[日本語] English
万見
- EMDB-53343: Cryo-EM structure of aquaporin 3 at pH 8.0 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-53343
タイトルCryo-EM structure of aquaporin 3 at pH 8.0
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Aquaporin 3
    • タンパク質・ペプチド: Aquaporin-3
  • リガンド: GLYCEROL
  • リガンド: fluorinated fos-choline-8
  • リガンド: water
キーワードmembrane protein / glycerol channel / hydrogen peroxide transport / tetramer
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of immune system process / glycerol channel activity / Passive transport by Aquaporins / regulation of keratinocyte differentiation / glycerol transmembrane transport / urea transmembrane transporter activity / renal water absorption / water channel activity / water transport / Differentiation of Keratinocytes in Interfollicular Epidermis in Mammalian Skin ...positive regulation of immune system process / glycerol channel activity / Passive transport by Aquaporins / regulation of keratinocyte differentiation / glycerol transmembrane transport / urea transmembrane transporter activity / renal water absorption / water channel activity / water transport / Differentiation of Keratinocytes in Interfollicular Epidermis in Mammalian Skin / response to vitamin D / odontogenesis / response to retinoic acid / renal water homeostasis / establishment of localization in cell / response to ischemia / response to calcium ion / cell-cell junction / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / cellular response to hypoxia / basolateral plasma membrane / nucleoplasm / membrane / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aquaporin 3 / : / Major intrinsic protein, conserved site / MIP family signature. / Major intrinsic protein / Major intrinsic protein / Aquaporin-like
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Huang P / Venskutonyte R / Lindkvist-Petersson K
資金援助 スウェーデン, 3件
OrganizationGrant number国
Swedish Research Council2022-06230 スウェーデン
Swedish Research Council2024-02673 スウェーデン
Cancerfonden23 2746 Pj, 20 0747 PjF スウェーデン
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural insights into AQP3 channel closure upon pH and redox changes reveal an autoregulatory molecular mechanism.
著者: Peng Huang / Raminta Venskutonytė / Carter J Wilson / Sara Bsharat / Rashmi B Prasad / Pontus Gourdon / Isabella Artner / Bert L de Groot / Karin Lindkvist-Petersson /
要旨: Regulation of intracellular levels of reactive oxygen species (ROS) remains poorly understood. Aquaporin 3 (AQP3) facilitates the membrane transport of hydrogen peroxide (HO), a key ROS signaling ...Regulation of intracellular levels of reactive oxygen species (ROS) remains poorly understood. Aquaporin 3 (AQP3) facilitates the membrane transport of hydrogen peroxide (HO), a key ROS signaling molecule. Here we elucidate the molecular mechanism of AQP3 and show that its regulatory properties are both pH dependent and autoregulated by HO. Using single particle cryo-electron microscopy, we present open and closed conformations of human AQP3. At pH 8.0, the channel adopts an open state, while acidic pH or exposure to HO promotes closure via a large conformational rearrangement of extracellular loop E. These findings reveal a mechanism for autoregulation of HO transport and establish AQP3 as a key modulator of redox homeostasis in human pancreatic β-cells.
履歴
登録2025年4月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年2月18日-
マップ公開2026年2月18日-
更新2026年2月18日-
現状2026年2月18日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_53343.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_53343.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 300 pix.
= 255. Å		0.85 Å/pix.
x 300 pix.
= 255. Å		0.85 Å/pix.
x 300 pix.
= 255. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.14
最小 - 最大-0.8122044 - 1.2257503
平均 (標準偏差)0.0011978485 (±0.029328479)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 255.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_53343_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_53343_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Aquaporin 3

全体名称: Aquaporin 3
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Aquaporin 3
    • タンパク質・ペプチド: Aquaporin-3
  • リガンド: GLYCEROL
  • リガンド: fluorinated fos-choline-8
  • リガンド: water

-
超分子 #1: Aquaporin 3

超分子名称: Aquaporin 3 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
分子 #1: Aquaporin-3

分子名称: Aquaporin-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 32.396549 KDa
組換発現生物種: Komagataella pastoris (菌類)
配列文字列: MGRQKELVSR CGEMLHIRYR LLRQALAECL GTLILVMFGC GSVAQVVLSR GTHGGFLTIN LAFGFAVTLG ILIAGQVSGA HLNPAVTFA MCFLAREPWI KLPIYTLAQT LGAFLGAGIV FGLYYDAIWH FADNQLFVSG PNGTAGIFAT YPSGHLDMIN G FFDQFIGT ...文字列:
MGRQKELVSR CGEMLHIRYR LLRQALAECL GTLILVMFGC GSVAQVVLSR GTHGGFLTIN LAFGFAVTLG ILIAGQVSGA HLNPAVTFA MCFLAREPWI KLPIYTLAQT LGAFLGAGIV FGLYYDAIWH FADNQLFVSG PNGTAGIFAT YPSGHLDMIN G FFDQFIGT ASLIVCVLAI VDPYNNPVPR GLEAFTVGLV VLVIGTSMGF NSGYAVNPAR DFGPRLFTAL AGWGSAVFTT GQ HWWWVPI VSPLLGSIAG VFVYQLMIGC HLEQPPPSNE EENVKLAHVK HKEQIHHHHH H

UniProtKB: Aquaporin-3

-
分子 #2: GLYCEROL

分子名称: GLYCEROL / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 8 / 式: GOL
分子量理論値: 92.094 Da
Chemical component information

ChemComp-GOL:
GLYCEROL

-
分子 #3: fluorinated fos-choline-8

分子名称: fluorinated fos-choline-8 / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: A1H8K
分子量理論値: 530.239 Da

-
分子 #4: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 20mM Tris-HCL pH 8, 100 mM NaCl
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 1.7 sec. / 平均電子線量: 39.866 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 105000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4) / 使用した粒子像数: 139031
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る