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基本情報
| 登録情報 | ![]() | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| タイトル | Cryo-EM structure of the C. elegans UBR4/KCMF1 complex (C-term dimer interface focused refinement) | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Ubiquitin ligase / protein quality control / LIGASE | |||||||||
| 機能・相同性 | 機能・相同性情報regulation of signaling / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Neutrophil degranulation / synaptic signaling / regulation of cell communication / RING-type E3 ubiquitin transferase / DNA replication / synapse / DNA binding / zinc ion binding ...regulation of signaling / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Neutrophil degranulation / synaptic signaling / regulation of cell communication / RING-type E3 ubiquitin transferase / DNA replication / synapse / DNA binding / zinc ion binding / nucleus / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
| 生物種 | ![]() | |||||||||
| 手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Grabarczyk DB / Clausen T | |||||||||
| 資金援助 | オーストリア, European Union, 2件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2025タイトル: Architecture of the UBR4 complex, a giant E4 ligase central to eukaryotic protein quality control. 著者: Daniel B Grabarczyk / Julian F Ehrmann / Paul Murphy / Woo Seok Yang / Robert Kurzbauer / Lillie E Bell / Luiza Deszcz / Jana Neuhold / Alexander Schleiffer / Alexandra Shulkina / Juyeon Lee ...著者: Daniel B Grabarczyk / Julian F Ehrmann / Paul Murphy / Woo Seok Yang / Robert Kurzbauer / Lillie E Bell / Luiza Deszcz / Jana Neuhold / Alexander Schleiffer / Alexandra Shulkina / Juyeon Lee / Jin Seok Shin / Anton Meinhart / Gijs A Versteeg / Eszter Zavodszky / Hyun Kyu Song / Ramanujan S Hegde / Tim Clausen / ![]() 要旨: Eukaryotic cells have evolved sophisticated quality control mechanisms to eliminate aggregation-prone proteins that compromise cellular health. Central to this defense is the ubiquitin-proteasome ...Eukaryotic cells have evolved sophisticated quality control mechanisms to eliminate aggregation-prone proteins that compromise cellular health. Central to this defense is the ubiquitin-proteasome system, where UBR4 acts as an essential E4 ubiquitin ligase, amplifying degradation marks on defective proteins. Cryo-electron microscopy analysis of UBR4 in complex with its cofactors KCMF1 and CALM1 reveals a massive 1.3-megadalton ring structure, featuring a central substrate-binding arena and flexibly attached catalytic units. Our structure shows how UBR4 binds substrate and extends lysine-48-specific ubiquitin chains. Efficient substrate targeting depends on both preubiquitination and specific N-degrons, with KCMF1 acting as a key substrate filter. The architecture of the E4 megacomplex is conserved across eukaryotes, but species-specific adaptations allow UBR4 to perform its precisely tuned quality control function in diverse cellular environments. | |||||||||
| 履歴 |
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構造の表示
