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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5377 | |||||||||
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タイトル | Direct electron detection yields cryo-EM reconstructions at resolutions beyond .75 Nyquist frequency | |||||||||
マップデータ | Icosahedral reconstruction of bacteriophage epsilon 15 | |||||||||
試料 |
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キーワード | Cryo-EM / Electron cryo-microscopy / Direct detection device / Active pixel sensor / CMOS detector / Nyquist frequency | |||||||||
生物種 | Salmonella phage epsilon15 (ファージ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Bammes BE / Rochat RH / Jakana J / Chen D / Chiu W | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2012 タイトル: Direct electron detection yields cryo-EM reconstructions at resolutions beyond 3/4 Nyquist frequency. 著者: Benjamin E Bammes / Ryan H Rochat / Joanita Jakana / Dong-Hua Chen / Wah Chiu / 要旨: One limitation in electron cryo-microscopy (cryo-EM) is the inability to recover high-resolution signal from the image-recording media at the full-resolution limit of the transmission electron ...One limitation in electron cryo-microscopy (cryo-EM) is the inability to recover high-resolution signal from the image-recording media at the full-resolution limit of the transmission electron microscope. Direct electron detection using CMOS-based sensors for digitally recording images has the potential to alleviate this shortcoming. Here, we report a practical performance evaluation of a Direct Detection Device (DDD®) for biological cryo-EM at two different microscope voltages: 200 and 300 kV. Our DDD images of amorphous and graphitized carbon show strong per-pixel contrast with image resolution near the theoretical sampling limit of the data. Single-particle reconstructions of two frozen-hydrated bacteriophages, P22 and ε15, establish that the DDD is capable of recording usable signal for 3D reconstructions at about 4/5 of the Nyquist frequency, which is a vast improvement over the performance of conventional imaging media. We anticipate the unparalleled performance of this digital recording device will dramatically benefit cryo-EM for routine tomographic and single-particle structural determination of biological specimens. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_5377.map.gz | 112.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-5377-v30.xml emd-5377.xml | 10.4 KB 10.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_5377_1.jpg | 110.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5377 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5377 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_5377_validation.pdf.gz | 78.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_5377_full_validation.pdf.gz | 77.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_5377_validation.xml.gz | 493 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5377 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5377 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_5377.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 122.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Icosahedral reconstruction of bacteriophage epsilon 15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.04 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Bacteriophage Epsilon-15
全体 | 名称: Bacteriophage Epsilon-15 |
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要素 |
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-超分子 #1000: Bacteriophage Epsilon-15
超分子 | 名称: Bacteriophage Epsilon-15 / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: Sample was vitrified / Number unique components: 1 |
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-超分子 #1: Salmonella phage epsilon15
超分子 | 名称: Salmonella phage epsilon15 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: Epsilon 15 / NCBI-ID: 215158 / 生物種: Salmonella phage epsilon15 / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: Epsilon 15 |
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宿主 | 生物種: Salmonella (サルモネラ菌) / 別称: BACTERIA(EUBACTERIA) |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: capsid / 直径: 700 Å / T番号(三角分割数): 7 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | 詳細: 400 mesh copper grid |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 170 K / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot / 手法: Blot for 1.5 seconds before plunging |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 3200FSC |
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温度 | 最低: 100 K / 最高: 100 K / 平均: 100 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 400,000 times magnification |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: Omega エネルギーフィルター - エネルギー下限: 15.0 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV |
日付 | 2010年3月6日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-12 (4k x 3k) デジタル化 - サンプリング間隔: 6 µm / 実像数: 75 / 平均電子線量: 20 e/Å2 詳細: Digital images were collected on a CMOS type direct electron detection device DE-12 from Direct Electron |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 20800 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 4.1 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm / 倍率(公称値): 20000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: JEOL 3200FSC CRYOHOLDER |
-画像解析
詳細 | Grids were coated in thin carbon before applying sample |
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CTF補正 | 詳細: Each Micrograph |
最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: MPSA 詳細: Resolution was calculated at 7.9 Angstroms by the 0.5 FSC criterion and 6.8 Angstroms by the 0.143 FSC criterion both in comparison with the previously published 4.5 Angstrom resolution reconstruction. 使用した粒子像数: 1380 |