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万見
- EMDB-5375: Direct electron detection yields cryo-EM reconstructions at resol... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5375
タイトルDirect electron detection yields cryo-EM reconstructions at resolutions beyond .75 Nyquist frequency
マップデータIcosahedral reconstruction of bacteriophage P22
試料
  • 試料: Bacteriophage P22 procapsid
  • ウイルス: Enterobacteria phage P22 (ファージ)
キーワードCryo-EM / Electron cryo-microscopy / Direct detection device / Active pixel sensor / CMOS detector / Nyquist frequency
生物種Enterobacteria phage P22 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.5 Å
データ登録者Bammes BE / Rochat RH / Jakana J / Chen D / Chiu W
引用ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2012
タイトル: Direct electron detection yields cryo-EM reconstructions at resolutions beyond 3/4 Nyquist frequency.
著者: Benjamin E Bammes / Ryan H Rochat / Joanita Jakana / Dong-Hua Chen / Wah Chiu /
要旨: One limitation in electron cryo-microscopy (cryo-EM) is the inability to recover high-resolution signal from the image-recording media at the full-resolution limit of the transmission electron ...One limitation in electron cryo-microscopy (cryo-EM) is the inability to recover high-resolution signal from the image-recording media at the full-resolution limit of the transmission electron microscope. Direct electron detection using CMOS-based sensors for digitally recording images has the potential to alleviate this shortcoming. Here, we report a practical performance evaluation of a Direct Detection Device (DDD®) for biological cryo-EM at two different microscope voltages: 200 and 300 kV. Our DDD images of amorphous and graphitized carbon show strong per-pixel contrast with image resolution near the theoretical sampling limit of the data. Single-particle reconstructions of two frozen-hydrated bacteriophages, P22 and ε15, establish that the DDD is capable of recording usable signal for 3D reconstructions at about 4/5 of the Nyquist frequency, which is a vast improvement over the performance of conventional imaging media. We anticipate the unparalleled performance of this digital recording device will dramatically benefit cryo-EM for routine tomographic and single-particle structural determination of biological specimens.
履歴
登録2011年12月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年1月26日-
マップ公開2012年10月24日-
更新2012年10月24日-
現状2012年10月24日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5375_1.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5375.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 210.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Icosahedral reconstruction of bacteriophage P22
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.48 Å/pix.
x 384 pix.
= 1336.32 Å		3.48 Å/pix.
x 384 pix.
= 1336.32 Å		3.48 Å/pix.
x 384 pix.
= 1336.32 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.48 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.8 / ムービー #1: 0.8
最小 - 最大-0.99926412 - 1.86862397
平均 (標準偏差)0.0 (±0.18091138)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-128-128-128
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 1336.3201 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.483.483.48
M x/y/z384384384
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1336.3201336.3201336.320
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-62-62-62
NX/NY/NZ125125125
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-128-128-128
NC/NR/NS384384384
D min/max/mean-0.9991.869-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Bacteriophage P22 procapsid

全体名称: Bacteriophage P22 procapsid
要素
  • 試料: Bacteriophage P22 procapsid
  • ウイルス: Enterobacteria phage P22 (ファージ)

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超分子 #1000: Bacteriophage P22 procapsid

超分子名称: Bacteriophage P22 procapsid / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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超分子 #1: Enterobacteria phage P22

超分子名称: Enterobacteria phage P22 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: P22 / NCBI-ID: 10754 / 生物種: Enterobacteria phage P22 / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes / Syn species name: P22
宿主生物種: Salmonella (サルモネラ菌) / 別称: BACTERIA(EUBACTERIA)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Procapsid / 直径: 525 Å / T番号(三角分割数): 7

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.6 / 詳細: 50 mM Tris pH 7.6, 25 mM NaCl, 2mM EDTA
グリッド詳細: 400 mesh copper grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 170 K / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot / 手法: Blot for 2 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2010F
温度最低: 100 K / 最高: 100 K / 平均: 100 K
アライメント法Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification
日付2010年6月10日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-12 (4k x 3k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 6 µm / 実像数: 200 / 平均電子線量: 17 e/Å2
詳細: Images were collected on a CMOS type detector DE-12 from Direct Electron
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 17200 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 15000
試料ステージ試料ホルダー: Side Entry / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

CTF補正詳細: Each Micrograph
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: MPSA
詳細: Resolution was calculated to be 8.5 Angstroms at 0.5 FSC and 7.3 Angstroms at 0.143 FSC as compared against the 3.8 Angstrom reconstruction of P22.
使用した粒子像数: 7500

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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