| 添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
| マップデータ | emd_53433.map.gz | 198.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
|---|---|---|---|---|
| ヘッダ (付随情報) | emd-53433-v30.xml emd-53433.xml | 23.6 KB 23.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
| FSC (解像度算出) | emd_53433_fsc.xml | 13.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
| 画像 | emd_53433.png | 32.1 KB | ||
| マスクデータ | emd_53433_msk_1.map | 216 MB | マスクマップ | |
| Filedesc metadata | emd-53433.cif.gz | 9.3 KB | ||
| その他 | emd_53433_half_map_1.map.gz emd_53433_half_map_2.map.gz | 170.7 MB 170.5 MB | ||
| アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-53433 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-53433 | HTTPS FTP |
-検証レポート
| 文書・要旨 | emd_53433_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
|---|---|---|---|---|
| 文書・詳細版 | emd_53433_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
| XML形式データ | emd_53433_validation.xml.gz | 20.8 KB | 表示 | |
| CIF形式データ | emd_53433_validation.cif.gz | 27.8 KB | 表示 | |
| アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-53433 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-53433 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
| 関連構造データ | ![]() 9qx1MC ![]() 9jniC ![]() 9lgsC ![]() 9qt9C ![]() 9qwsC ![]() 9qwuC ![]() 9qwxC ![]() 9qwzC ![]() 9qx0C ![]() 9qx2C ![]() 9qx5C ![]() 9upzC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
|---|---|
| 類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 F&H 検索 |
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リンク
| EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
|---|---|
| 「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
| ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_53433.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| 投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.268 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 密度 |
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| 対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
| ファイル | emd_53433_msk_1.map | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 投影像・断面図 |
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| 密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
| ファイル | emd_53433_half_map_1.map | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 投影像・断面図 |
| ||||||||||||
| 密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
| ファイル | emd_53433_half_map_2.map | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 投影像・断面図 |
| ||||||||||||
| 密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : C. elegans UBR4/KCMF1 complex
| 全体 | 名称: C. elegans UBR4/KCMF1 complex |
|---|---|
| 要素 |
|
-超分子 #1: C. elegans UBR4/KCMF1 complex
| 超分子 | 名称: C. elegans UBR4/KCMF1 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: UBR-type domain-containing protein
| 分子 | 名称: UBR-type domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: ![]() |
| 分子量 | 理論値: 488.244844 KDa |
| 組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
