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- EMDB-3406: Eilat virus/Chikungunya virus chimeric vaccine candidate -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3406
タイトルEilat virus/Chikungunya virus chimeric vaccine candidate
マップデータIcosahedral reconstruction of virion of EILV/CHIKV chimera
試料
  • 試料: Icosahedral reconstruction of virion of EILV/CHIKV chimera
  • ウイルス: Eilat virus/Chikungunya virus chimera
キーワードalphavirus / virion / Togaviridae / vaccine
生物種Eilat virus/Chikungunya virus chimera
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.85 Å
データ登録者Kaelber JT / Erasmus JH / Kim DY / Frolov I / Nasar F / Weaver SC / Chiu W
引用ジャーナル: Nat Med / 年: 2017
タイトル: A chikungunya fever vaccine utilizing an insect-specific virus platform.
著者: Jesse H Erasmus / Albert J Auguste / Jason T Kaelber / Huanle Luo / Shannan L Rossi / Karla Fenton / Grace Leal / Dal Y Kim / Wah Chiu / Tian Wang / Ilya Frolov / Farooq Nasar / Scott C Weaver /
要旨: Traditionally, vaccine development involves tradeoffs between immunogenicity and safety. Live-attenuated vaccines typically offer rapid and durable immunity but have reduced safety when compared to ...Traditionally, vaccine development involves tradeoffs between immunogenicity and safety. Live-attenuated vaccines typically offer rapid and durable immunity but have reduced safety when compared to inactivated vaccines. In contrast, the inability of inactivated vaccines to replicate enhances safety at the expense of immunogenicity, often necessitating multiple doses and boosters. To overcome these tradeoffs, we developed the insect-specific alphavirus, Eilat virus (EILV), as a vaccine platform. To address the chikungunya fever (CHIKF) pandemic, we used an EILV cDNA clone to design a chimeric virus containing the chikungunya virus (CHIKV) structural proteins. The recombinant EILV/CHIKV was structurally identical at 10 Å to wild-type CHIKV, as determined by single-particle cryo-electron microscopy, and it mimicked the early stages of CHIKV replication in vertebrate cells from attachment and entry to viral RNA delivery. Yet the recombinant virus remained completely defective for productive replication, providing a high degree of safety. A single dose of EILV/CHIKV produced in mosquito cells elicited rapid (within 4 d) and long-lasting (>290 d) neutralizing antibodies that provided complete protection in two different mouse models. In nonhuman primates, EILV/CHIKV elicited rapid and robust immunity that protected against viremia and telemetrically monitored fever. Our EILV platform represents the first structurally native application of an insect-specific virus in preclinical vaccine development and highlights the potential application of such viruses in vaccinology.
履歴
登録2016年4月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年5月4日-
マップ公開2017年2月1日-
更新2017年7月26日-
現状2017年7月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.25
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.25
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3406.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3406.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 210.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Icosahedral reconstruction of virion of EILV/CHIKV chimera
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.97 Å/pix.
x 384 pix.
= 756.48 Å		1.97 Å/pix.
x 384 pix.
= 756.48 Å		1.97 Å/pix.
x 384 pix.
= 756.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.97 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.25 / ムービー #1: 0.25
最小 - 最大-0.74064136 - 1.54598391
平均 (標準偏差)-0.0071753 (±0.23466673)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-192-192-192
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 756.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.971.971.97
M x/y/z384384384
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z756.480756.480756.480
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-192-192-192
NC/NR/NS384384384
D min/max/mean-0.7411.546-0.007

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Icosahedral reconstruction of virion of EILV/CHIKV chimera

全体名称: Icosahedral reconstruction of virion of EILV/CHIKV chimera
要素
  • 試料: Icosahedral reconstruction of virion of EILV/CHIKV chimera
  • ウイルス: Eilat virus/Chikungunya virus chimera

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超分子 #1000: Icosahedral reconstruction of virion of EILV/CHIKV chimera

超分子名称: Icosahedral reconstruction of virion of EILV/CHIKV chimera
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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超分子 #1: Eilat virus/Chikungunya virus chimera

超分子名称: Eilat virus/Chikungunya virus chimera / タイプ: virus / ID: 1
詳細: Contains structural proteins from Chikungunya strain 99659 isolated from the British Virgin Islands.
生物種: Eilat virus/Chikungunya virus chimera / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Aedes albopictus (ヒトスジシマカ) / 別称: INVERTEBRATES
ウイルス殻Shell ID: 1 / T番号(三角分割数): 4

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8 / 詳細: 10mM Tris-HCl 1mM EDTA 100mM NaCl
グリッド詳細: 200 mesh Quantifoil
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: Blot for 2 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 3200FSC
温度平均: 94.9 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: Omega filter
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 25.0 eV
日付2014年10月17日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-20 (5k x 3k)
実像数: 348 / 平均電子線量: 60 e/Å2
詳細: 2s exposure at 16 frames per second. Movie corrected for motion and specimen damage with DE_process_frames.py written by Ben Bammes of Direct Electron, L.P.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 32487 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 4.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 30000
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL 3200FSC CRYOHOLDER

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画像解析

詳細Refined in independent halves starting from an initial model derived from low-resolution imaging on a JEM2010F
CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.85 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: MPSA, EMAN2
詳細: Boxing and CTF correction using EMAN2. Alignment and reconstruction using MPSA. Post-processing using EMAN2.
使用した粒子像数: 13455
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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