAEQIKKM PTGNGSVTE LLKNNPNVQF SNTASSSNIP GELAPENVSF HGEKFYNNNF MVDGLSNNNN INPGANNGEL NQQPDGYSPA D LPAGGPQS FWINSELIES LEVFDSNISA KYGDFTGGVV DAKTMDPKLD KSSGKISYRT TRDSWTKYHI SEVISEEFYS GT NLYYQPK FKKHFYSATF NQPLSDKAGF IFAYNRQQSD IPYYHEYLQQ WDDQERINET YLLKGTYLTD SGDIIRMTGM YSP HESKFY KKDVKNGGFT NSGGGYRFNM EWEHNASWGK MTSLAGYQYT EDKTEHEADS YQTWRRFSSG FVSNVIDWSS SGGA NGQNS NIGGYGSFAT NTSSFSLKQD YELNPVSWYG INHQIDFGWE TDFYTSRYRR FSDVYTGGVL VVPTGASAGS VVCQS GDEL CIPGEQYSRT RILYPERNVQ VSNVNYAAYL QNSMSYGRLE VTPGVRVSYD DFLENLNIAP RFSASYDVFG DRSTRL FGG ANRYYAGNIL AYKMRQGIGS NIQESRISPT APWTTPTLRT GTNYNVSDLN TPYSDELSLG LSQRVMSTVW TAKWVNR QG KEQFGRETTT IDGQSYRVMN NKGHTEGNTF SLEVEPISPH RFSFAEVNWK LGASVTKNKS NSIYYYDSAN QDEQRVIF D DKLMYRGDID AMNFNTPWRA FLNVNTYFPA VRLSWDQRVG YTAGYKGYTT SSIQVQCPGG SSACNGDPSF VGGATEYFP TQYDDFISYD WRFSYSQPVY KTQTLDITLD VLNVLDNVVE TNQTGTSNKP IVIYKPGRQF WLGVAYTW

UniProtKB: TonB-dependent receptor plug domain-containing protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度10 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 0.2% LDAO, 20 mM Tris-Cl (pH 8.0), 150 mM NaCl
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 4 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris / エネルギーフィルター - スリット幅: 5 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
平均電子線量: 47.1 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 30.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 9.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 754778
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF
ソフトウェア: (名称: RELION (ver. 4.0), cryoSPARC (ver. 3))
使用した粒子像数: 84061
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 詳細: Via cryoSPARC Non-Uniform refinement
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4zgv


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
詳細Isolde and phenix real-space refine
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-9rhr:
FusA (ferredoxin receptor from Pectobacterium atrosepticum) in the presence of Ra-LPS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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