| 配列 | 文字列: MDPRETAIGL VRYVTENAAK DFDGESIAAI IYRLRVVENY VSSDVDIICE AMRILIKKLV NLPPITFSPD VWMPIMTSIT EGAIEPQWR IMMESIDISK FSSTSSNFVH MDSITASSTK CSEQITSICK GFALEFGLTR RLFSAIWNTD LEETARKMMN Q EWDSVKID ...文字列: MDPRETAIGL VRYVTENAAK DFDGESIAAI IYRLRVVENY VSSDVDIICE AMRILIKKLV NLPPITFSPD VWMPIMTSIT EGAIEPQWR IMMESIDISK FSSTSSNFVH MDSITASSTK CSEQITSICK GFALEFGLTR RLFSAIWNTD LEETARKMMN Q EWDSVKID SSPDSAKQAA GLIEKSIFDL FSEMKDHETF ANELYYAALA RILNNSRRLQ ENKKPAIQDS EDISFYESSL HI YDELIKK LWPHLSKKDP NVKKNTLIIF EKLISLSPTD VLVQRITEKF IDSCEWLKIS GEEICTSMEP RLWKIVGSLV SRI LDLKKT IPYEIVSYAI AVHITQEVTL ASPEVSDCGP DSFDSTCDQP SNMKERFLRH MVDSYFQTRS SLLSIIQFLR TAKS SEEIV QFMRVFYPEL VFGNETLITH AAIEMLRESA SHHSIKADDF ISIVLSVIDA PAIVRIIDVI SCIKDEKVRK EAVEK TIIR MANDLEDEDQ KREGYVNHLH ENGSFWNDIA KYADASILDK AGKRFVEVSV DSMDIRSSVL ATDIFLTILK LKLTSE AER EPESCVICNV SYSNIKIDLE KWNKMGNILV ECNMVKRSKS EALPLFTIHQ LENIDLPMRD LVYVVTQMKF LDTKEGM EL HRKFYDGLPG VNVIFEKFMS KSHKIELCMK LLDEFAKIIA INEKSLIFSL DHENILDWLE EIGVLDSPQI TEKLVDIC F SIEVWDVLTL LQLDGPECHY WDLQMFGRFW KTSLMDLLDE KMMKKVNEKM GSILKEQYDK QSHVAKATRE KRSNGKFPN RPKVADWEEQ LLLMHNRIAG HLTKKKVEDF ADESTQKFTW LLGVCSGQMS YKKEVAVDAE KILSRLYPDA EKRNEVLYHF GVSSILKGL DRPRGKLSLH ILFMQIYLDL VQIDSKSWKI DDSVQKLSRR LGGFNEWLMI VDEEKREDDG GFRIYIVLNL S HYFWELLE GCKASQVVDA HAILKIRKFA EVLASILDKI TFWPNPKLHA YYYIAQFLEP LETIFHFPEI AEQNRKVIES FF KQLFDKL LEQKYQEGLL QDTKLIIQKT DKYLSSSLNL FNEYNTQEPS KIYPVNEIFS LFCRYGSENV HLYCLKMIKK SLQ TLASNI LEHEHILKGE VCIETELQKR LVCDAVLLTE FFGYFSCIYA QVSENQPSEH DDVAKAFMLL DSDIHLKTKS RKRS TQNSV AVGSHRHQTA ENMDLNFCTY KSTGRAYVTQ HWYNCYTCNM MESEGVCSVC AINCHRGHDL AYSKKGSFFC DCGEK KCGA MQGIYHLPNS MYSLRGQLPE KNGDKTLPKI RNVFEHRFEN LNSNCCDELK SALNDVQEEF KEVQDDLEQI LEAVDF ANQ KALQVTEERL AVLESFNDMD DVIISEKEKF IEPLESGHFL PTRRDDLPVQ ELRVASSQHK IRELSDIIKL DDGTELL VL IPESIQTCLQ LHYMDTRTNL IQGMHALRTE TEQIPFNARS LHVSGNRLVV CGQYEFFALR FSPQGDVIDR AHIKLLEN G ASSSMNNNPV VRAKFCREIE SDKRRRQLIA VATMQYIRIY DLTLHETNFV EEMVLPAGNV EDVEIINQED GNVRILVLS SSGYLYEHNI SVFNAENNSI FLTNVVNTPG MDMNGDGVSL HYSSTFNLLF VSLENGAFVA QLPEPTGNST APIYDWKHLN IKNPVDAWK ETSGIIACLS TNCNHQVNYF HPTVGKILLQ KTSVKRSIMT YFLMTSAKNQ SVYSVLIYPN VPTCEIWETS W NNVHDLWI DDVPTERYAV EVVEQKSTQI PIDRDELVLL AEQCEQIRTV DWNCREIGMF YTHEELNNRL SSSDSLPITL IQ QTHFKLS ARITNFRQIV RMIRVEVEGN TGPEYLKIGT TRYSISSRGP KTFDLRLSRE ESLALDHRDI TIEVIPRSNQ NRV TLKSLR LLGCDRSAMD EIQPRYERQP ILTNSNKLVY SILEFATLSG LEWAGNMAKK HLSRKLNHPA VCSVSTRAIV KCHP SVDEE LFKIIDGAYL QEWKALIDWT ESEGFGEMRL HHVEQLLDRM EAVRTRWPYF VKSLKREFGT VTSFVELMRN EMKRM PLHR CQMMAQAIVK IVFGLLSNGT NEAEQLIHVF LNIFTDQDTY HLANDMRSAV QETISRFENA LKEEKKLMVE HENMDK ESV LRIKNYGFSP FYGAPRIIAK TPESMLIAKI AETIPIDSEE NFKWLEQLIS MILEKLTRSN STVTWQNLSD SPSYNLS RV LASCLAICDP VIIRNHFSRL IHIIKYDVEK IFPMSEKSYS NYSLLRSVEL LLFVCLEKRG DESKENQEML DSIVHDLQ A VGIRNLCLKI LEKVIPHWKD RGPSTFSRNS AESRKVWLPH VPLVSSSANP PNTSIMNWPS TSEDSYIIAC TDLILLIPQ HLQELDRRKS VPRDDQWIQK LCQLASLSSG CSAYRQCKKL LLAMCHNDEN KYKIMRDKYK MQDLLQQLVK KYLDVSKEVG GHQQLTEIV DVLASITKLA LIRPDMWRDV 