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万見
- EMDB-5387: Structure of the Fab-Labeled 'Breathing' State of Native Poliovirus -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5387
タイトルStructure of the Fab-Labeled 'Breathing' State of Native Poliovirus
マップデータStructure of the Fab-Labeled 'Breathing' State of Native Poliovirus
試料
  • 試料: Poliovirus 160S particle at 37 degrees C, Fab complex
  • ウイルス: Human poliovirus 1 Mahoney (ポリオウイルス)
キーワードreversible conformational change / picornavirus / viral cell entry / virus-Fab complex / virus-antibody complex
生物種Human poliovirus 1 Mahoney (ポリオウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 25.0 Å
データ登録者Lin J / Lee L / Roivainen M / Filman DJ / Hogle JM / Belnap DM
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2012
タイトル: Structure of the Fab-labeled "breathing" state of native poliovirus.
著者: Jun Lin / Lily Y Lee / Merja Roivainen / David J Filman / James M Hogle / David M Belnap /
要旨: At 37°C, the structure of poliovirus is dynamic, and internal polypeptides VP4 and N terminus of VP1 (residues 1 to 53) externalize reversibly. An Fab fragment of a monospecific antibody, which ...At 37°C, the structure of poliovirus is dynamic, and internal polypeptides VP4 and N terminus of VP1 (residues 1 to 53) externalize reversibly. An Fab fragment of a monospecific antibody, which binds to residues 39 to 55 of VP1, was utilized to locate the N termini of VP1 in native (160S) particles in this "breathing" state. Fab and virus were mixed and imaged via cryogenic electron microscopy. The resulting reconstruction showed the capsid expands similarly to the irreversibly altered cell entry intermediate (135S) particle, but the N terminus of VP1 is located near the 2-fold axes, instead of the "propeller tip" as in 135S particles.
履歴
登録2012年1月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年2月13日-
マップ公開2013年2月13日-
更新2013年2月13日-
現状2013年2月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 5.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 5.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5387_1.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5387.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 70.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structure of the Fab-Labeled 'Breathing' State of Native Poliovirus
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.63 Å/pix.
x 267 pix.
= 435.21 Å		1.63 Å/pix.
x 267 pix.
= 435.21 Å		1.63 Å/pix.
x 267 pix.
= 435.21 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.63 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 5.3 / ムービー #1: 5.3
最小 - 最大-16.280876159999998 - 48.292263030000001
平均 (標準偏差)5.32685471 (±12.5979147)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-133-133-133
サイズ267267267
Spacing267267267
セルA=B=C: 435.21 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.631.631.63
M x/y/z267267267
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z435.210435.210435.210
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-62-62-62
NX/NY/NZ125125125
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-133-133-133
NC/NR/NS267267267
D min/max/mean-16.28148.2925.327

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Poliovirus 160S particle at 37 degrees C, Fab complex

全体名称: Poliovirus 160S particle at 37 degrees C, Fab complex
要素
  • 試料: Poliovirus 160S particle at 37 degrees C, Fab complex
  • ウイルス: Human poliovirus 1 Mahoney (ポリオウイルス)

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超分子 #1000: Poliovirus 160S particle at 37 degrees C, Fab complex

超分子名称: Poliovirus 160S particle at 37 degrees C, Fab complex
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: 160S particle icosahedral with Fab / Number unique components: 2

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超分子 #1: Human poliovirus 1 Mahoney

超分子名称: Human poliovirus 1 Mahoney / タイプ: virus / ID: 1
Name.synonym: Poliovirus type 1 (strain Mahoney), human poliovirus 1 strain Mahoney
NCBI-ID: 12081 / 生物種: Human poliovirus 1 Mahoney / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
Syn species name: Poliovirus type 1 (strain Mahoney), human poliovirus 1 strain Mahoney
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES
ウイルス殻Shell ID: 1 / T番号(三角分割数): 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 20 mM Tris, 2 mM CaCl2
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK III

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
アライメント法Legacy - 非点収差: Bsoft
日付2007年10月1日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000
デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 7 / 平均電子線量: 10 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 39000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.037 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.395 µm / 倍率（公称値）: 39000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: CTF and decay correct
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EM3DR2 / 使用した粒子像数: 137

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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