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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5382 | |||||||||
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タイトル | Marine Bacteriophage SIO-2 with T12 symmetry (Mature Capsid) | |||||||||
マップデータ | Mature SIO-2 phage | |||||||||
試料 |
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キーワード | Marine Bacteriophage / Phage / Virus / Decoration Proteins / Ig-like | |||||||||
生物種 | Vibrio phage SIO-2 (ファージ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Lander GC / Baudoux AC / Azam F / Potter CS / Carragher B / Johnson JE | |||||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2012 タイトル: Capsomer dynamics and stabilization in the T = 12 marine bacteriophage SIO-2 and its procapsid studied by CryoEM. 著者: Gabriel C Lander / Anne-Claire Baudoux / Farooq Azam / Clinton S Potter / Bridget Carragher / John E Johnson / 要旨: We report the subnanometer cryo-electron microscopy (cryoEM) reconstruction of a marine siphovirus, the Vibrio phage SIO-2. This phage is lytic for related Vibrio species with significant ecological ...We report the subnanometer cryo-electron microscopy (cryoEM) reconstruction of a marine siphovirus, the Vibrio phage SIO-2. This phage is lytic for related Vibrio species with significant ecological importance, including the broadly antagonistic bacterium Vibrio sp. SWAT3. The three-dimensional structure of the 800 Å SIO-2, icosahedrally averaged head of the tailed particle revealed a T = 12 quasi-symmetry not previously described in a bacteriophage. Two morphologically distinct types of auxiliary proteins were also identified; one species bound to the surface of hexamers, and the other bound to pentamers. The secondary structure, evident in the electron density, shows that the major capsid protein has the HK97-like fold. The three-dimensional structure of the procapsid form, also presented here, has no "decoration" proteins and reveals a capsomer organization due to the constraints of the T = 12 symmetry. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_5382.map.gz | 132.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-5382-v30.xml emd-5382.xml | 10 KB 10 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_5382_1.jpg | 361.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5382 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5382 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_5382_validation.pdf.gz | 78.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_5382_full_validation.pdf.gz | 77.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_5382_validation.xml.gz | 493 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5382 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5382 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_5382.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 412 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Mature SIO-2 phage | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.95 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Marine Phage SIO-2
全体 | 名称: Marine Phage SIO-2 |
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要素 |
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-超分子 #1000: Marine Phage SIO-2
超分子 | 名称: Marine Phage SIO-2 / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: phage are tailed / 集合状態: mature capsid / Number unique components: 1 |
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分子量 | 実験値: 50 MDa / 手法: Sedimentation |
-超分子 #1: Vibrio phage SIO-2
超分子 | 名称: Vibrio phage SIO-2 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: SIO-2 / NCBI-ID: 700512 / 生物種: Vibrio phage SIO-2 / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: SIO-2 |
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宿主 | 生物種: Vibrio sp. SWAT-3 / 別称: BACTERIA(EUBACTERIA) |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: gene84 / 直径: 800 Å / T番号(三角分割数): 12 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | 詳細: 100 kDa-filtered autoclaved seawater |
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グリッド | 詳細: 200 mesh Cu grid |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 78 K / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot / 手法: blot for 4 seconds before plunging |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI 20 |
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温度 | 最低: 78 K / 最高: 78 K / 平均: 78 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 210K times magnification |
詳細 | Collected using Leginon software |
日付 | 2009年6月13日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F415 (4k x 4k) デジタル化 - サンプリング間隔: 0.975 µm / 実像数: 6628 / 平均電子線量: 30 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 80000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 倍率(公称値): 80000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Gatan CT3500 / 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC |
-画像解析
詳細 | particles automatically selected and manually edited |
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CTF補正 | 詳細: whole micrograph |
最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN and Frealign / 使用した粒子像数: 20983 |