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IMDPQQETEE SFLIQIEKDI AQEDFLQGRM TH NPYNSSD PGMGPLMRDI KNKICRDTEM IALMEDDNGM ELLVNGNIIS LSLSVRDVYD RLWKRSNNGS PMLIVYRMRG LMG DAVETF IENFGVADNS EADDEEDEQL VRMTHCLMEC GGIDKLMDLL TTNVDSSSGR FLLCYLRKIF ERIVKIPIGR KILV QRRMV ERMMSVIRTC CADPTNESKV LIGMELYKVV EFVVSDKHVQ DILGGIREDD AMWWFDLFEK RGNEEGSVTE LHRKT AQIL DQMTMSIGNI VLGNDASEGV LVKMYEKVLK WEQIDSGAPP SGATDHQNRS RITKKDQIML MTEQLATITS NIISSA HGI RLKQKILDSG VISSTCNYLT KDLPNLYQPT ESPEWKVFLA RPSLKLILTL LAGLARGHQA SQKEIAKTTL KLMHRLE QV ASDNSIGTLA ENVIEALNED EEVRNQIKLV RDETEKKKKQ MAMLNREKQL TKMRMKVGTG GQIKVSSRTL HNEPSIDD S DSLPCCICRE SVISGDKSAG VYAFAAIDPD SGKTSTVSMM VMVHFNCHKD AIRGGGGRAA DEWTRSKLHN AGAKCNVIT PISMGVVIGD AWIDALHRFE NDVGRVSGLA HGVVNRNFVF VDICNLIDRF IYKRSFSNQS EGGGRESNMQ YLAILHLLGI TLPADAELE ISAPNHRLIA FLFTELTADS WNDQRNDVLR AGINDAQTNG APATWDGFKP TLMTWAFVDA YFNKVIKITG E DRLEWLRE HLVETINKTR GFVDDFDSNI LPCEDVAEFC DVTGAPIDDV NLFLAGGPPQ GSLEVLFQGP AEAAAKEAAA KE AAAKEAA AKALEAEAAA KEAAAKEAAA KEAAAKAHHH HHHHHHH UniProtKB: UBR-type domain-containing protein |
-分子 #2: KCMF1
| 分子 | 名称: KCMF1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: ![]() |
| 分子量 | 理論値: 62.912762 KDa |
| 組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
| 配列 | 文字列: MVTPLTGTHE GVSCDGCAFT AFAGNRYKCL RCSDYDLCFS CFTTKNYGDQ QTIADIPIHD ESHPMQLILS SVDFDLVYQG DPTRHYDER KIVSFTCPYC NITGLTERQF GTHVLSQHPE APGYSVICPL CIGNTEMEHI QSKETENLSV HWTEIHLHTM E NLFRSTEP ...文字列: MVTPLTGTHE GVSCDGCAFT AFAGNRYKCL RCSDYDLCFS CFTTKNYGDQ QTIADIPIHD ESHPMQLILS SVDFDLVYQG DPTRHYDER KIVSFTCPYC NITGLTERQF GTHVLSQHPE APGYSVICPL CIGNTEMEHI QSKETENLSV HWTEIHLHTM E NLFRSTEP ITTRPVQRRP MLARRGNRAG VSRTAAQGRP LQDEIEMMTV PLLPGIRSSQ RLMTSTGDRP TVVVESAVTH QD PNVQQVI RPLATIPIYP PTSDESGDET PQPAADSADE SEDDNDIQEL DDMQPIVEDE ALKKDEFWKT LKTRISEEDV DLI LETMKS TAKVKEDIDD KMPVWTQRPL KRLANAAQVT TTSDSEGDPG WLPLSFETTP IRSTGCGGYW SDKRFLRPRK MQRE QSVAS SNAEIMEKAE IALALIRASC LHEPVFTDPT KPDIALKEAL QHLRLGEKPA KMMEYQAAEE LVNMPERDPI TTGEM EVEI PDFTARGYGQ IVDGNIPLGV VPEADEAITN SEDEEIVGGE TSGDDEDEQE DDENDSQDSS VPEEINIDSA WSHPQF EK UniProtKB: E3 ubiquitin-protein ligase kcmf-1 |
-分子 #3: ZINC ION
| 分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: ZN |
|---|---|
| 分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-実験情報
-構造解析
| 手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
|---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
| 試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
| 緩衝液 | pH: 7.5 |
|---|---|
| 凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡法
| 顕微鏡 | TFS KRIOS |
|---|---|
| 撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
| 電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
| 電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
| 実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
ムービー
コントローラー
万見について




キーワード
データ登録者
オーストリア, European Union, 2件
引用






























Z (Sec.)
Y (Row.)
X (Col.)












































Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
解析
FIELD EMISSION GUN

